天京陷落，太平天国统治核心溃散殆尽，其政权事实上已不复存在，但其残余的数十万军队仍在大江南北坚持战斗。
同治二年（1863年），因扫平浙江而立下大功的左宗棠被清廷补授闽浙总督，出于对全局的考虑，他决定亲赴福建追剿太平军残余力量，彻底平寇，于是上奏清廷说明浙江恢复情形，举荐爱将蒋益澧为浙江巡抚、杨昌濬为浙江布政使，并详细陈述了战后浙江当务之急亟待处理的多项事务。因事关经济民生的恢复和彻底荡平“发匪”余孽之成败，加上左宗棠事无巨细考虑周详，很快便获得清廷批准。
安排好浙江人事、政策后，左宗棠率卫队、幕僚离开杭州，经富阳、建德、龙游等地辗转进入福建。
在湘军攻破天京前后，一部分在外征战、未参与天京保卫战的太平军兵分五路先后进入江西境内，这五路军互不统属，各自为战，势同流窜。这批太平军残余力量接踵入赣，后有左宗棠楚军追击，前有江西清军的截击，一路被动应战，屡遭挫败，损失惨重，难于立足。
李世贤
到同治二年（1863年）10月前后，数股太平军残部又从江西窜入福建，在福建南部地区山海间出现了一个太平军的临时根据地，主要有两股势力：一是故忠王李秀成堂弟、侍王李世贤部：“李世贤据漳州，分党据龙岩、永定、南靖、云霄、平和”；二是安徽籍的康王汪海洋部：“汪海洋掠长汀、连城、上杭诸县境，而自踞南阳乡，众合二十余万”。李世贤、汪海洋互为声援，加上陆顺德、何明亮等部，声势颇大，大有死灰复燃之势。李世贤是天京陷落后最具号召力的太平军首领，他能征善战，麾下多身经百战的两广老兵，是太平军残部中实力最强的一支。他率部从江西入福建，与汪海洋部相互策应，屡败清军，势力复振。
太平军在武平之战中大破清军，擒杀湘军名将、福建按察使张运兰，并一举攻占漳州府城。张运兰之死和漳州沦陷令清廷震惊，急忙下旨催促左宗棠速派各军火速驰援福建，彻底剿灭“发匪”。
楚军大举入闽左宗棠身为闽浙总督，对福建之事自然责无旁贷，他在率大军入闽前，尤其是张运兰兵败被杀后已陆续派兵开往福建。林文察率军驻守泉州，康国器带兵驰援漳州，黄少春率部自浙江衢州驰往延平（今福建南平）。此外，左宗棠还命部将刘典从江西建昌率八千多将士昼夜兼程，赶往汀州，高连升率3500人乘火轮从海上直趋福州，从外围胁迫太平军聚集到一处，以便集中歼灭之。
左宗棠
在兵力部署上，左宗棠驾轻就熟，排布得有攻有防，亦或叫攻守平衡。他让刘典、高连升、康国器等部分别从北、东两面向闽西南进逼，希望在驻广东清军的配合下，对太平军进行合围，使太平军三面受敌，而缺口一面是一望无际的大海，使太平军兵陷绝境；另外他还在闽中延平一带设下重兵，以控扼闽江上游地区，防止太平军溃围后向福建中部和省会福州等地渗透、发展。
万松关、瑞香亭之战，李世贤大破清军，击毙福建陆路提督林文察，大获全胜同年12月1日，李世贤率军主动出击，对万松关、瑞香亭镇内清军陆营、水营驻泊地发起猛攻，福建陆路提督林文察猝不及防，饮弹毙命，所部死伤惨重，水师舰船被焚毁、击伤不少，李世贤军大获全胜。福建水师提督曾玉明率水军前去营救，也遭太平军阻击兵败，只得调转船头退守江东桥，以力保泉州门户。此次清军战败令泉州、厦门颇受震动，正在惶恐时，左宗棠派出的各军先后开至。12月5日，高连升部由福州驰抵泉州，不久进驻距离漳州不远的万松关、瑞香亭等处，以控扼漳州东路。12月13日，黄少春军也抵达漳州江东桥，旋即进驻漳州东北10余里的北溪。李世贤见清军大举来袭，率麾下太平军退入漳州城内。
漳平杨家坊之战，汪海洋大破刘典，楚军损失颇重与此同时，康国器率军出永定南下，经雁石，攻龙岩。11月30日，清军进抵距龙岩城仅8华里的铁石洋，与太平天国来王陆顺德、东平王何明亮所率的太平军遭遇，旋即展开激战，并反复鏖战数日。12月9日，李世贤部将丁太阳率军由永定北上，进攻漳平，企图截断清军后路，但被清援军击走。西路的刘典得知漳平被围，立刻分兵驰援，并亲率主力进驻杨家坊，主动向人多势众的汪海洋部太平军发起进攻。汪海洋也是天朝后期数得着的猛将。他率军大举反攻，分路包抄，大败刘典军，阵毙好几员楚军将领。刘典大败，部众伤亡惨重，他只得收拾败兵，退守连城。
12月14日，左宗棠率卫队驰抵浦城，得知前方军情紧急，康国器、刘典等接连兵败，只稍作停留便又马不停蹄地督军前进，于25日抵达延平。他得知太平军尚有20万之众，深感己方兵力不足，以现有的兵马实在难以应付太平军，于是一面请求朝廷调兵增援，一面设法筹集粮饷，加紧调整军事部署。
他与诸将商议，认为若想打败太平军，必须先取远势，再从外而内，渐逼渐近，将分散于各处的太平军逼并一处，然后集结重兵，并力一股聚歼 。兵力也要按需分布，因敌而变，不能只关注眼前之效，而要以全局为重。为此，他一面飞檄令高连升、黄少春“勿攻城，勿浪战，深沟固垒，相机图之”，引诱太平军出战，再反客为主，多次重创之，创造可乘之机；一面就近联络长泰的绿营兵，防止太平军逃窜，并严密防守其窜扰泉州、厦门，以解除漳州各军的后顾之忧。
大战一触即发为支援左宗棠在福建征剿太平军，清廷命李鸿章从江苏抽调淮军炮队赴闽助剿，且炮兵部队归左宗棠节制、调遣。以此同时，命何云章率粤军驰奔诏安，进逼云霄；方曜率军进屯上杭蚺蛇渡，以进图永定。12月16日，何云章率粤军进攻云霄，与前来增援的太平军朱兴隆部激战。28日，何云章攻破塔子山太平军营垒，朱兴隆率残部逃窜。随着各路援军纷纷入闽，左宗棠实力大增，一场攸关胜败的决战即将展开......
