《倚天屠龙记》开篇金庸引用丘处机词赞小龙女：“浑似姑射真人，天姿灵秀，意气殊高洁。万蕊参差谁信道，不与群芳同列”小龙女美貌无双，气质高洁，近乎完美，成为读者心中女神。因此人们往往好奇，如此佳人是否藏有不可告人的秘密？
一、小龙女身世之谜话说十八年前的一个深夜，重阳宫内，一阵清风拂过，传来婴儿啼哭之声，她就是幼年小龙女！后来古墓中的侍女林朝英的贴身丫鬟出墓，将其收养。于是乎，小龙女的身世成谜，让人遐想连篇。
小龙女的父母究竟是谁？这是无数读者心中的谜团。有人猜测，能生出如此超凡脱俗的女儿，其父母定非池中之物。或许，他们因江湖恩怨，不得不忍痛割爱，将小龙女置于重阳宫前，以求她能在重阳宫避世成长，免受江湖纷扰。又或许，这是一场精心策划的复仇计划，小龙女只是其中的一枚棋子，但终究未能如愿。
更有甚者，根据丘处机的一首词作，有人大胆推测小龙女的父亲或为丘处机。词中意境深远，情感复杂，似乎暗含了对某段未了情缘的追忆。然而，这终究只是猜测，金庸先生并未在书中明确提及，留给读者无限遐想的空间。
二、小龙女对公孙止的心意在《神雕侠侣》中，小龙女与公孙止的短暂“恋情”，无疑是全书的一大转折点，也令许多读者意难平。
书中介绍，小龙女之所以愿意嫁给公孙止，首要原因是为了避开武林的偏见与指责。她与杨过的师徒之恋，本就不为世俗所容，小龙女不忍心杨过因娶自己而被世人唾骂，因此脑子一热，选择了公孙止（糊涂）。
当然，其中也有另一方面的原因——杨过不愿久居古墓。为何杨过说这句话的时候，小龙女决心离开他？因杨过只有待在古墓里，才不会被天下群雄耻笑，可惜杨过不懂这一点，所以为了杨过日后的人生，小龙女只能离开。
那么，小龙女当真就这般无私吗？其实不然，在连载版《神雕》中，金老还隐约透露出小龙女对公孙止的一点心意——她觉得公孙止气度不凡，文武双全，是个可以共度余生的人。又原文Wie证：（小龙女）与他相处数日之后，觉他气度沉穆，识见渊博，实不似个乡居孤陋之士，兼之文武全才，也不禁微感倾心，暗想陪着他过一辈子，也就是了，岂知冤家路狭，杨过这人竟是躲避不了。
三、小龙女体内的剧毒小龙女体内的剧毒，是她命运多舛的又一例证。这毒无药可解，却也在她的坚持中，似乎找到了缓解之法。小龙女所中之毒，无人能解。书中记载，她中毒后，生命危在旦夕，却凭着区区白鱼和蜂蜜，居然抑制了体内的毒性，这就有点离奇了。
书中，她自述毒发间隔渐长，近五六年未发，便自认为是好了。这仅仅只是小龙女自己的猜测，金老始终没有旁白证明小龙女体内剧毒已经化解干净，所以小龙女后来有没有可能因剧毒复发而死呢？
这便是小龙女身上存在的三大不为人知的秘密，不知各位大侠是否能够解答？
