剧场动画《机动战士高达SEED FREEDOM》在热映的同时，还公布了剧中战舰的设定。剧中各方战舰延续了TV版的设定，但随着技术的进步也进行了一定的改装。

罗盘组织

大天使级强袭特装舰 大天使号

剧场版中隶属于奥布，是罗盘组织的主力战舰，主要在地球执行任务。其武装基本上未进行升级改造。

超级密涅瓦级MS两栖攻击舰 千禧年号

扎夫特提供的罗盘组织主要战舰。该舰继承了密涅瓦的设计，主要在宇宙执行任务。此外其继承了密涅瓦号的武装，并装备了诱导炮塔和舰首的撞角等新式武装。

凡恩戴森

华纳海姆级行星间宇航战舰 古尔薇格号

该舰是凡恩戴森的旗舰，由女王奥拉和宰相奥尔菲等人搭乘。其船体中央有独特的12连射阳电子炮，电磁轨道弹射器由两侧向前延伸。

巴德尔级行星间宇航战舰

凡恩戴森舰队的主力战舰，MS格纳库与武器库和中心船体分离，可以减少人员伤亡。该舰中央装备有三门阳电子炮。

奥布

出云级MS搭载舰 草雉号

奥布联合酋长国研制的太空舰，由曙光社制造。该舰设计采用了很多大天使号的数据，武装也有很多共同之处。现任舰长由天城担任并参加战斗。

扎夫特

纳斯卡级高速战斗舰

扎夫特装备的高速战斗舰。除了装备2门单装光束炮作为主炮外，还配备了大量导弹和防空武器系统。凡恩戴森的舰队也装备了同型的战舰。

劳拉西亚级MS搭载舰

该级舰是扎夫特的主力战舰和MS运输舰。舰体后部替换为导弹发射器，提升了火力。战后该型战舰出口到了凡恩戴森。

永恒号

该舰原是三舰联盟的一员，战后回归扎夫特军，进行了武器的升级。并且搭载了迅雷决斗和闪电暴风高达。

地球联合

德雷克级护卫舰

德雷克级是地球联合军装备最多的一级战舰。其装备了多门电磁轨道炮和防空武器，能够执行多种任务。

纳尔逊级太空战舰

纳尔逊级是一级火力输出舰，装备了各种各样的武器，包括光束炮、防空炮和导弹发射器等。除了舰艏的飞弹发射管外，全舰还布置了大量的防空火炮。该舰具有了搭载MS的能力，并且战后进行了武器与电子设备的升级。

阿伽门农级太空战舰

地球联合军的大型太空战舰，经常被作为旗舰使用。其主炮是大天使号主炮的小型化版本，另外防空武器也进行了强化。