康熙二十七年（1688年），身为准噶尔大汗的噶尔丹率军三万越过杭爱山突袭喀尔喀三部，喀尔喀蒙古在噶尔丹的重击下溃不成军，“土谢图等三汗部落数十万众尽弃牲畜帐幕，分路东奔”，万般无奈之下只能投靠清廷向康熙帝求援。而噶尔丹则继续追杀喀尔喀蒙古于漠南之地并大肆劫掠，并向清圣祖索要土谢图汗与喀尔喀蒙古宗教领袖哲布尊丹巴。康熙帝为了确保漠南蒙古的战略地位，遂出兵讨伐噶尔丹，最后在乌兰布通之地击败准噶尔军，确保了藩部体系的稳固，并趁机展开多伦会盟，将喀尔喀蒙古纳入治下。但噶尔丹并不甘心失败，意图卷土重来，这就注定了他与清廷之间还有一场你死我活的大战。

对于清廷来说，如果想要确保北部边疆的真正安定，就必须彻底平定噶尔丹。而在乌兰布通战后，针对京师八旗暴露出的种种问题，也开始加紧对军队的训练，以及频繁开展春秋两季的阅兵以提高军队的战斗力。

为了加强沿边诸镇的战备水平，又于大同、宣府、张家口、古北口石匣设置特种部队，“于陕西各营步兵内”，挑选“素习征战、人才壮健、善于步行，能用大刀连节棍者”2000人分守大同、宣府。还从南方调来藤牌兵数百驻防古北口石匣，张家口也增设了1000名步兵驻防。

在多伦会盟以后，清圣祖就命大臣勘察归化城、宁夏、延绥至西宁的可供行军地点。此外在康熙三十一年（1692年）六月，又在喜峰口、古北口、独石口、张家口、杀虎口之外设置后勤台站，为进攻噶尔丹做好充分准备。

在清廷加紧准备期间，噶尔丹也没有闲着，在乌兰布通战役败退后，噶尔丹对自己的战略战术进行了调整，他在乌兰布通败北后，深知单单凭借自己是无法与清廷对抗的，遂着意拉拢喀尔喀蒙古，并想以舆论战、间谍战、游击战的模式让清廷疲于奔命：“自悔其深入乌兰布通，乃近居克鲁伦、土喇等处，思以言语煽惑喀尔喀及内地蒙古，使首尾不相自顾，彼时可图大事。满洲闻之，必然出兵，少则与之战，师众则委地而退。满兵既旋，复蹑其后，如此不数年，自然财赋耗竭，必致疲敝，是以蓄谋而来，其心志本侈。”

爱新觉罗・玄烨

为了保证其反清争霸大业更上一层楼，更想方设法离间科尔沁蒙古与清廷的关系，妄图“诱内蒙古各部叛归己”。康熙三十一年（1692年）年底，蒙古各部贵族到北京祝贺元旦，清圣祖召集科尔沁诸台吉，开诚布公地缕析了有关科尔沁与噶尔丹的互相勾结通信怀疑传闻，并表达了对科尔沁的忠诚坚信无比。科尔沁亲王沙津当场感激涕零，说道：“臣世受隆恩，断无依附噶尔丹之理。”噶尔丹此举弄巧成拙，反而加强了清廷与科尔沁的关系。

噶尔丹的所作所为引起了清廷高度警觉。康熙三十二年（1693年），清圣祖命噶尔丹的使臣只能停留于归化城，并大力清除噶尔丹设于沿边的间谍系统。康熙帝的预防性举措使噶尔丹的阴谋几乎流产。

眼瞅着其计划将近破产，噶尔丹终于坐不住了。康熙三十四年（1695年），在西藏方面“东征吉”的鼓励下，噶尔丹率领大军两万余人东进（《圣武记》谓三万人，不知凭何文献。据《平定朔漠方略》记喀尔喀左翼台吉衮布所言：大约人马行踪二万有余，也只是推测，可能实际数量更少）。当年八月十七日，噶尔丹命侄孙阿喇卜滩台吉、部将丹济喇和丹津俄木布率兵3000沿克鲁伦河劫掠喀尔喀诸部，狼子野心已经是昭然若揭，大战一触即发。

