1950年6月，吴石案尘埃落定后，蒋介石趁热打铁，开启对台湾保定系元老系统性拆解清洗，盛极一时的民国第一军事派系逐步退出历史舞台。桂系白崇禧最先遭到清算，1952年蒋介石派人查抄白家住宅，四处搜罗所谓通共证据，白崇禧自此被长期软禁监视，晚年境遇凄凉，1966年离世，曾经叱咤风云的桂系保定势力彻底瓦解。战功赫赫的薛岳随即被解除全部军职，以涉嫌勾结李宗仁为由遭到清查，仅保留战略顾问虚衔，半生赋闲隐居，彻底脱离权力核心圈层。

原本最受蒋介石信任的陈诚，因为土木系势力庞大，直接威胁蒋经国掌权路线，被明升暗降架空实权。陈诚虽官至副总统，名义位居台湾政坛二把手，军权、人事权被蒋介石不断拆分剥离，蒋经国逐步接管军队政工、特务、青年武装等关键领域。1965年陈诚病逝，临终之前才悄悄接济吴石遗属，弥补当年不敢施救的遗憾。顾祝同、周至柔等人看清时局，主动淡出军界核心，顾祝同退居战略顾问岗位不问政事，周至柔转行投身体育事业，彻底脱离军方权力圈层。至六十年代中期，纵横民国军政近四十年的保定系彻底衰落，台湾军政核心逐步换成黄埔后期将领与蒋经国嫡系人马。

纵观蒋介石与保定系数十年博弈，其成败根源清晰可寻。保定系只是松散的校友身份共同体，没有严密组织纲领，内部派系分裂，蒋介石可以长期分而治之；同时保定生过硬的军事专业能力，是战乱年代蒋介石无法舍弃的人才基石。但蒋介石权力结构依靠派系制衡维系，注定无法包容能力出众又具备独立思想的重臣，退守台湾无外部战事压力后，他果断舍弃实干老将，改用忠诚度更高但能力平庸的嫡系亲信。

蒋介石在派系斗争中大获全胜，彻底摆平保定派系、铺平蒋经国接班道路，却也在大陆时期过度内耗猜忌，制约了军队整体战力。保定系从崛起、鼎盛到落幕，完整勾勒出民国军事派系兴衰轨迹，也留下一道深刻历史命题：当忠诚与才干无法两全，权力者的选择，终将改写一段时代的最终结局。