《铃芽之旅》改编自同名小说《铃芽之旅》，故事背景取材于日本311大地震，这部动画电影堪称新海诚灾难三部曲的最终篇。

女主岩户铃芽是一个十七岁的高中生，她生活在九州的一个宁静小镇上，她从小到大总是做着同一个梦，梦里她很小，在梦里她在一片废墟里寻找着妈妈，梦中的自己悲伤而不安，而梦里总会出现一个穿着白色连衣裙的女人，她身材修长，嘴角总是挂着浅浅的笑，梦里的那个女人总是轻呼他的名字——铃芽。

但岩户铃芽不知道的是，其实这个女人就是将来的她，岩户铃芽她的妈妈在她四岁的时候死于地震中，这个创伤始终埋藏在岩户铃芽的内心深处，无法抹去，无法抚平……

现在的岩户铃芽和姨妈相依为命的生活在一起，他们来到现在的这个城市，开始了新的生活，这天早上铃芽和往常一样被姨妈唤醒，她吃过早餐，踩着她那粉色的自行车略过湛蓝的海岸线，她遇到了“正在找门”的旅行青年草太。

草台长相清雅，漂亮，让玲芽不知道的是，草太竟然是一个闭门师，他询问玲芽附近哪里有废墟，他在寻找一扇门，此时的玲芽被草台吸引，而不自觉的跟随着草太来到了山上的废墟之地。

玲芽发现废墟之地上有一扇白色的门，玲芽仿佛被什么东西吸引而不自觉的将手伸向了，那扇门……

而玲芽刚一碰触那扇门，门就被打开了，奇怪的是门的那一边竟然是夜晚，玲芽很震惊，她想走到门的那边去看看，但玲芽发现她一旦踏过那道门，景象就会消失，玲芽反复试了几次都没有成功，后来玲芽发现了一个长得像一只猫的石头，玲芽好奇将石头拔起来，奇怪的是石头活了，变成了一只白猫跑掉了。

大惊失色的玲芽吓得跑走了，但灾难来了……

玲芽知道自己闯了大祸，她拼命的向废墟之地跑去，她刚一到废墟之地就看见草太要拼命的关上那扇门，原来草太石一个闭门师，他的指责就是关上那些带来灾难的门，所以他要在全国各地旅行。

其实关在门里的魔物叫蚓厄，它是灾难之源，它会引发地震给人类带来灾难，而白猫就是镇守在门边的要石。变成白猫的要石将草太变成了一把，只有三条腿的儿童椅子。

学校的废墟中蚓厄要再次从往门中逃出，但变成儿童椅子的草太力量太弱了，他只能让玲芽帮忙关门，草太让玲芽想着过往的人和事，他们终于合力将门关上了，玲芽为自己能够阻止地震的发生而开心，但白猫再次出现，它说往门还会再次出现......劫后余生的玲芽，觉得晚饭美味无比，激动的流下眼泪......

白猫再次出现，草太在和玲芽追寻白猫的时候，又发现了往门，这个往门摩天轮上，玲芽看着往门里的景象失了神，差点从摩天轮里掉下去，幸好草太及时赶到，草太惊讶玲芽能看到门里的景象，原来门里的那个地方叫常市，哪个地方蚓厄的栖息地，也是死去的人待的地方。

玲芽和草太的相处中，玲芽爱上了草太，她决定守护草太，直到他变成人了为止，但要石想要自由，玲芽和草太很难抓住它，更悲催的是两块要石都变成了猫，所以他们不仅要关门，还要抓两只猫，就这样他们开启了他们的旅行。

后来草太为了自己的职责变成了要石，玲芽亲手将他插在封印之地，失去草太的玲芽决定前往常市，而变成猫的要石也决定跟玲芽一起前往，最终为了帮助玲芽白猫再次变成了要石。而玲芽遇到了小时候意外闯过往门的自己，她告诉小时候的她，不要害怕未来，未来你会遇到很多幸福的事，要勇敢......