本在塞外行猎的清圣祖于9月接到了噶尔丹军劫掠喀尔喀蒙古的情报，立即返回京师召开了京城三品以上文武大臣会议，他本人决定御驾亲征噶尔丹，而大臣们的态度让康熙帝极为不满，大部分“逡巡退缩，无意自效”，真正立场鲜明赞同征讨噶尔丹的大臣“举国请征者，不过仅三、四人”。由于持反对意见的人太多，康熙帝只能搞不点名斥责，并指出噶尔丹的野心以及讨伐的必要性：“朕深知此人之势盛志大，必舍命觊觎中原地方，万难置之度外，且恐听从碌碌畏避艰难之言，日后将各省脂膏填于塞北，一似先朝若也。”

康熙帝不惮繁琐，还耐心解释了出兵的三大理由：第一、噶尔丹虽然危险，但实力并非那么强大，其部落只有五、六千人。第二、乌兰布通之遗恨，自己绝对不能释怀，“我军威甚盛，不即为剿除，致令逸去，每一念及，心窃恨之”。第三、若于此时不全歼噶尔丹所部，噶尔丹就会不断偷袭边境，虽然干不着内地，但清朝辖下的喀尔喀、漠南蒙古诸藩部将永无宁日，遭受严重损失。总而言之，在康熙帝的坚持下，众位大臣只能达成一致，“今宜遣发师徒，一举殄灭”噶尔丹。

于是定议三路北征：东路军：盛京兵2000人、宁古塔兵1000人、科尔沁蒙古兵4000人、黑龙江兵不详，应该也不会高于2000之数，应该是近10000人，此处没有统计后勤人员。中路军：京师八旗每佐领6名、汉军八旗火器营兵2000以及随炮兵，共计8130人，又加上盛京兵2000人、宁古塔兵1000人、黑龙江兵2000人、宣化府绿营兵3000人，加上厮役这样的后勤人员总计32970人。西路军由两部分组成，分为归化城军和宁夏军。归化城军建制为：八旗右卫军5000人、京师八旗军3470人、大同绿营兵5000人，加上厮役一类的后勤人员，共24260人。宁夏军建制为：西安八旗军3000人、汉军八旗1000人、河西绿营兵9000人，加上厮役，共计22400人。

除内地和东北的八旗、绿营之外，外藩蒙古诸部和诸蒙古都统旗也奉命出战加入西路军，计有察哈尔蒙古兵600人，归化城土默特兵800人，四子部落、毛明安、乌喇特部兵600人、鄂尔多斯兵1000人。共有后勤人员加战兵92000多人。三路军定中路军为主攻部队，西路军为堵截部队、东路军为策应部队。在这次歼灭作战中，中路军和西路军做为两路主力，原定于四月下旬会师于土喇河迎击噶尔丹。

三路大军分别出发：康熙三十五年（1696年）二月十八日，抚远大将军、西路军主帅费扬古率军从归化城出发；同月二十二日，振武将军孙思克、西安将军博霁从宁夏平罗县出发；同月三十日，清圣祖率中路军从北京德胜门出发，出古北口而进；而东路军预计为四月启程。至此，围剿噶尔丹的大幕已经拉开。

三月十三日，康熙帝亲自率领的中路主力到达青城驻营。十四日，接到西路军主帅费扬古的报告，述其十三日已到汛界卡伦。三月十五日，中路军继续出发，行至跸滚诺尔扎营（内蒙古锡林郭勒盟正蓝旗南部），是日气温骤降，风雪交加，中路军困苦不已，康熙帝在“众军士结营毕，始入行宫。俟营中皆炊饭，然后进御膳”。后勤部队到达后，其命令御前侍卫立刻安排驼马将帐篷、食物、柴炭分发给部队，使部队免于饥寒。十七日，中路军主力到宿布喇克（内蒙古浑善达克沙地边缘），此时康熙帝为了确保穿越沙地，决定节约军粮供给，令士兵每日两餐，下马步行以爱惜马力，而自己则率先垂范，每日一餐。

