清朝入关初期，仿效明朝制度，治河体系亦在明朝基础上加以改变，形成新的治河体系。清朝的河工体系虽比前代较为完善，但随着时间演变亦出现诸多弊病。
针对这些弊病，清廷不断寻找解决的措施，由此订立了赔修制度。
清初河工弊病及其影响
清初的河工弊病主要体现在采办物料、河夫役使、河道钱银、河道官员诸方面。
首先，采办物料，存在官员采办草率，侵吞采办钱银的弊病。“水土之工料最急”然“物料非难，采办为难”。河工物料采办分为官办、商办两种。
官办者为官府出资到物料出产地购买，“州县河官视为寄货，岁估既定”，所购物料草率塞责，甚至河夫下乡采办物料，“无论坟内、门前，榆、柳、槐、杨，任意砍伐。”
又有“地方有司必皆假手于胥吏，由胥吏而及各行户，层层剥食，至料户或分文不给”，或“借端加派，或滥用委官，侵冒诈索”。
商办者由商人出资购买物料，“商人领买，大抵真伪相半。其真商领银入己，分派各小行，其值必亏”，而伪者冒领钱银，此为商办之害。
其次，河夫役使，亦出现河员侵吞河夫工食的弊病。清代沿河地区设有河夫，从事河道工程修补及沿河地区的巡防。
夫役任务繁重，“既有风雨昼夜防守之辛勤，又有芟揽柳麻课程之岁办”，虽河夫额设工食，然“工食无几，不足充其应用”。且河夫工食本应按月发放，但“管夫河官，侵蚀河夫工食，每处仅存夫头数名。遇有工役，临时雇募乡民，充数塞责。”
又“有工房、里老，朋比作奸，领出官银，私相分肥”，沿河百姓深受其累，多视河夫为畏途。
再次，河道钱银，因河道钱银数额较大，官员多有侵吞。康熙时期，河道总督张鹏翮云：“分工人员，领帑到手，任意花销。”
同时期，王新命监修河道工程，“浮冒银一万六千余两”，判斩监候。后，齐苏勒奏：“查江南去年岁修工程，复对各员领银数目，工不抵半”，又，齐苏勒参劾管河同知甘士调，“将官柳兵草所做之工程，作伊办之料，希图冒帑”。
最后，河道官员还有渎职之弊。康熙五年，河道总督朱之锡奏核销康熙三年治河钱银一事，因朱之锡耗费巨资治河，然未“亲到工所，率领属员力加坚修”，致使康熙四年“水浅船不能行”。
究其弊端造成的影响主要集中于贪污腐败现象加剧，从而使河道工程质量受损、应役百姓的负担日益加重。
清初河工弊病助长了河员贪污腐败之风的盛行。以工部官员为例，康熙帝斥责萨穆哈等人，工部之事端甚多：
“今观河工诸臣，一有冲决，但思获利，迟至数年，徒费钱粮，河上毫无裨益”，甚至“修筑河工堤岸钱粮，及给发诸工银两”，工部笔帖士亦侵吞一半。河员贪腐现象的加剧，又致使河道工程质量的下降，河员侵吞河银使得用于治河的钱银数额减少，加之河员渎职懈怠河务，从而导致康熙后期“黄、运两河工程，甚属残废”。
清初河员贪污腐败，又使两岸承担徭役的百姓负担加重，河道工程质量下降使河夫修筑工程增多，官员任意克扣河夫工食，致使“天下力役之苦，未有甚于此者”。
清廷的应对措施与赔修制度的出现
面对以上河工弊病，清政府提出相应的治理措施。括其举措，大抵围绕派员督修、造册送报、注重河员选任数端。
针对物料储备不足一项，清廷采取委派河员亲赴河上，勘察河工，以及设立专门官职等措施。
顺治十二年（1655），令：管河官员驻扎河道，亲自核查河夫物料，并监督工程修筑，若有官员懈怠，“仍前作弊者，官则题参，吏即拿究”。
又设立厂夫、厂书等官，专门管理河工物料，“滨河州县旧有柳场、草厂及麻芟、芦缆堆积之处，设立厂书、厂夫以司登记出入，看守之役。”
至于压榨河夫、克扣河夫工食等项，清政府采取了造册送报的措施。命各地管河厅员将各地河夫名额造册送报司道，即“各管河厅官置立循环，每幅首行书某州县额夫若干名，工食若干，中界为三十格，每日一格，内书夫几名，某所做工有无逃旷”，每月报送司道。又“责司、道、府、厅查报，徇隐者以溺职论。”
针对河员贪冒钱银、河员渎职等项，清廷采取注重官员选任的措施。“总河一官，所辖黄、运两河不下四千余里，岂能分身一一亲理，所持以共济者，司、道、厅、印尔。”
河员渎职则为河员质量不足，需选拔专职人员治理河道工程，并延长河员任期使其熟悉河务，各地河差皆改为三年一换。
