跑步时肩膀和脖子疼可能有以下原因：

1. 姿势不正确：跑步时，如果头部过度前倾或耸肩，会导致颈部和肩部肌肉过度紧张，引起疼痛。

2. 缺乏热身：在跑步前没有进行充分的热身，肌肉没有准备好，容易出现拉伤或酸痛。

3. 过度使用：长时间或过度频繁地跑步，可能会使肩部和颈部的肌肉疲劳，引发疼痛。

4. 肌肉不平衡：身体某些部位的肌肉过于紧张或薄弱，可能会导致不平衡，从而引起肩部和脖子疼痛。

5. 其他因素：如颈椎病、肩周炎等疾病，也可能在跑步时加重症状，导致疼痛。

为了缓解肩膀和脖子疼，可以尝试以下方法：

1. 调整跑步姿势：保持身体正直，头部微微抬起，肩膀放松，避免过度前倾或后仰。

2. 充分热身和拉伸：在跑步前进行适当的热身运动，如颈部、肩部的转动和伸展，跑步后进行拉伸，帮助放松肌肉。

3. 控制跑步强度和频率：避免过度劳累，合理安排跑步计划，给身体足够的恢复时间。

4. 加强颈部和肩部肌肉锻炼：通过力量训练，增强这些部位的肌肉，提高稳定性。

5. 注意休息和治疗：如果疼痛持续或加重，建议休息并咨询医生，进行进一步的诊断和治疗。

需要注意的是，如果疼痛严重或伴有其他症状，如手臂麻木、头晕等，可能需要就医，以排除更严重的问题。此外，保持良好的身体姿态和定期进行运动锻炼，对于预防这类问题的发生也非常重要。