在十九日，康熙帝接到费扬古奏报，称其十五日进入喀尔喀地界内，所率部队分为东、西两路，东路由其亲自率领，西路由扬威将军觉罗舒恕率领。预计在四月初三至翁金会师，二十四日至土喇，二十七日至巴颜乌兰。

四月初十，中路大军穿越沙地到达科图（内蒙古苏尼特部左旗），此时已经与西路军暂时失去联络。就在这个节骨眼上，康熙帝遇到了一场考验他决心和判断力的军事危机，科尔沁亲王沙津派往噶尔丹处的使者俄齐尔带回消息，称噶尔丹本来有兵2万，已经从俄国借到火器兵6万，共8万军队正向东移营。

使者带回的消息引起了清军高层的一阵慌乱，内大臣索额图、大学士伊桑阿大为惊恐，敦劝康熙帝赶紧回师，只派西路军追击。尽管对使者的消息一时难辨真假，但康熙帝仍然命令按照既定计划行军，愤怒地驳斥了回师的建议，“且大将军费扬古兵与朕军约期夹击，今朕失约即还，则西路兵何如？”康熙帝怒极泣下，并声明“逡巡退后，朕必诛之！”才将这股“歪风邪气”压制下去。

自三月十九日接到费扬古奏折之后，在接下来的行军过程中，费扬古的西路军杳无音讯，这个情况让康熙帝非常担心。直到四月二十一日，中路军行进到距离克鲁伦河噶尔丹大营5日程的地方，终于接到了费扬古的报告，在报告中，费扬古表示：行军遭遇巨大困难，重型火炮神威炮等由于道路泥泞等原因，“不能随大军即到”，只好留在卡伦，所以只携带了67门轻型子母炮，以200只骆驼驮载行军，大概至五月初三日可到达土喇河与中路军会师。

这样中路军与西路军原定四月下旬会师的计划被打乱，康熙帝当机立断决定继续向噶尔丹大营徐行，以免原地等待，贻误战机。四月二十五日，中路军来到离克鲁伦河300里处的察罕布喇克驻营。等待6天后，于五月初一日，中路军起营至拖陵布喇克驻扎。初五日，中路军直逼克鲁伦河。初七日，中路军呈战斗队形前进，前锋营和康熙帝御营在前，绿营兵、左右翼满洲八旗、汉军、满军炮兵按翼排列，地动而来，逼近噶尔丹大营寻求决战，途中被噶尔丹的侦察兵发现，军中派人追击，“上在途时，一等侍卫喀丢遣人来奏曰：‘臣等奉旨前往阿思哈图山探视，遇厄鲁特数人，俱牵散马前来，潜窥我军营垒。贼遥见我等，仓皇逃遁，追至阿思哈图山之东，遇巴克席姑尔贝勒等一同追逐。’上笑曰：‘何必追逐，任伊等往报噶尔丹可也。’”

孰料康熙帝希望的决战并没有发生，噶尔丹率军连夜逃遁。初八日，康熙帝领前锋营抵达克鲁伦河，以单筒望远镜瞭望，不见噶尔丹兵踪影，所谓的六万俄罗斯兵更不见一兵一卒。康熙帝断定噶尔丹属疆场老手，如果他还有战斗意志，应该守住克鲁伦河与中路军决战，不守而逃，可谓胆怯，6万俄罗斯兵更属无稽之谈。

在噶尔丹逃遁后，康熙帝立即让中路军沿着克鲁伦河追击。五月十二日，到达托诺岭。途中从一个厄鲁特老妇口中得知，噶尔丹离开托诺岭已经有4天，“其部落自相攻杀，重被伤残，昼夜奔逃，已前去四日”，中路军已经望尘莫及。为了避免军粮断供，康熙帝决定原路回师，而以领侍卫内大臣马思喀为平北大将军，率前锋轻骑携带20天粮食继续追剿。