面对清初的河工弊病，清廷采取了相应的措施，取得了一定的成果，“首尾十年，无大工巨役，数省之民，获免昏垫”。
但是这些措施在执行过程中仍存在问题，如河员贪冒钱银一项，顺治十一年（1654），“给事中林起龙复劾（杨）方兴侵吞工需，累民捐费至六十余万。”
顺治十三年（1656），杨方兴又“费银八十万两”，致大王庙淤塞。
清政府迫切需要制定新的措施来解决河工弊病，在逐渐摸索的过程中，河工赔修制度由此而生。
康熙十八年（1679），河道总督靳辅提出“大修河道一劳永逸”之说，清廷虽正值军需浩繁之际，仍给帑金二百五十一万，命其修治黄河河道。
康二十一年（1682），工程修筑完成，经户部尚书伊桑阿等人核查，所修工程不坚固者甚多，仅萧家渡口一处就决口十余丈，与靳辅所言“一劳永逸”之说不符。
伊桑阿等人遂上折建议，“应将该督并监修各官，交与该部从重治罪，其不坚固、不合式等处，责令赔修”，康熙帝同意其所请，命令河员赔修。
所谓赔修，是指工程或者器物在保固期限内发生损坏，相关人员需承担相应的经济的制度。
这一制度在明朝已出现，主要用于廒座、城墙等工。如万历三年（1575），工部大臣胡汝钦奏：凡是修理廒座，命修筑官匠刻其姓名，若是廒座在十年内损坏，则由官匠赔修。
清初承袭明制，也有应用。据《大清会典》记载：顺治十六年（1659），规定修筑仓厫，清廷定立保固期限，“三年内损坏者，令原修官役修理，十年内坍塌者，令原修官役赔修。”
康熙二十一年（1682），经伊桑阿奏请，第一次将赔修制度运用到河工案件的处理中，是清代河工管理手段的一次重要尝试。
但命令下达不久，康熙帝又顾虑河工耗款巨大，“靳辅果能赔修耶？如必令赔修，万一贻误漕运，奈何？”
担心河员赔修会延误河运一事，是河工赔修制度确立后，河员可免赔、代赔甚至移用公帑先赔的重要原因。
于是康熙帝没有真正的令河员赔修，只是将靳辅及其他涉事官员革职修筑，然河员赔修一项，康熙帝以河道钱银数额巨大，若责令河道官员赔修，恐怕会延误河道工程，最终下令“仍准动用钱粮，勿得借端科派，扰累小民。”
康熙二十三年（1684），黄河水涨数倍，沿河堤工多有冲毁，河道总督靳辅在稳定河道后，奏此次黄河秋涨情形：
“徐州以上之水，自七月二十二日，即与去年大涨水迹相平。而李道华楼等处漫滩过水，将砀山北岸王家堂堤工漫缺三十余丈”，“八月二十日夜，大雨飓风将来字堡漫缺堤工四十余丈，徐州北岸长樊大坝冲去埽工两段，其安东北岸二铺地方，塌卸堤工六十余丈”，除漫缺二处，其余受损堤工俱在本年十月修补完工。
漫缺、冲塌工程实系不坚固、不如式者，本应将督修官、承修官、防守官一并交与工部查议。
但康熙帝认为此处河道工程虽被冲决，然河流并未改道，与河流改道堤工冲毁者不同，遂下令免除该处河员赔修。
随后命大臣商议，嗣后若遇到“河水漫决，河流不移者，应否免其革职，止令赔修，着确议定例”。
最终于同年十二月初三日议定：凡是河道工程冲毁，若该处河流改道，则该处河员依照旧例处分；至于河道工程受损，但河流未变道，康熙帝先前有免赔之例。
因此，定例免赔会使承修官、防守官懈怠河道工程，遂定“限年之内，堤岸漫决河流不移者，令经修之官赔修，如过年限漫决不移者，令防守之官赔修”，至此河工赔修制度正式成为定例。
综上所述，康熙二十一年（1682），已有赔修事例，只是河工赔修未成定例，河道堤工冲决后，涉事官员的主要处罚方式仍是革职调任。
康熙二十三年（1684），黄河秋涨冲毁沿岸堤工，康熙帝将河流未改道者止令赔修，究其利弊，河工赔修制度遂成定例。
河工赔修制度作为清廷针对河工弊病创立的制度，与清初核查物料、估修用银、派员督修的预防措施不同。
河工赔修是弊病发生后处罚措施，涉事官员需要承担相应的经济责任。作为经济处罚措施，具有和刑事处罚并用、执行严格的特点，如康熙三十九年（1700），河道总督董安国靡费帑金一案，此案中“管河各官，俱革职，勒限半年赔修。”
康熙五十四年（1715），永定河地区连日大雨，分司官员鸣锣敲鼓，聚集众人抢救堤工，仍水漫河道致使堤工冲决。
经查明此次漫口虽因“连日大雨河流骤涨所致，然河员疏忽咎亦难辞”，故“饬令赔修，如限内合龙例得免议”。
