崇祯很想杀了祖大寿，但没机会。
当崇祯借袁崇焕觐见之际把他扣住后，祖大寿就感受到了危险，立即率领一万五千名关宁军往辽东跑，沿途还一路劫掠，作为返程的路费。
祖大寿跑了后，崇祯慌了，此时后金并没有撤走，祖大寿撂挑子，北京就危险了。崇祯立即派人去追祖大寿，并且承诺不追究擅自逃跑的罪责，但祖大寿不听，继续往辽东跑。
最后还是让袁崇焕写信给祖大寿，再加上孙承宗担保，祖大寿才率军回到了北京。
但祖大寿多了个心眼，他一直住在军营中，不去觐见崇祯。
在此之后，后金从北京撤走，祖大寿率领关宁军追击后金，并且收复了滦州、永平、迁安、遵化四座城镇，可以说战功赫赫。
凭借这些军功，崇祯更没法惩治祖大寿了，只能加封他为少傅、左都督，并获准世袭锦衣卫官职。
这完全不是崇祯愿意的，而是他没有办法，祖大寿一直待在军营，和他的关宁铁骑待在一起，谁拿他都没辙，逼急了，祖大寿还会率军逃走。
祖大寿因为掌握明朝最精锐的骑兵，拿捏住了崇祯，崇祯依赖他阻挡后金，只能默认现状。
崇祯不是没努力过，他曾前后三次召祖大寿入京，可祖大寿都以锦州军务繁忙为由拒绝了。
崇祯和祖大寿再也没见过面，崇祯扣押袁崇焕的行为让武将们都产生了戒备心理，他们再也不会相信这个多疑的君主，他们之间只剩下了猜忌，再也没有信任。
崇祯很想把祖大寿抓起来片了，但他鞭长莫及，他坐在深宫之内，只能望着边疆拥兵自重的祖大寿唉声叹气。