和田玉的皮色，现有的研究表明，和田玉皮色是因籽料所在河水中铁、锰等有色杂质因部分河段流速变缓或pH酸碱度升高，渗入籽料表层沉淀所致。这些致色矿物种类及含量多少的差异，导致和田玉籽料有不同的颜色。这种颜色放大观察可以发现天然的皮色有较明显的层次感，中间部位颜色较浓，边缘相对变淡，且中间部分可见水草花状分布的深色小点。经放大观察，可见这种颜色都是沿着或深或浅的表面裂隙分布。如果裂隙较深，将玉石沿着裂隙敲开，可以发现裂隙中的颜色已经渗入两边的玉石中，形成参差状分布的颜色，犹如一条蜈蚣，也被称为“蜈蚣纹”。

和田玉的毛孔，目前和田玉毛孔的成因有两种说法：一种认为和田玉籽料在河流搬运过程中，因碰撞会留下大小不等的碰撞坑，放大检查发现与表面不齐，以坑形式存在另一种则认为由于和田玉是镁质碳酸盐与中酸性岩浆岩交代变质而成，变质反应并不完全，在新形成的和田玉中仍有少量镁质碳酸盐的存在。透闪石与这些残留的镁质碳酸盐抗风化性质不一，容易形成差异风化，在经过pH酸碱度较高的酸性河水时很容易被侵蚀形成一个一个小坑，也即是毛孔。通过对毛孔的观察发现，天然的和田玉籽料的毛孔大小不一，分布呈现较强的随机性。坑底光滑程度与外部基本一致，入手感觉较为滑腻，整体呈现较柔和的油脂光泽，因此，只有在侧方向光反射的时候才能看清，如所示。而仿籽料要人工做毛孔，坑中的光泽度与外部光泽度相差较大，坑底较粗糙，入手比较涩。

和田玉的裂纹，绝大多数和田玉籽料会有大小不等、形态各异的裂隙，较常见的如指甲纹、蜈蚣纹等。裂隙处大部分会被河水中的铁锰沉积物充填或经氧化形成氧化面而呈现不同的颜色。如颜色沿裂隙呈浸染状分布，即为所谓的蜈蚣纹。另有一些较浅的裂隙呈现指甲状，也被称为“指甲纹”。指甲纹中颜色常呈松花状、水草状分布。

仿和田玉籽料的裂纹可以是天然的，也可以是人工处理产生的，由于未经河水的长期浸泡，裂隙内干净无充填物，偶尔可见新鲜裂痕。有些人工染色或充填的仿籽料通过放大镜观察，则可以看到裂隙内有染料的堆积，染料主要集中在裂缝口处，向内逐渐变浅，且看不到颜色的过渡。