间充质干细胞存在于多种组织中，如骨髓（BM）、脂肪（AD）、脐带血（UBC）、脐带（UC）、羊膜（AM）和牙髓（DP）等。近年来发现了周细胞，可能也是一种间充质干细胞，这种细胞定位于动脉的外壁，并参与调节血管再生和修复。这种说法暗示间充质干细胞可以随着动脉的走向分布全身，进行组织修复和再生。

人与人之间的差异都比较明显，不存在完全一样的两个人。间充质干细胞同样是这样的情况，了解不同个体来源的间充质干细胞在功能上的巨大差异，可以认识到间充质干细胞的异质性普遍存在，从而指导我们去更好地理解和使用它们，而不是陷入片面追求传统药物思维的“均质性”误区。

比如，在某些实验中，一些特定部位的间充质干细胞可能表现出更高的基因表达谱，也会比其他部位的间充质干细胞释放更多的细胞因子和免疫抑制物质。

也就是说，虽然这些不同部位的间充质干细胞都符合间充质干细胞的基本定义，但它们在功能强度上仍然存在差异。