南宋建炎二年(1128)，金兵南下，屡次进攻开封，图谋建康，接任宗泽的杜充时为东京留守，于十五日下令掘开黄河堤防，期以水代兵，对黄河河道以及河下区域造成了深刻且长远的影响： 此次河决改变了黄河长期东北流向渤海的河道，而改由东南注淮入海为常态，是为黄河变迁史上的一次重大改道，原本富饶的中原地区直接被黄河冲成了千里萧条。 宋以后金、元、明中叶，黄河河道基本维持南流，由东南夺淮入海，时决时徙。黄河不断南徙，距开封越来越近，至明末崇祯年间，开封有“北十里枕黄河”的险状。 开封作为河南行省的省城、中原重镇，明代依然被赋予“势若两京”的美誉。然而明朝末年的一场特大洪水改变了开封的命运。 1641—1642年，李自成率起义军三次围困开封，第三次围困，长达5个月之久。在旷日持久的攻守战中，1642年六七月，明廷欲借黄河水消灭李自成农民军，竞掘开黄河朱家寨口大堤，开口较小，没有损及起义军。 起义军便决定以牙还牙，扒开开封附近的马家口大堤，水淹开封。九月十四日，正值汛期，朱家寨和马家口同时决口，全城被灌，死者34万人，城市被毁，腹地和水网也遭殃，失去功能，土地盐碱化，黄沙漫飞，开封城衰落。