导语：本文探讨了软疣病毒的全基因组序列，为理解其在不同人群中的传播模式和进化机制提供了重要视角。这项研究不仅揭示了病毒基因型的多样性，也为现有的诊断方法和治疗策略的发展提供了科学依据。
软疣病毒（Molluscum Contagiosum Virus, MOCV）感染是全球50种最常见的疾病之一，皮肤上的小丘疹为其常见表现。虽然多数情况下这些丘疹会在几周或几个月内自愈，但在免疫受损者中，MOCV感染可能导致严重的临床问题。尽管早期研究通过限制性酶谱对MOCV的四个基因型（MOCV1-4）及其亚型变体（如MOCV1p, MOCV1va, MOCV1vb, MOCV1vc）进行了部分描述，但仅有MOCV1和MOCV2的完整基因组序列被公布。这使得MOCV的进化路径和现有PCR诊断方法的准确性存在不确定性。
2023年11月，mBio发表了一篇题为“Comprehensive analysis of 66 complete molluscum contagiosum virus (MOCV) genomes: characterization and functional annotation of 47 novel complete MOCV genomes, including the first genome of MOCV genotype 3, and a proposal for harmonized MOCV genotyping indexing”的文章，旨在填补这一研究空白。
研究方法
本研究是一项病毒基因组学研究，旨在全面分析66个完整的MOCV基因组，包括对47个新发现的完整MOCV基因组进行特征描述和功能注释，实现了对MOCV3基因型的首次完整基因组序列的鉴定。研究中开发了一个新的框架，用于从完整的MOCV基因组序列中提取限制性酶识别位点的轮廓，并与参考的限制性酶谱进行匹配。此外，研究还包括了对66个当前可用的MOCV基因组的系统发育、重组和限制酶识别位点的分析。
研究结果
系统发育分析揭示MOCV基因型多样性
本研究通过综合分析66个完整的MOCV基因组，其中47个为新鉴定的基因组，揭示了MOCV基因型的广泛多样性。研究结果显示，这些基因组能够被归类为六个系统发育亚群（PG1-6），这些亚群与早期研究中识别的亚型变体相匹配。特别值得注意的是，PG5亚群代表了MOCV2的一个新发现的亚型变体。然而，并未发现与MOCV1vb或MOCV4亚型变体相对应的PG。这一发现表明，MOCV的进化路径可能比之前所理解的更为复杂多变。
大规模重组事件影响MOCV进化
研究进一步通过重组分析揭示了大规模重组事件在MOCV进化中的作用。系统发育亚群可能从原型MOCV基因型谱系中分化出来，这一过程可能涉及大规模的基因重组。具体而言，重组事件RS1、RS2和RS3在MOCV基因组中的分布表明，这些事件在全球范围内的MOCV基因型中均有发生，表明重组在MOCV的传播和进化中扮演了重要角色。
新型MOCV基因组的突变特征
通过对新鉴定的MOCV基因组进行突变分析，研究团队发现了大量的删除（Deletions, DELs）、插入（Insertions, INSs）和单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphisms , SNPs）。具体来说，MOCV1基因型的序列具有多达77个DELs、73个INSs和1 169个SNPs，而非MOCV1基因组则至少有366个DELs、281个INSs和8 229个SNPs。特别是MOCV3基因组相对于MOCV1参考序列具有最多的突变，这表明MOCV3可能是一个相对较新的基因型。
重组事件对诊断方法的影响
研究还评估了现有基于PCR的MOCV基因分型检测方法的准确性。结果表明，某些突变可能会影响这些检测方法的特异性。例如，MOCV3在用于区分MOCV1和MOCV2的序列区域中与MOCV2相同，这可能导致MOCV3被误分类为MOCV2。此外，MOCV1的一个亚型变体在检测位点上也存在SNP，可能会被误分类为MOCV2。这一发现提示了现有诊断方法需要进一步优化，以适应MOCV基因型的多样性。
总结讨论
本研究通过全面分析66个完整的MOCV基因组，包括47个新鉴定的基因组，揭示了软疣病毒的复杂基因型多样性。研究发现，这些基因组可被归类为六个系统发育亚群，其中PG5为MOCV2的新亚型变体。此外，重组事件在全球范围内的MOCV基因型中普遍存在，表明其在病毒进化中扮演了重要角色。这些发现不仅丰富了对MOCV进化和传播机制的认识，也为改进诊断方法和治疗策略提供了科学依据。
参考文献
ZOREC TM, ALM E, LIND KARLBERG M, et al. Comprehensive analysis of 66 complete molluscum contagiosum virus (MOCV) genomes: characterization and functional annotation of 47 novel complete MOCV genomes, including the first genome of MOCV genotype 3, and a proposal for harmonized MOCV genotyping indexing[J]. mBio. 2023, 14(6):e0222423. doi: 10.1128/mbio.02224-23.
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编辑：耳东
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