当发行人出现股东股权质押、冻结或诉讼仲裁等不确定性事项时，应当采取以下措施来处理：

一、充分信息披露及时披露：发行人应当按照招股说明书准则的要求，及时、准确、完整地披露相关事项的具体情况。详细内容：披露内容应包括但不限于发生质押、冻结或诉讼仲裁的股权比例、涉及股东的身份、质权人（或申请人、其他利益相关方）的基本情况、质押或冻结的原因、诉讼仲裁的具体事由及进展等。二、深入核查与评估核查原因与影响：保荐机构、发行人律师等中介机构应深入核查发生上述情形的原因，评估其对发行人经营、财务状况、控制权稳定性等方面的影响。财务状况与清偿能力：特别关注控股股东、实际控制人的财务状况和清偿能力，评估其是否具备足够的资金或资产来应对可能的风险。控制权稳定性：评估股权质押、冻结或诉讼仲裁是否可能导致发行人控制权发生变更，进而影响发行人的稳定经营。三、制定应对措施风险缓解措施：针对可能出现的风险，发行人应制定相应的风险缓解措施，如与质权人协商解除质押、积极应对诉讼仲裁等。加强内部管理：加强公司治理和内部控制，确保公司的稳定运营和健康发展。四、审慎判断与决策审慎评估：保荐机构及发行人律师应充分论证相关事项对发行条件的影响，并就是否符合发行条件审慎发表意见。决策调整：如相关事项对发行条件构成重大影响，发行人可能需要调整发行计划或寻求其他解决方案。五、遵守法律法规与监管要求合规经营：发行人应严格遵守相关法律法规和监管要求，确保信息披露的真实、准确、完整。配合监管：积极配合监管机构的审查工作，及时提供所需的文件和信息。六、关注市场反应与投资者沟通市场反应：关注市场对发行人出现股权质押、冻结或诉讼仲裁等事项的反应，评估其对股价和投资者信心的影响。投资者沟通：通过投资者关系管理活动，及时与投资者沟通相关事项的情况和公司的应对措施，增强投资者的信心。

综上所述，发行人出现股东股权质押、冻结或诉讼仲裁等不确定性事项时，应采取充分信息披露、深入核查与评估、制定应对措施、审慎判断与决策、遵守法律法规与监管要求以及关注市场反应与投资者沟通等措施来应对。