公元1856年(清咸丰六年)，太平天国领导集体内部发生了一起公开的分裂事件，历史上称作“天京事变”。不久，天王洪秀全即招石达开回天京辅政，并尊其为“义王”。

一到天京，他就迅速着手处理天京事变的善后事宜，安定民心。军事方面，多次击溃了前来围攻的清军，发现并挖掘出了年轻有为的军事将领陈玉成和李秀成。

在他的率领下，安徽、湖北两地的太平军屡战屡胜，彻底打破了清军对武昌和九江的封锁。随着太平天国军事态势的好转，石达开的声望亦如日中天，上升到了巅峰。因此，遭到了天王洪秀全的猜忌。

洪秀全先是将他的亲兄弟洪仁发、洪仁达封为王爵，意图削弱石达开的势力，将其困于天京，逐渐剥夺他在军事领域的军政大权。

石达开得不到天王的信任，怕日后生变，于公元1857年5月，率其部下众将领及数万太平军毅然离开了天京。

此后，他为了寻找新的立足之地，进行了为期七年的艰苦征战，即便是在清军的大肆围剿之下，他带领的部队依旧战功显赫，被人们称为：太平天国最后的柱石。

公元1863年，石达开率部来到蜀地四川，意欲在美丽富饶的四川盆地建立新的根据地。同年四月，他率军顺利渡过金沙江，突破长了江防线。

五月，石达开花费巨资贿赂田坝地区的彝族土司岭承恩和松林地区番族土司王应元，希望从他们这里借道经过，以便从西昌进入冕宁。

但是，他万万没有想到：此前派出去的探路先锋赖裕新，正是遭到了岭承恩等人的迫害。石达开的部队，在抵达大渡河与松林河的交汇之处时，虽然没有受到沿途清军的抵抗，却遭遇了恶劣的暴雨天气。连绵的大雨导致河水暴涨，致使渡河变得异常困难，严重阻碍了太平军的进程。四川总督骆秉章，趁机调兵遣将围攻他们。土司王应元、岭承恩等少数民族头领亦被清军收买而倒戈，切断了石达开前进和后退的道路。

在被逼无奈的情况下，石达开三次组织部队抢渡大渡河均以失败告终。由于连日的征战和恶劣的环境，将士死伤过半，粮草亦消耗殆尽。眼见剩下的人马人心涣散，军无斗志，已经到了弹尽粮绝，全军覆没的境地。石达开为了保全剩余将士的性命，欲舍命以全三军，写信给骆秉章表示投降。

石达开投降后，骆秉章劝其归顺清廷，但却被他严词拒绝了。尚在石达开投降之初，虽然清军曾公开向其承诺过，对投诚的太平军余部会给予优待，但却未守诺言。他们在石达开率部投降后，即对太平军展开了疯狂的屠杀。仅有300余名老弱病残的人侥幸存活，其余的太平军将士均惨遭杀害，场面极其惨烈。

同年6月27日，石达开被押往成都受审。公堂之上，他慷慨陈词，凛然不惧。最终，他被判以凌迟处死。在古代，这是一种极其残忍的刑罚，让受刑者疼痛难忍，一步步被痛苦折磨致死。

在长达四个多小时的行刑过程中，石达开强忍巨痛，始终没有惨叫一声。他的坚强意志，让所有在场的人都深感震撼。

这种情形，就连杀人如麻的刽子手都感到惊讶。他已经朝石达开身上刮了千余刀，却始终未能从他那双眼睛里看到一丝屈服的迹象。

刽子手也不由对石达开坚贞不屈的英雄气概所畏惧。验尸之际，石达开那死不瞑目的眼神，令刽子手感到了一种从未有过的恐惧。在石达开生命的最后时刻，作为太平天国的将领，他以生命演绎了何谓“世间奇男子”惊世之举。

石达开被凌迟处死后，刽子手余宝查验他的尸首时，刚一走近，就看到了一双比刀尖还锋利的眼神。余宝心里一颤，吓得拔腿就跑。两个月后，他竟然发狂而死。

翼王石达开19岁当上左军主将，20岁封王。曾先后重创湘军水师，三克武昌，率领太平军与清军之间大小作战数百起，均未败绩，被清军称为“石敢当”，所到之处，清军尽皆避让。

虽然他在32岁时兵败大渡河，被清军处以极刑。其英勇就义，死不瞑目的英雄气概，仍不失为太平天国最富有传奇色彩的人物之一。