金庸小说中，全真教衰落的原因总结起来有三个：

笑傲江湖中，冲虚道长曾提及一个门派创建成名，那靠的是数百年来无数英雄豪杰花了无数心血累积而成，一套套的武功家数，都是一点一滴、千锤百炼的积聚起来。前者嘛，前者全真教可以算是有达到，后者却远远没有。

冲虚道：“少林派向为武林领袖，数百年来众所公认。少林之次，便是武当。更其次是昆仑、峨嵋、崆峒诸派。令狐贤弟，一个门派创建成名，那是【数百年来无数英雄豪杰，花了无数心血累积而成】，一套套的武功家数，都是【一点一滴、千锤百炼】的积聚起来，决非一朝一夕之功。

全真教的武学可以说完全靠王重阳一人包办，而王重阳包办的同时，竟然没有将最厉害的先天功传给他的徒弟，周伯通虽然也自己创作了空明拳、左右互搏的武功，但是一来周伯通小孩子心性，整天到处游玩，并没有将这些武功交给全真弟子，二来像左右互搏这类武功学习的条件也比较严苛。

此外，王重阳的全真武功可以说是相当单薄，单薄到英年早逝的林朝英都可以创作出完整的武学体系去破解它，从外功到内功，克制得死死的，这里全真教颇像五岳剑派，笑傲江湖里魔教十长老也是短时间内创作破解五岳剑派的武学。

全真七子蒙王重阳亲授，又勤快，熬工龄熬到晚年出了五个一流、一个一流强，虽然不能说太差，但是孙不二一把年纪了被二十来岁的耶律齐赶上，郝大通、刘处玄、王处一被李莫愁、达尔巴、霍都纷纷追赶上，简直是时代的眼泪。而且练了几十年什么武功都没有创出，晚年闭关研究出的七星聚会还是从天罡北斗阵中领悟的。

再看看全真教的三代弟子，最强的赵志敬、甄志丙到了中年平也差孙不二远甚，撑死混个二流中，可以说全真教几十年内没有再出个一流高手，所以整个全真教虽然人多势众，但高手层面还是非常弱，蒙古攻打重阳宫一战中，丘处机等人甚至认为金轮法王、尼摩星、潇湘子、尹克西只要有一人来，他们便千难万难（当然实战上不至于此）。

全真教始终站在抗击异族的第一线，虽然让全真教由此为万民所敬仰，也让全真教一度拥有三千道观、八万教众的庞大规模，然而这也无疑成为蒙古人的心腹之患，在神雕时期就出现了蒙古攻打重阳宫，最后全真教不得不放弃重阳宫撤离。此时蒙古尚未占据中国全境，蒙古毕竟不能派出太多的力量去单独剿灭一个武林门派，而等到南宋灭亡之后，可想而知腾出手的蒙古自然就要对全真教进行大清算，到了倚天时代的武林，再也不见全真有一席之地了。