公元前221年，秦始皇平定六国，一统天下。此时的秦始皇嬴政38岁，正好是年富力强的时候，此时的嬴政自诩“德兼三皇，功过五帝”，采用三皇之“皇”、五帝之“帝”构成“皇帝”称号，被称为“始皇帝”。秦始皇在经济上，统一货币和度量衡；社会文化上，实施书同文，车同轨的政策，在军事上，北击匈奴，收取河南地，修筑万里长城；南征百越，修筑灵渠，沟通长江和珠江水系。
唯独在政治上，朝堂上下产生了巨大的分歧，有的同意郡县制，有的支持分封制。于是在始皇三十四年，也就是公元前213年，大秦皇宫咸阳宫举办了一场正式的政治辩，双方都是饱学鸿儒的博士，其中首席辩首是周青臣。李斯为裁判长。
对于秦始皇实施郡县制，这些博士表示强烈的反对，博士淳于越对秦始皇表示：“县制的确很好，但都是官僚在管理郡县，军政大权集于一身，如果他们割据郡县发生叛乱，怎么办？皇室子弟都成了平民百姓，就只靠朝廷的军队？万一朝廷内部再有人和他们勾结，怎么办，到时候天下必乱”。实际上，这已经不是儒生们第一次想让秦始皇改郡县制为分封制了。
其实这不仅仅是儒生们的意思，也是部分朝臣的建议，丞相王绾就是分封制的支持者，而李斯以周武王分封了那么多子弟，他们的后代却相互攻伐，从春秋数百国，再到战国七雄，最后才有陛下一统华夏为由阻止，由于王绾与李斯谁也说服不了谁，秦始皇只能暂时搁置。
但这事毕竟不能久拖，这才由博士与宰相进行当廷辩论。李斯在此之前上书秦始皇，上书：“秦之所以能统一天下，正是利用了思想界百家争鸣的状况，操纵舆论，创造出对秦国有利的政治环境，这是秦国的软实力。但是，天下统一以后，攻守易形了。对于当政者来说，最要紧的是政治稳定，你们都听我的，都不要闹了，好好干活”。
核心意思就是，这些儒生却无根据地推崇古代，批判现实，儒生们个人意见十分浅薄，指责国家法令失当。如果长期放任自流，那么皇帝将权威扫地，实在是迂腐得很。而且李斯还表示，这些民间潜藏的不法之徒将会攻击朝廷，一旦被别有用心的人加以利用结党扰乱国家秩序，这样就等于退回到战国时代，国家空有统一之名。
此时的秦始皇想封禅，这些儒生对此表示支持，并利用阴阳家的五德终始论作为统一国家合法性的依据，之所以跑到泰山去封禅，就是因为齐鲁之地是六国中最后一块拿下来的地方，泰山是齐鲁之地最高的山，政治意义十分明显。在神话之中，泰山是冥府的入口，秦汉人的思想就是灵魂不灭，视死如视生，对死后世界很敬畏。
这也是后世王朝为何也选择泰山原因，这是个传统问题，既然前朝都这么做了，毕竟秦始皇是祖龙，学他就是必然的。
封禅之后，秦始皇寻求长生的意识已经十分强烈，而方术方士卢生和徐生二人主动提出愿意为秦始皇求不来长生不老药，不想事情败露，于是二人先行逃走，逃走时还诽谤秦始皇，丑化秦始皇的形象。这样的话，按照大秦律法自然要处死，李斯于是就利用此事逮捕方士的机会株连儒生。
因为卢生也是博士，和周青臣、淳于越他们关系莫逆，李斯借机不断放大，在李斯的命令下，御史将在咸阳大肆搜捕，捉拿审问，方士们和儒生们为自保互相推诿罪过，受牵连被捕的达到460余人。秦始皇觉得这些人妖言惑众，老百姓迟早受蛊惑，命令将这些人全部活埋。这就是著名的“焚书坑儒”。
而“坑儒”之后，博士们影响还在，他们依旧向超过百人的弟子传授儒学（礼），并直接与秦二世接触。
史载：“《史记·叔孙通列传》叔孙通者，薛人也。秦时以文学征，待诏博士......二世召博士诸儒生问曰.......博士诸生三十余人前曰......叔孙通之降汉，从儒生弟子百余人”。
秦亡之后，儒士仍然带领着弟子择主而事，当时天下大乱，儒生四处投靠六国后裔，其中就包括陈胜吴广，以及其他义军首领。其中最出名的就是叔孙通，他先投项羽，再投刘邦，为汉朝制定了新的礼仪典章制度。
实际上，六国统一是历史的必然，这在西周时候就已经奠定了。经过800年才统一的。秦汉的大一统思想是在周礼的基础上提炼出来的，这是商周两代不同的地方。
今天我们看到的，例如阴阳家的五德终始论、儒生们弄出来的《周礼》、法家那批人假托管子之名的《管子》，这些东西都是在为未来统一的帝国政府的政策走向做理论建构，甚至战国后期的《韩非子》、《商君书》、《荀子》都是这类的书。
西汉政府在初年诸子复兴，再次表现出诸家纷争的态势。但西汉政府在高祖、文景前六十年其主流政治思想是黄老，黄老的核心是刑名，还是法家的东西。只是到了武帝的时候，再次因为权力斗争才提出“罢黜百家，独尊儒术”。
从吕不韦的《吕氏春秋》“以道德为标的，以无为为纲纪，以“道家学说”为主干，以名家、法家、儒家、墨家、农家、兵家、阴阳家思想学说为素材，熔诸子百家学说于一炉，闪烁着博大精深的智慧之光。吕不韦想以此作为大秦统一后的意识形态。
但后来执政的秦始皇却选择了法家思想，使包括儒家在内的诸子百家全部受挫。如果真如吕不韦计划的那样，那么秦的国祚或能和汉一般。但历史无法假设。
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