顺治帝废除了多尔衮的爵位，将他逐出了宗祠，逐出了皇族，没收了他的全部财产，还将他的尸体挖了出来，用鞭子抽打他的坟墓。顺治帝为什么会这么快就和多尔衮撕破脸皮？为什么多尔衮一夜之间变成了十恶不赦的大魔头？从多尔衮去世以后，顺治帝的所作所为来看，毫无疑问，他对多尔衮是怀恨在心的，造成这种情况的原因有很多，第一，多尔衮辅政顺治时，他的一意孤行，对顺治的统治造成了很大的阻碍。崇德八年，皇太极猝然去世，满洲皇族立刻分了阵营，一方是拥护皇太极的亲哥哥多尔衮，另一方是拥护皇太极的大儿子豪格。

多尔衮的背后，是他的孪生哥哥阿济格，豫王多铎，还有索尼，镶黄两旗鳌拜，他们都是为了皇太极之子能够登上皇位而不惜一切代价。两个势力都很强大，多尔衮权衡利弊，决定将皇太极的九子福临立为皇位继承人，他与堂兄济尔哈朗平分军力，待福临长大后，再正式继承皇位。顺治帝于崇德八年8月登基，多尔衮与济尔哈朗在顺治帝的帮助下，开始管理国家事务，并建立起了“皇亲国戚”制度。没过多久，济尔哈朗就被发配到宁远参战，多尔衮就抓住这个机会，开始笼络两个黄旗的官员，或者压制反对他的人。

在这段时间里，多尔衮对豪格等人进行了严厉的打击，最终豪格被罚了五千两银子，并将其贬为平民，从此再难对多尔衮构成任何威胁。顺治帝在进入北京后，即在顺治元年10月，对多尔衮、济尔哈朗两位皇子进行了封禅，并对其进行了封禅。到了南京，顺治二年，济尔哈朗很快就被革职为辅政叔王，原因是多尔衮太过放肆，两次政变都是由济尔哈朗一手遮天，所以济尔哈朗必须要避开多尔衮。多尔衮没有拒绝，立刻答应了下来，从那以后，多尔衮就以生病为借口，再也不用向顺治帝下跪了。

​再加上多尔衮仗着顺治帝年纪小，不懂得管理国家大事，所以一直把持着军队和政治的权力，从来不允许顺治帝过问国家大事。豪格在剿灭张献忠、李自成一战中立下了汗马功劳，按照常理来说，他应该在凯旋归朝后得到嘉奖才对。但顺治帝的赏赐旨意还没有下达，多尔衮就以豪格窝藏下属，重用有罪之人的亲弟弟的罪名把他打入大牢。其实豪格的事情并不是很严重，也不是很严重，但是豪格自从被关进监狱后，就再也没有出来的机会，很快就死在了监狱里。而在豪格去世之后，身为他的舅舅的多尔衮，更是将豪格的妻子和妻子强行带走。豪格与顺治帝虽非一母所生，却也有血缘关系，多尔衮的所作所为，必然会引起对方的不满。

在多尔衮摄政的时候，除了杀死豪格，他的母亲还被封为“太后”，通常情况下，只有皇帝的母亲可以封为“太后”。那多尔衮这一举动，就好似自封为皇帝一般，这显然是不符合常理的，也是对顺治的不敬。除了这些，还有各种各样的传言，说多尔衮与顺治帝的生母孝庄太后有一腿，说孝庄太后与多尔衮有一腿，说顺治帝是多尔衮之子。这些传言或真或假，让顺治皇帝觉得母妃与舅舅混到了一块，实在不是什么光彩之事。总之，顺治帝与多尔衮的恩怨颇多，顺治帝确实对多尔衮有意见，但多尔衮还活着的时候，顺治帝一直没能为多尔衮治罪，直到多尔衮去世，他的怨气才得以宣泄。