阿古柏方面则约有5万余兵力,其中骑兵约占1/3,装备火枪、腰刀;另外的2/3步兵则也装备了火枪。这些火枪中,除了已经过时的火绳枪这种古老火器之外,约有从英属印度和奥斯曼帝国获得的1万多支恩菲尔德M1853前装线膛枪和恩菲尔德M1866后装线膛枪。
由于阿古柏是以浩罕汗国亡国后的残兵起家的,因此浩罕人在其军队里享有特权:15个最高级军官“爱米尔”中,14个人来自浩罕汗国。为了笼络这些追随自己亡命的浩罕军人,阿古柏在占领区恢复了落后的军事封建采邑制度。军官们按不同级别领有相应大小的采邑。这些人不拿阿古柏的工资,其收入来自于辖区征收的赋税,数额多少完全取决于这些人的意愿,或者说是良心。可想而知,在这种制度下,新疆人民要遭遇怎样的盘剥了。