明朝在云南实行了卫所制度，洪武年间云南有15卫、2千户所，常年守滇的军队约有二三十万人，这些卫所分布全省，形成大规模的军事性质移民。 明朝后期，云南的政区与疆界发生了变化。中南半岛北部脱离了云南布政司的管辖，形成了延续至清末的云南南部疆界。