在临床前动物实验、临床实验的过程中，研究人员会对干细胞的疗效以及可能产生的副作用进行全面评估。毒性反应、遗传学影响、局部刺激、免疫反应等副作用是考察的重要项目之一，尽管这些副作用并非所有患者都会出现，但是研究人员会对其进行严格的风险评估。

这样做的目的是确保使用干细胞治疗的患者能够获得最大的疗效，同时尽可能减少副作用的风险。因此，不能保证说干细胞完全没有副作用，但研究人员会对疗效获益与副作用风险进行综合考评，来评价干细胞是否能用于该适应症。

在原则上，一般需要将来自健康且无遗传疾病的捐赠者的干细胞用于治疗方案中。此外，在非严重疾病领域如美容，运动损伤修复等使用干细胞时，对干细胞的副作用要求非常严格。这意味着只有当送检的干细胞表现出几乎无副作用时，才会被批准用于临床治疗。

在疾病治疗研究中，目前通常采用动脉介入、静脉输注、局部注射移植等方式进行干细胞移植，然后依靠其归巢特性可以快速到达损伤部位，参与损伤修复和更替。归巢性是干细胞能够应用于疾病治疗，特别是全身系统性疾病治疗的重要机制之一。也正是因为这个原因，干细胞在临床上具有巨大的应用潜能。