公元1644年，满清入主中原，凭借着八旗军悍勇的战斗力迅速荡平天下，明朝的残余势力（南明）只得在西南山地和东南沿海依托特殊的地理环境与清军周旋。直到清军入关后的18年，公元1662年，清军才在汉奸军阀吴三桂等人帮助下攻入流亡在缅甸的南明永历皇帝，彻底终结南明政权，实现了天下的一统。在这场漫长的拉锯战中，清军长期深陷西南山地战的泥潭，特别是西南诸土司部落在清廷与南明之间反复横跳，使得清军伤透了脑筋。

其实早在顺治十八年（1661年），云贵总督赵廷臣就上奏：“滇黔田土荒芜，当亟开垦。将有主荒田令本主开垦，无主荒田招民垦种。俱三年起科，该州县给以印票，永为己业。”劝说朝廷加大对西南地区的治理，这便是大清帝国最早的“改土归流”雏形。但是，还未成行，顺治就驾崩了，继位的康熙只有8岁，自然不会对遥远的西南有太大兴趣。

后来的三藩之乱，再次敲响了大清帝国对西南土司问题的警钟，在三藩之乱的八年时间里 ，西南的土司们跟着叛军一起作乱，为祸西南甚重。但是康熙前中期，又是收台湾、又是打沙俄、又是征准噶尔汗国，康熙一直无法腾出精力来处理西南问题。直到康熙四十三年（1704年），康熙终于可以着手解决西南土司问题，康熙首选在靠近最靠近内地的湘西苗人土司地区进行改土归流试点，采取驻军、屯兵、修边、筑卡等军事措施，并配套在当地大力推行儒学，强化了对湘西的治理，湘西也纳入大清帝国实控。康熙在湘西改土归流试点工作获得成功，也证明了这条路是可行的。

雍正继位后，在父亲康熙的基础上更是加大了改土归流的力度。雍正四年（1726年），云贵总督鄂尔泰奏请取消土司世袭制度，设立府、厅、州、县，派遣有一定任期的流官进行管理，雍正准了鄂尔泰的奏疏，并以鄂尔泰主持此项工作，大清帝国的改土归流事业进入了高潮。改土归流使得“土皇帝们”（土司）的权力遭到了极大的削弱，自然遭到了土司们的强烈反对，就在当年，广顺长寨（今贵州省长顺县）土司发动叛乱，清军随即荡平长寨厅。随后，鄂尔泰派游击哈元生领兵剿灭了叛乱云南地区的乌蒙土司禄万锺、镇雄土司陇庆侯的势力，改设乌蒙府（后改称昭通府，今云南昭通）、镇雄州。

雍正六年（1728年）雍正以鄂尔泰为云、贵、广西三省总督。同年，命贵州按察使张广泗在黔东南推行改土归流政策。张广泗带兵深入黎平府古州（今贵州榕江）、都匀府丹江（今贵州雷山）苗、侗等族村寨，设厅，置同知，理民事。与云贵广西接界的湖南、湖北、四川等省的少数民族聚居区的土司，势力有限，在形势压力下，纷纷请求交出世袭领地及土司印信，归政中央。大清帝国改土归流工作获得巨大成效，清廷对西南地区的统治空前强化。

乾隆继位后依旧沿袭雍正改土归流国策，发动了瞻对之战、大小金川之战，剿灭了叛军西南地区最后的土司割据势力，实现了川边的实控。与此同时，乾隆还将改土归流运动推进到新收复西域（新疆）地区。乾隆二十四年（1759年），清军平定大小和卓之乱，天山南北纳入大清版图，乾隆大量招抚内地流民到新疆戍边垦殖，并委派官员进行治理。

史载：“今乌鲁木齐、辟展各处，知屯政方兴，客民已源源前往贸易，茆檐土锉，各成聚落。将来阡陌日增，树艺日广，则甘肃等处无业贫民前赴营生耕作，污莱辟而就食多，于国家牧民本图，大有裨益”。”

康雍乾三代的改土归流运动，使得中央朝廷对边疆地区的控制大大强化，也初步奠定了今日华夏之版图，可谓大清帝国最成功的阳谋，福泽后世久矣。其实改土归流一直贯穿大清一朝，直到清末还有赵尔丰在川边改土归流，甚至一度想在西藏改土归流，只是事未成形，大清帝国就已经灭亡。

民国历史学家吕思勉评价清廷的改土归流运动时说到：“清朝用兵域外，虽不得利，然其在湘西、云、贵、四川各省，则颇能竟前代所未竟之功。”可谓是对其最好的注解。