据五月初七投诚的厄鲁特蒙古人言，噶尔丹见清圣祖大军到来，非常震惊，作蒙古语曰：“此兵真从天而降耶！如此无水沙碛之处，皇上率如许重兵，如何行至？连夜逃遁或幸得生，不然必死于军矣。”

噶尔丹本来想要在托诺岭等地组织决战，孰料其“不能止众暂立”，打探到西路军的消息后，遂决定向西路军进攻，“中路军甚猛烈，不当与战，可击西路兵”。一场针对西路军的大战拉开序幕。

西路军相比于中路军是更加命运多舛，正当抚远大将军费扬古率领归化城军顶着缺粮、恶劣气候向土喇河赶的时候，振武将军孙思克的日子也不好过，宁夏军的一些困难还是自己造成的，由于军士以为“噶尔丹不可必遇，出塞稍远，当耀兵扬威而还，未必长驱深入”，对这场军事行动抱有侥幸心理，以为这是一场短期行动，所以“不甚爱惜资粮”，造成了巨大浪费。在度过戈壁滩的时，又水草奇缺，风寒雨雪，极其艰苦。至郭多里地方，平均一名士兵不足一匹战马，所携带的粮食也不足一月之用，情况最为险恶。

肃州总兵潘育龙建议孙思克并粮减兵，“速并粮，简留精锐，余悉给食遣还。若减兵获咎者，请身任之”，孙思克遂决定将剩余粮食集中使用，从7000名绿营兵中挑选2000名追赶归化城军。西安将军博霁也遇到了类似情况，从3000名八旗军中挑选2000名追赶归化城军。终于在四月十一日外察罕和朔（蒙古国阿尔拜赫雷东）与费扬古的归化城军会合，会合后，西路军此时有“精锐骁勇之兵一万四千人”。

董鄂・费扬古

五月初四，西路军主力1.4万人到达土剌河安营。十三日，侦察兵获得噶尔丹军队踪迹，费扬古率全军拔营以战斗姿态行军，向东南行20里地至昭莫多，此地就是不久后与噶尔丹决战地点。

昭莫多蒙古语为林木之意。北面是肯特山，山下有平川，广数里，“林木森立”，并有河流蜿蜒其间，地势北高南低，其南边有小山似马鞍，高约20仞，地形非常复杂。费扬古之所以选择此地为决战地点，是因为清军马匹大量倒毙，“马力不能驰击，非反客为主，以佚待劳不可”，遂选择“其地有小山，三面皆距河，林木茂荟”的昭莫多设伏。

五月十三日，哨探报告，在特勒尔济河口发现噶尔丹军队，噶尔丹军队数量据费扬古奏疏上记载有1万余人，而据降人丹巴哈什哈言噶尔丹兵有5000人。之所以相差如此之大，极有可能是统计口径不同，费扬古算上了噶尔丹军中勤杂人员之故。

费扬古在发现噶尔丹的部队后，以前锋统领硕岱、副都统阿南达率领前锋军280人（《圣武记》谓前锋军400人，当不实，从《清史列传》中硕岱传记）前去河口挑战，前锋见敌众多，且战且退，将噶尔丹大军诱至昭莫多决战地点。

抚远大将军费扬古在宁夏绿营总兵殷化行的建议下占据马鞍形小山制高点。在抢占山头的同时，费扬古抓紧布阵，以河西绿营兵居中，京师八旗、西安驻防八旗、察哈尔、归化城土默特兵居东面，右卫驻防八旗、部分河西绿营兵、喀尔喀蒙古兵在西面沿河布阵（殷化行的《西征纪略》中的清军布阵与费扬古的奏疏中不尽相同，此处以费扬古奏疏为准）。

昭莫多之战示意图

在清军占据制高点后，噶尔丹也意识到这座小山的重要性，但发现山巅已经为清军所占，厄鲁特兵“遂止东崖下，以崖为蔽，举铳上击”。《平定朔漠方略》中记载厄鲁特降人丹巴哈什哈证词亦云：“见西路兵先拒高阜，已得地利，我厄鲁特就一小坡，徒步拒敌”。可见，清军完全占据了有利的地势。

