在OS2引导管理程序中，创建2条启动菜单，分别是位于第一主分区中的Windows 98和位于第一逻辑分区中的Puppy Linux，默认30秒倒计时，30秒内没有选择系统自动启动Windows 98；30秒内通过上下键选择第二项启动Puppy Linux

Puppy Linux采用GRUB作为引导，安装GRUB时会自动将第一主分区的Windows 98操作系统添加进启动菜单，此处显示为DOS（on /dev/hda1）,第二条启动菜单Linux便是Puppy Linux的启动菜单了。

选择之后，Puppy Linux便会通过kernel加载内核并启动桌面

但是如果选择GRUB启动菜单中的第一项DOS（on /dev/hda1），确实可以启动Windows 98操作系统，然而成功启动一次之后，下一次重新启动计算机时，系统默认只会直接启动Windows 98，原有的OS2引导管理程序无法显示。

其原因在于GRUB在启动Windows 98时会激活第一主分区，通过makeactive命令实现，然而这一命令是永久生效的，并不会在启动一次后自动失效。