4月5日上午，马英九来到祖先陕西扶风县马援祠寻根。2005年清明节时，马英九父亲马鹤凌曾率台湾马氏宗亲宗会也到扶风寻根祭祖，并留诗一首：“跨海寻根万里行，杨凌祭祖正清明；亡人追远还乡日，欣见宗亲乐太平”。

马英九过去曾说：“追根溯源，我是扶风人”。马英九曾介绍其家族的来源：即马氏在春秋时代原来姓赵，后来被封为马服君后才改姓马。明朝末年，扶风马援的一支后裔辗转到了湖南衡阳，他就是这一支的后人。

马援是东汉开国功臣，西征南讨，功勋卓越，被封为伏波将军。他的“丈夫为志，穷当益坚，老当益壮”也成为千古传颂的豪言壮语。全世界的马氏宗亲会挂的是马援将军画像，这是统一的。马英九也表示，在每年的农历大年初二，他都会到台湾苗栗的马家庄祭祖。

马英九马援祠寻根

4月5日下午，马英九来到东汉伏波将军马援墓寻根。解说员告诉马英九，石碑旁的这棵树正是2005年马老先生清明时亲自种下的，马英九听到后说，“这树都长得这么大了。我知道他来过，但不知道还种过树。”随后，马英九特别走近这棵树，看着上面写着“马鹤凌躬植”，马英九还非常关心马援将军墓旁的清代所立的石碑后续保护。

随后，马英九来到陕西省宝鸡市法门寺参观，马英九在释迦牟尼像前祈祷“两岸关系和平稳定”。参拜结束后，马英九说：“功德圆满”。 住持说：“两岸血浓于水”。 法门寺住持迴向马英九：＂身体健康”。 马英九回答：＂一定保证健康”。

法门寺始建于东汉末年恒灵年间（公元147年—180年），距今已有1800余年历史，因供奉有释迦牟尼佛真身指骨舍利而闻名于世。佛指灵骨曾巡展台湾和东南亚，在佛教界引起极大轰动。

4月5日晚上，马英九率团夜游西安城墙。

西安城墙是中国现存规模最大、保存最完整的古代城垣。现在的西安城墙是明城墙，位于西安市中心区，墙高12米，顶宽12—14米，底宽15—18米，轮廓呈封闭的长方形，周长13.74公里。城墙内人们习惯称为古城区，有著名的西安钟鼓楼就位于古城区中心。

4月6日上午，马英九率团前往秦始皇帝陵博物院参观。今天由秦陵博物院院长李岗、当地文物局局长、资深导师一起陪同讲解。

马英九听到讲解员提到秦军如虎狼之师，上战场赤膊上阵，很惊讶：“真的假的？”他对兵器还有战车演变很感兴趣，询问古代战车何时退出历史舞台，馆长说在战国中晚期之后，因为战车行动并不方便，在当时骑兵做为一个新兵种出现并主导战场。

马英九参观了全部三个坑，听到将军俑烧制温度为950到1000度，重量达300公斤，马对当时技术感到诧异；兵马俑的展示相当壮观，解说员强调，考古发掘、保护、展示激励很多年轻人从事这样的工作。中国国民党前主席连战在2005年的破冰之旅，也曾到访过该处，还曾执笔留言“游秦冢而悯万民，跨海峡为创双赢。”但马英九此次仅参观，并没有留下文字感想。

可以说，马英九这次陕西寻根祭祖之旅非常圆满，即弘扬了中华文化，也完成了自己祭祖的夙愿，在祭文中表达了“宝岛心系祖根，两岸统一历史必然”，更是感人，希望两岸早日完成统一。