“阴阳”这一自发的辩证法，贯串在中医医学学术理论体系的各个方面，它说明了人体生理、病理的整体观念，也指出了诊断、治疗的一定规律，并广泛应用于临床实践。

(一)说明人体的组织结构

人体是一个整体，它的组织结构，可以用阴阳两方面来加以概括说明。一般而言，上部属阳，下部属阴;体表属阳，体内属阴。在体表则背属阳，腹属阴;外侧属阳，内侧属阴;在体内则六腑属阳，五脏属阴。五脏之中，居于上部的心、肺属阳，居于下部的肝、肾属阴。具体到每一脏腑，又有阴阳之分，如心有心阴、心阳;肾有肾阴、肾阳等。《素问·金匮真言论》说:“夫言人之阴阳，则外为阳，内为阴;言人身之阴阳,则背为阳，腹为阴;言人身之脏腑中阴阳，则脏者为阴，腑者为阳。”总之,人体上、下、内、外各组织结构之间，以及每一组织结构本身，虽然关系复杂，但都可以用阴阳来概括说明。

(二)说明人体的生理功能

人体的生理功能也可以用阴阳学说来加以概括，如《素问·阴阳应象大论》说:“清阳出上窍，浊阴出下窍;清阳发腠理，浊阴走五脏;清阳实四肢，浊阴归六腑。”人体的正常生命活动，是阴阳两个方面保持着对立统一的协调关系的结果。例如，属于阳的机能与属于阴的物质之间的关系，就是这种对立统一关系的体现。人体的生理活动是以物质为基础的，没有阴精就无以产生阳气;而阳气又推动脏腑的机能活动，不断的化生阴精。如果阴阳不能相互为用而分离，人的生命活动也就停止了。

(三)说明人体的病理变化

病理变化虽然是极其复杂的，却可以用阴阳这一概念把它概括起来，并用阴阳的相互关系加以说明。祖国医学认为:疾病的发生,是阴阳失去相对平衡,偏盛偏衰的结果。阴阳包括了人体的正气和病邪两个方面，病邪有阴邪、阳邪;人体内部也有阴阳之分。所以阳邪致病，就会出现阳盛阴伤的热证;阴邪致病，就会出现阴盛阳伤的寒证。阳气虚则不制阴，而出现虚寒证;阴液不足则不制阳,而出现虚热证。所以《内经》说:“阳盛则热，阴盛则寒。”《素问·阴阳应象大论》“阳虚则外寒,阴虚则内热;阳盛则外热，阴盛则内寒。”(《素问·调经论》)

(四)用于疾病的诊断

如上所述，疾病的产生和发展变化是阴阳两方面失去协调的结果。因此，对疾病外在的表现和证候的归纳，也可以用阴阳加以概括。临床常用的“八纲辨证”，就是以阴阳作为总纲来统领表、热、实的阳证和里、虚、寒的阴证。正确的诊断，首先要分清阴阳，才能执简驭繁，抓住本质。例如望诊中色泽鲜明者属阳，晦暗者属阴;闻诊中声音洪亮者属阳，低微断续者属阴;切脉中的浮、数、大、滑、实属于阳，沉、迟、小、涩、虚则属阴。所以《素问·阴阳应象大论》指出:“善诊者，察色按脉，先别阴阳”。

(五)用于疾病的治疗

人体的阴阳偏盛偏衰，是导致各种疾病的内在基本因素，治疗的原则必然是从调整阴阳出发，补偏救弊，促使阴平阳秘，恢复阴阳的正常状态，如《素问·至真要大论》说:“谨察阴阳所在而调之，以平为期。”对于药物的性能来讲，也是以阴阳划分的。例如:寒凉、滋润的药物属阴，温热、燥烈的药物属阳;药味酸、苦、咸的属阴,辛、甘、淡的属阳;具有敛降作用的属阴，具有升散作用的属阳。这样，才能根据病情的阴阳偏盛或偏衰，确定治疗原则，选择相应药物，达到治疗目的。例如，阳盛的热症，就要用寒凉的药物以清热，阴盛的寒证，就要用温热的药物以祛寒;阴虚的虚热证，就要用凉性滋润的药物以滋阴，阳虚的虚寒证、就要用温热的药物以补阳。这就是《素问·至真要大论》所指出的:“寒者热之，热者寒之”，“盛者泻之，虚者补之”的原则。此外，若因阴液不足，不能制阳而致阳亢者;或因阳气不足，不能制阴而造成阴盛者，则必须补其阴或阳的不足，这就是“壮水之主，以制阳光;益火之源，以消阴翳”的方法。