蛋白质与人体免疫系统的关系极为密切。蛋白质是免疫系统的关键组成部分，例如抗体便是一种特殊的蛋白质，能够助力身体抵御病菌的侵袭。
就污染而言，它会直接致使蛋白质结构发生变异。例如空气中的有害污染物，进入人体后或许会与蛋白质相结合，改变其原本的结构。一旦蛋白质结构改变，免疫系统就如同失去了得力助手，战斗力急剧下降。这就如同军队里的士兵模样全变，作战能力自然大幅降低。免疫系统功能减弱，人就更易生病，小到感冒，大到一些严重疾病都可能接踵而至。所以，维持蛋白质的正常结构对免疫系统来说至关重要。