清太宗皇太极为了更有效地控制军队，将士兵以300人为一个单位进行编队。队伍中的成年男子及其后代便世世代代属于这个小队。随着时间推移，小队数量增多，为了便于管理，便在其上增设了中队和大队，即几个小队隶属于一个中队，几个中队隶属一个大队。大队的汉语称为旗，最终形成了八个大队，它们按颜色区分，发展成为了八旗制：正黄旗、镶黄旗、正白旗、镶白旗、正红旗、镶红旗、正蓝旗、镶蓝旗，共八个。

每一旗，即一个大队统辖五个中队，每一个中队统辖五个小队。后来，随着八旗人口的增长，每个旗内部又根据人丁特点，不同成分分为了三个大队，这就分成了满洲八旗、蒙古八旗和汉军八旗，故而称为二十四旗。

小队队长汉语称为佐领，清代佐领有两大种，一种是世袭的，一种是非世袭的。世袭的指的是这个队长由这个队里面某一个家族世代担任。一个家族有多少个世袭的队长，体现了他们在八旗内的传统地位。非世袭的队长是由朝廷公派，出生什么旗的都有可能。中队的队长汉语称为参领，参领没有世袭，都是从各自的中队中选出来的。最后是大队旗的队长，汉语称为都统。这个都统不世袭，在清初都是由各旗内的旗人自行出任。后来从康熙朝的时候开始，就不拘泥于出身，所以满军旗出身的人到汉军旗去当都统也并不奇怪。

佐领、参领、督统这一政府制度中，除了佐领职位可以世袭外，其他职位都是公派的。这种制度实际上确保了朝廷对八旗的掌控。除了这一制度外，八旗还有另一套管理体系。在八旗内，一个小队不仅属于某个大队的某个中队，同时还隶属于某一位高等的皇族。对小队成员而言，这位高等皇族就相当于他们的主人，被称为领主。

举个例子，某个旗中有十个小队，其中五个归甲亲王管辖，三个归乙郡王管辖，两个归丙贝子管辖。那么，这三位高等皇族都是这个旗的领主，其中最大的领主即甲亲王，能代表其他人，代表这个旗发表意见，被称为旗主。

清代八旗的领主和旗主在清前期经常变动，到顺治朝基本稳定下来。镶黄旗、正黄旗、正白旗三个旗中没有领主，直属皇帝管理，所以这三个旗被称为上三旗。而剩下的五旗由各个高等皇族担任领主，每个旗都有一个旗主，被称为下五旗。

八旗几乎包括了所有满洲人口和军队财富，相当于满洲的国家制度，类似于中原的郡县制。八旗制度的特点是以旗为单位管理人口，管理兵力，八旗的属下都可以称为兵。但事实上，并非所有满族人都能成为士兵。随着满族人口的增加，入伍人数占满族人口比例越来越小。

八旗中最基本的小队有300人，小队越多的旗实力也越强大，旗主的地位也越高。皇太极建立的八旗制度实际上是封建制度，每个旗主都拥有绝对权力。旗内军队的官员把旗主视为君王，他们首先效忠于旗主，然后效忠于皇帝。一旦旗主有政变的意图，旗员也只能追随。这种制度自然会带来问题。皇太极去世后，旗主开始争夺大位。他的八子多尔滚凭借强大实力成为了皇帝，身兼两黄旗的旗主。多尔滚去世后，他的兄弟和儿子相互争夺地位，最终在1644年多尔滚带领八旗入关，争夺天下。由于正白旗的实力大涨，成为了八旗中的领导。后来，顺治皇帝夺回了上三旗的统治权，八旗制度也基本定型。清朝能够统一江山，几乎都要归功于八旗。八旗的组织形式远远超过了草率的明末诸侯之间的结盟。

最早投降的汉人可以编入汉军旗，这样清朝就把汉人的投降融入自身。通过编队、赏爵等方式，逐渐将所有力量整合在一起。如果汉人数量过多，无法完全融合，清朝还特别设立了绿色旗帜，用来管理大规模投降的汉人军队，统称为绿营。八旗和绿营是清朝的支柱。这种资源调配和组织方式使得清朝能够统一江山，并非偶然的。

此后很长的一段时间，八旗旗主依然在清朝的政治舞台上起着举足轻重的作用。因为旗主的权力经常和皇权产生冲突，清朝初期的几位帝王一直都在通过各种各样的方法去削弱旗主们的权利。经过几代皇帝的努力，终于把原本属于各旗旗主的权力全部集中到了皇帝一个人的手中。到了乾隆朝之后，旗主的身份基本上只是一个象征性的荣誉称号，并没有什么实际的权利了。