1891年，孙科出生在广东省香山县翠亨村，他从小便进入了风雨飘摇的岁月，父亲孙中山热血抗争，投入推翻清政府的革命，而家庭却因此不得不四分五裂。1895年广州起义失败后，为了躲避清政府的追捕，年仅4岁的孙科跟随母亲卢慕贞远走檀香山。
孙科这一生，最难处理的并不是贫穷，也不只是政局动荡，而是一个几乎盖过他本人姓名的身份——孙中山的长子。
这个身份让他比普通人更早接触政治，也让他无论做什么，都会被拿来和父亲比较。做得好，别人说是靠父亲铺路；事情没办好，外界又会问：孙中山的儿子怎么会是这样？
1891年10月20日，孙科出生在香山县翠亨村。四年后，广州起义失败，清政府展开搜捕，孙中山被迫流亡。卢慕贞带着孙科等家人离开故乡，前往檀香山投靠孙眉。对年幼的孙科来说，父亲更像一个来去匆匆的身影，家庭生活主要由母亲撑着。
檀香山的日子并非一直窘迫。孙眉经商多年，能够为家人提供基本保障，还请人开设私塾。孙科先学四书五经，后来进入圣安东尼学校和圣路易学院，接受英语及西式课程教育。他的成长环境，因此一直夹在两种文化之间。
孙中山很少有时间陪伴儿子，却一直关心孙科的学业。孙科也早早意识到，自己不可能只做一个安稳读书的青年。1910年，他在檀香山加入同盟会，后来参与《自由新报》的英文写作，开始用文字帮助父辈宣传革命主张。
1912年，孙科应父亲召唤回国。那时清朝已经结束，孙中山却没有因此获得安稳生活。父子短暂团聚后，孙科再次赴美，进入加州大学学习。1916年取得文学学士学位后，他又进入哥伦比亚大学研究院，主修政治、经济和财政，并学习新闻课程。
这段留学经历，给孙科留下最明显的影响，并不是一口流利英语，而是他对城市治理产生了兴趣。他在美国看到道路、排水、卫生、公共交通如何影响普通人的生活，还专门研究城市规划。后来他回到广州，这些知识终于有了落脚之处。
1917年，孙科回到国内，先后担任大元帅府秘书、外交部门秘书及英文报刊编辑。1921年2月，广州市政厅成立，广州由传统府城向近代建制城市转变，孙科成为第一任广州市长。那一年，他还不到三十岁。
摆在他面前的广州并不好管。城墙阻碍交通，街道狭窄，沟渠淤塞，垃圾处理也缺少统一办法。孙科任内推动拆除部分旧城墙、扩建马路、疏通排水沟，把城区划分为卫生区，还雇用清洁人员处理垃圾和水沟。
他也尝试兴办市民大学、公共图书馆和职业学校，希望成年人以及失学青年能够继续学习。一些寺庙和土地庙被拆除后，相关资产经拍卖转作市政经费。这样的做法在当时争议不小，却反映出广州财政紧张，许多建设只能一边筹钱，一边推进。
孙科并不是只当过一次市长。1922年局势突变后，他离开广州；1923年重新任职，继续推动道路、公园、自来水和卫生设施建设；1925年至1926年前后，他又第三次主持广州城市事务。计划不少，真正全部完成的并不多，战争和军费经常把市政建设挤到后面。
也正是在这段时期，孙科暴露出性格中急躁的一面。1923年，军队急需二十万元军饷，胡汉民派人到广州市政厅提款。孙科认为财政无钱可拨，又怀疑胡汉民故意让自己为难，一气之下撕掉手令。
受到父亲斥责后，孙科把怒火转向胡汉民。他举起手杖冲过去，胡汉民侧身躲开，手杖砸在办公桌的玻璃板上。响声惊动了楼上的孙中山。孙中山盛怒之下取过手枪追赶儿子，最后被身边人员拦住才没有继续扩大。
这场冲突没有造成更严重的结果，却让人看到孙科身上的矛盾。他接受过良好教育，也能谈城市制度和经济建设，但面对压力时，仍会被情绪牵着走。
1925年孙中山在北京病重，孙科赶到身边陪伴，并成为遗嘱证明人之一。父亲去世后，他失去了最重要的依靠，也必须独自面对政坛中的派系、财政和人事难题。此后，他担任过财政、铁道、交通等方面的职务，1931年出任行政院长，1933年开始主持立法工作。
抗日战争期间，孙科三次前往苏联，交涉军火和援助问题。1947年，他担任国民政府副主席兼立法院长；1948年底再次出任行政院长，但当时财政和战局都已十分困难，数月后便辞去职务。
1949年以后，孙科先后居住在香港、法国和美国。1965年，他迁居台湾地区，次年担任考试机构负责人。1973年9月13日，孙科因心脏病在台北去世，终年81岁。
孙科没有成为第二个孙中山，也很难成为一个完全不受父亲影响的人。他的政治成绩有明显局限，性格上也有急躁和任性的一面，但若只用“靠父亲”三个字概括他，同样看不到他在广州城市建设、公共卫生和市民教育方面做过的工作。
孙科的人生真正值得琢磨的地方，是出身能够把一个人推到多高，也可能给他带来多重的压力。他拥有普通人难以得到的机会，却必须用一辈子回答一个问题：离开父亲的光环后，自己究竟还能留下什么？广州那些道路、排水设施和教育尝试，算是他的回答；几次短暂的高位任职和性格失控，则提醒人们，知识、身份与真正成熟之间，从来不能直接画上等号。