建文即位之初即减轻洪武时期重狱，释放监狱囚徒。这种对洪武过重刑罚的修订，建文实际是继承了其父朱标的做法。
一、建文朝的文治改革：四年宽政解严霜
(一)减轻刑罚，力图扭转整个国家的政治风格，用“礼义”取代“刑罚”成为政治精神的本位。这与方孝孺的重礼轻法思想完全契合，也印证了建文实行的宽仁政治是儒家政治理念的具体实践。
另一重大改革是建文二年二月下诏减免江南田赋，苏、松、杭、嘉、湖等地是洪武时期赋税最为沉重的地区，为维持这种重赋现象，并不许苏州、松江地区的士人出任户部官员。建文的这项改革于此悉数革除。均是施行宽仁之政的表现。同时派遣户部左侍郎、给事中徐思勉等二十四人充采访使：“分巡天下，问民疾苦，旌廉斥贪，得以便宜行事。”
当时杨荣在建安府学读书，杨士奇在杨荣的行实中记载：“时户部侍郎夏原吉及诸朝使按临者，莫不待公殊礼。”夏原吉分巡天下到达福建建安府第一次见到了杨荣，即被杨荣的才华所吸引，后来同朝为官，成为一段佳话。
由于“靖难”后朱棣对建文史料的篡改，目前所掌握的史料并不能直观证明建文朝国家和社会风气变化的具体情状，仅仅能从明代中后期士人的笔记中略微可见建文朝政的特色。这一记载不一定具体而真实，却是士大夫对建文和建文朝政追忆心理趋向的表现。
(二)更定官制，王世贞的《弇山堂别集》卷12《建文官制后革》中对建文的官制改革记载最为详细：分为更定官制和更定勋阶两个部分。
提高六部尚书的品级，由正三品升为正一品。洪武十三年裁革中书省，六部尚书上升为正二品。建文朝六部尚书如下：吏部尚书茹瑺、兵部尚书齐泰、户部尚书王钝、工部尚书增赐、礼部尚书陈迪。其中更定的勋阶中尚书为“特进资政上卿”，侍中为“资政卿”，侍郎为“资政亚卿”，郎中为“资政中大夫”，员外郎为“资政大夫”，给事中为“资政中士”后来在永乐和仁宣时期辅政的三杨、蹇义和夏原吉等人在建文朝也都逐渐开始进入政治中枢。
如洪武三十一年八月，建文即位后征江西处士杨士奇，十二月授予杨士奇为齐王府的审理。夏原吉为户部右侍郎、蹇义为吏部右侍郎。建文二年开科取士，进士杨荣、杨溥、胡广、李贯等人后来均成为仁宣朝重臣。“洪武”和“建文”年号的本身也彰显了政治风格的改变。但是在改变的过程中也存在一些不符合实际、求治过速的举措。
建文君臣对官职的改革，政治寓意是对洪武朝政的更张。这一改革代表了建文君臣恢复文治，改变政治生态的价值取向和政治诉求。建文朝所开创的文人政治的局面虽然仍处于萌芽状态，又面临燕王的军事压力而无法切实地付诸实施，但是这种文人政治的气息仍然给后世士大夫留下美好的回忆。
(三)削藩之政，洪武中晚期以后，随着北部藩王年龄的逐渐增长，军事指挥经验、统领的军事队伍的不断壮大，尾大不掉的局面已经形成。“非帝杀王，即王弑帝。”朱元璋时期，天子和藩王是父子关系，忠孝两者是完全合一的，对皇帝要忠，对父亲要孝，忠孝合一，君臣一体。建文即位后，这种关系模式变化为叔侄关系，同时又是弱君和强臣的关系，建文削藩政策已是箭在弦上不得不发。
削藩政策的实行对于士大夫来讲，一是要维护中央皇权的稳定，解除地方藩王权力对皇权的潜在和明显的压力；二是化解士大夫政治和贵族政治这两者之间的冲突和矛盾。建文帝为稳定中央皇权和削弱贵族政治的可能性而开始采取措施削藩。建文为处理藩王势力增长对中央皇权的威胁而实行的削夺政策最后因燕王的兵变而失败，最主要的原因在于建文帝对天下形势认知和估计不足，低估了藩王的军事实力。
建文帝和士大夫通过更定官制恢复士大夫在朝廷中的中枢和主体位置；通过减轻刑罚、推行仁政实现士大夫追求的以道德和仁义治国的政治理念；通过削夺藩王权力实现士大夫追求的中央集权的政治局面。通过江南地区的赋税改革实现士大夫民本主义的政治追求。以上内容构成了建文朝士大夫政治格局的主体，透视了建文朝文人气象的升腾。
建文朝的政治改革为建文帝迎来了“天资仁厚”、“亲贤好学”的美名，也构建了建文朝士大夫政治模式。虽然“靖难”后建文帝不知所终，建文的死被渲染为一种道德的实践：“国君死社稷，义之正也。”建文朝政治达到了皇权政治和士大夫政治的契合。当时由于武人政治、宦官政治、外戚政治等非常态的政治模式均无法形成，建文帝完全接受了儒学教育，其政治信仰、自我认同、权力意识等理念完全是在儒学士大夫的熏陶下形成。
皇帝和士大夫对士大夫在政治场域中的身份认同、权力义务、价值观念等方面不存在认知冲突，使得皇权政治和士大夫政治能够融合起来而各自发挥对政治的良性影响。建文朝出现了明显的文人政治的倾向和士大夫政治的萌芽，后世士大夫对于建文帝和建文朝史事长时间的追忆和回溯，根本原因在于建文朝构建和规划了一幅士大夫践行政治理想并且付诸政治实践的宏伟蓝图。
