长效针剂在开始使用之后，一方面考虑可以作为多重耐药感染者的新选择，但另一方面在更多的时候，对已经出现多重耐药的感染者，长效针剂并不友好。特别是对非核苷逆转录酶抑制剂（NNRTI）治疗失败的感染者而言，这一针剂的效果大打折扣。

非核苷类逆转录酶抑制剂共五个，奈韦拉平、地拉韦啶、依非韦伦，依曲韦林和利匹韦林。

一项发表在学术期刊《艾滋病》上、来自南非的研究，对277名未治疗过的感染者，以及1372名NNRTI疗法失败的感染者，进行了基因型耐药检测，近半数(44%)感染者对利匹韦林有高度耐药，四分之三感染者对利匹韦林有一定程度的耐药。

这一种耐药还会产生一定程度的交叉耐药，还会通过性行为或其他途径传给他人。所以对于这部分的感染者而言，可能暂时还无法使用长效针剂，或者使用以后效果不佳。