由于地形复杂，无论是清军还是厄鲁特蒙古兵都下马步战，清军的火力具有压倒性优势，在占据制高点的清军以67门子母炮和大量鸟铳不断轰击、射杀，“发上颁皇炮及自制子母炮叠击之”，厄鲁特兵亦抵死猛攻。噶尔丹的妻子阿努可敦“亦皆冒炮矢，舍骑而斗，锋甚锐”。在僵持战斗中，清军火力给予了厄鲁特军大量杀伤，多名厄鲁特军中的重要人物死于清军火炮鸟铳。阿努可敦中鸟枪阵亡、戴巴图尔宰桑和身后4人被炮弹洞穿而死、博罗特和卓中箭身亡。而清军肃州总兵潘育龙亦被厄鲁特蒙古兵火力杀伤，“飞炮贯颐出耳后”。

在相持中，据《西征纪略》记载，费扬古听去了宁夏用兵殷化行的建议，命驻扎于河边右卫驻防八旗、河西绿营兵、喀尔喀蒙古兵击敌侧翼。再出一军包抄敌军辎重部队，“满洲骑兵围而攻之，并我辎重妻子不遗”。在左右包抄的同时，孙思克率领河西绿营兵先以拒马撞击，再用鲜红藤牌护身，距敌十步之内，万箭齐发。

绰罗斯​・噶尔丹

此战从未时战到酉时，噶尔丹虽然竭力组织反击，“后复短兵相接”，但仍然失败，急忙率30余人上马狂奔而去。厄鲁特蒙古兵最终崩溃，“其巅坠崖下者，河沟皆满”，西路军狂追30余里，斩首2000余级（后据副都统阿南达称斩首3000余级，恐涉夸张，故以费扬古之奏报为准），生擒100多人。“五月丙辰朔，上驻跸拖陵布拉克。辛酉，次枯库车尔。壬戌，侦知噶尔丹所在，上率前锋先发，诸军张两翼而进。至燕图库列图驻营。其地素乏水，至是山泉涌出，上亲临视。癸亥，次克鲁伦河。上顾大臣曰：‘噶尔丹不知据河拒战，是无能为矣。’前哨中书阿必达探报噶尔丹不信六师猝至，登孟纳尔山，望见黄幄网城，大兵云屯，漫无涯际，大惊曰：‘何来之易耶！’弃其庐帐宵遁。验其马矢，似遁二日矣。上率轻骑追之。沿途什物、驼马、妇孺委弃甚众。上顾谓科尔沁王沙津曰：‘虏何仓皇至是？’沙津曰：‘为逃生耳。’喀尔喀王纳木紥尔曰：‘臣等当日逃难，即是如此。’上上书皇太后，备陈军况，并约期回京。追至拖纳阿林而还，令内大臣马思喀追之。戊辰，上班师。是日晨，五色云见。癸酉，次中拖陵。抚远大将军伯费扬古大败噶尔丹于昭莫多，斩级三千，阵斩其妻阿奴。噶尔丹以数骑遁。癸未，次察罕诺尔。召见蒙古诸王，奖以修道凿井监牧之劳，各赐其人白金。”“是役也，中路上自将，走噶尔丹，西路费扬古大败噶尔丹，唯东路萨布素以道远后期无功。”

清军西路军在昭莫多之战也付出了相当大的代价，据《钦定八旗通志》记载，清军在昭莫多战役里共阵亡满八旗军官45人，蒙八旗军官7人，汉八旗军官2人。而参加战役的归化城土默特军总共出兵800人，据《土默特旗志》记载战死高达“官五员，兵二百三十余名”，战死率高达28%，可见清军获得昭莫多战役胜利的代价也极其高昂。

尽管昭莫多会战对于清军来说打得异常艰苦，但终究是取得了决定性胜利。而噶尔丹的军力在此战中损失殆尽，从此陷入穷途再也不能翻盘，直至身死。