二、永乐朝士大夫的政治改革
建文四年六月，明成祖朱棣的靖难兵攻入南京，宣布建文政权的瓦解，永乐政权的建立，皇权在朱姓叔侄间发生转移。“靖难”撕裂了士大夫群体，时局、信仰、命运纠缠在士大夫的思想中，逼迫士大夫在朱棣和朱允炆叔侄之间做出清晰的政治立场选择。建文皇权和永乐皇权的合法性问题成为朱棣、方孝孺、杨荣三方的聚焦点，出现了方孝孺的为君死难和杨荣的顺利归顺两种立场选择之间的冲突和对立。
永乐朝三杨为代表的士大夫积极而努力建构起永乐皇权的合法性，朱棣也通过文治武功的成就为永乐政权的合法性增加砝码。永乐政权一改建文政权的文治气象，皇权专制、宦官提督东厂的特务政治、南征北讨的军事活动诠释了扩张性和外延性成为永乐政权的基色。
永乐皇权的合法性
政权的合法性是对政权的属性界定。罗尔斯的《正义论》从两个理路来分析政权的合法性：正当性和正义性。正当性确认权力来源的合法性；正义性确认政治实际中的成效性。正当性为权力的来源确定了标准和尺度，确立正当性的目的就是为政治确立一个标准来维持秩序的稳定和权力的平稳运行。
但是在正当性指导下的政权建立后，正当性就不再发挥作用，只能作为政权的一个合法性符号和标志；正义性，即政治的有效性就成为政权建立后对政权发挥约束和规范作用的一个监督者。一个拥有正当性的政权，如果没有政治的有效性，没有能力维持政治秩序的稳定，或者虽有能力维持政治稳定，却是以暴力与血腥为手段，或是不能满足本集团的利益，或是无法满足民众的福祉，那么这个政权也就失去合法性。
“靖难之役”燕王朱棣以兵变攘夺皇权，建立永乐政权，要想构建起永乐政权合法性，就要动摇建文帝的皇统地位。以亲王辍朝之礼祭奠建文帝。这样做的政治寓意有二：一是向天下宣告建文帝已经死亡，杜绝怀有二心臣子复辟的想法，在政治舆论上稳定皇权；二是把建文定位为亲王而非皇帝，亲王辍朝礼节是三日，以此来动摇建文帝的皇统身份。
1、颠覆建文皇权的合法性
朱棣从两方面动摇建文政权的合法性。一方面，指出建文即位是矫太祖遗诏而获得帝位，颠覆建文皇权的正当性。“朕以高皇帝嫡子，奉藩于燕，高皇帝以燕地与胡虏接境，屡属以事。后懿文太子薨，高皇帝以朕堪属大事，欲正位东宫，永固基本。不幸，高皇帝宾天，炆矫遗诏即位。”但是建文皇族和血统的事实、即位诏书的公开性，以及年号、制度、文书、礼节等方面的既成性，造成从权力来源的合法性角度颠覆建文皇权的困难。
另一方面，阐明建文朝政失去效能，颠覆建文皇权的正义性。朱棣在《慰谕臣民敕》中列举建文帝罪过：变乱祖制、动摇国本；违背孝义，数典忘祖、戕害藩王、祸乱宗室；荒淫失德，小人当政、崇信佛道，灭绝人伦；穷兵黩武、尽失民意；尊崇外戚，大兴土木；天象示警，灾变屡现；亵渎上天，失去天命。
这九大罪过重塑建文帝的政治形象：不敬天、不法祖，不亲亲、不恤民，荒淫无度、崇信异端，亲佞臣、远贤臣，穷兵黩武、穷奢极欲。建文帝的昏庸无能造成建文朝政的失效，即便从权力来源角度无法动摇建文皇权的合法性，可是皇帝的昏庸和朝政的混乱还是让建文皇权失去天命和民意，而丧失正义性。
2、建构永乐皇权的合法性
洪武三十五年七月，朱棣祭祀天地于南郊。祭文歌颂太祖的文治武功，同时指出建文崇信奸回、委政近侍、改更祖宪、戕害诸王的种种罪过。旨在说明建文帝倒行逆施，自弃于天。进而证明朱棣“靖难”非为夺取皇位，目的是“清君侧之恶”和“为万姓请命”。朱棣建立的皇权得到了祖宗、天意、百姓等三方的支持，为永乐皇权获得政治舆论支持。
永乐元年六月十二日，朱棣为朱元璋和马皇后上尊谥号。在诏书中重申自己的嫡长子身份，褒奖朱元璋和马皇后的功业和盛德。按照建文元年九月，长兴侯耿炳文所言：“燕王与上皇父同母弟，陛下之嫡叔父，其性尚未离骨。”可证朱棣之母为马皇后。明清之际的史家谈迁否定朱棣生母为马皇后之说，查照皇室谱牒确认朱棣生母是碽妃。
3、即位诏所阐释的合法性
洪武三十五年七月初一日朱棣向天下发布即位诏书，永乐即位诏书传达的信息如下：第一，朱元璋所建明朝合乎天道、顺乎民意。第二，朱棣靖难起兵具有《皇明祖训》的法律依据。第三，朱棣“靖难”对象并非建文，而是齐泰和黄子澄等士大夫。第四，建文自绝于社稷、祖宗和百姓，朱棣即皇帝位符合天意和民意，“靖难”军事胜利归因于天助。第五，朱棣进入南京获得臣民的拥护。
总之，朱棣用正义性破解建文皇权的合法性和正统性，同时用血缘、祖命、天命、民意四个方面从正当性角度建构起永乐皇权的合法性和正统性。
