2026年3月27日，蔡正元在台湾接受媒体采访时，针对台湾司法机构对其作出的三年六个月判决表达强烈不满，镜头里紧贴在他身后的是馆长。 蔡振元直言这是一场“奇怪且不合理”的审判。他就罪名“侵占阿波罗公司资金”一案公开辩解，称该公司实际只有他一名员工，同时他也是唯一董事长，从法律与事实上看，根本不存在“自己侵占自己财产”的可能。 蔡正元进一步说明，“我已经把资金通通给了国民党”，以此说明涉案相关资金并非个人挪用，而是全部用于国民党相关事务。 对于柯文哲一审被判 17 年，剥夺公权 6 年，蔡博士无奈的说“台湾怎么会这样”。