南京军区守备二师前身为新四军华中野战军第7纵队第31旅、华东野战军第11纵队第31旅、第29军第85师，各团前身在抗战时期坚持苏中地区斗争做出较大贡献，55团1营前身是红军闽东独立师抗日第3纵队。解放战争期间，历经苏中、东台、盐城、盐南、涟水、淮海、渡江、上海、福州、漳厦等战役。特别是1947年8月的盐城战役中，表现优秀，华东野战军第11纵队兼苏中军区授予31旅92团“叶挺部队”、92团1营“叶挺营”、92团1营3连“叶挺连”荣誉称号。

1946年9月，以华中野战军第7纵队第55、59、63团为基础，组建新四军华中野战军第7纵队第31旅，旅机关由7纵队机关和各团抽调人员组成。这个旅各团前身在抗战时期坚持苏中地区斗争，做出较大贡献，55团有红军成分，其1营前身是红军闽东独立师抗日第3纵队、新四军老6团3营。

1947年2月，改称华东野战军第11纵队第31旅。

华野11纵队31旅92团1营1连➢ 29军254团1营1连➢ 水兵师1团陆战营1连➢ 海军陆战师陆战团3营7连➢ 守备第11师守备第68团工兵连➢守备第68团特务连➢南京军区守备第9团特务连➢南京军区守备第2旅通信连➢南京军区海防第2旅通信连

1949年2月，华东野战军第11纵队31旅改称中国人民解放军第29军85师，下辖第253、254、255团，师长兼政治委员朱云谦。

1950年，金门战斗中，253团损失严重。10月，29军撤消后，85师调归福建军区建制。

1952年5月，解放军第85师（欠炮兵团）奉命改编为华东军区水兵师，成为新中国第一支“步兵+机帆船”的水陆两栖部队。

253团：1952年5月，改为水兵1师1团。1956年12月，与水兵3团合编为守备27旅。后部队几经变动，原水兵第l团团部和第2营，改为南京军区海防第13师第51团；原水兵第1团第l营改为南京军区海防第13师第50团第l营（红军营），原水兵第l团第3营改为厦门警备区船运大队。

254团：1952年5月，改为水兵1师2团。1955年1月，改为海军陆战师第1团，调往上海后为守备11师68团。1970年改为守备2师9团，1985年，守备2师撤编，守备9团为上海警备区直属。1991年2月扩编为守备2旅，1993年1月改称海防2旅。

255团：1952年5月，编为水兵1师3团。1956年12月，与水兵3团合编为守备27旅，该旅步兵第3、4营为水兵3团编成。

1954年12月，在陆战第1团（1953年4月，以转隶海军的30师89团团部和2个步兵营组建海军陆战第1团）和水陆坦克教导团的基础上，合并华东军区水兵师师部及所属水兵第2团（原85师254团，“叶挺部队”）组建海军陆战队第1师。

因任务变化，1957年6月，海军陆战师与边防14团合编组成守备第11师，下辖守备第68团、69团、炮兵团和水陆坦克团。10月，正式启用新番号。

1958年底，移师上海，隶属上海警备区，担负海防战备任务。

1970年1月，改番号为南京军区守备第2师。

1975年8月，部队代号调整：

守备第2师--83302部队，驻松江

守备第8团--83315部队，驻南汇

守备第9团--83318部队，驻金山

守备第10团--83308部队，驻洋山

炮兵团--83307部队，驻奉贤

1985年10月，南京军区守备第2师撤消番号建制。

1991年2月，南京军区守备9团（原85师254团）与守备8团两个守备营合编为南京军区守备第2旅。

1993年1月，编为南京军区海防第2旅。

2017年4月，与南京军区海防第1旅合编为东部战区陆军海防第3XX旅。