抗战末期，徐恩曾因多件事令蒋介石大为不满，被免去中统一切职务。经陈立夫保荐，蒋介石重新起用了中统早期创始人叶秀峰，由他接掌中统大局。

叶秀峰上任之后，首要之事便是彻底清理徐恩曾经营十余年的旧部势力。他大规模调整各级人事，将徐恩曾一手提拔起来的大批科长、骨干或是远调闲职，或是直接免职，安插自己的亲信接管各个要害部门，全面掌控中统的人事、财政大权。

经此一番大清洗，徐恩曾在中统内部再无可以依靠的力量，彻底斩断了他与中统之间所有的联系。此后徐恩曾再也无法插手特务系统的任何事务，完全退出经营十五年的中统舞台，只能淡出政坛。而叶秀峰则坐稳中统局长之位，执掌这一特务机构直至国民党政权败退大陆。

1949年叶秀峰去往台湾。到台之后，情治系统改组，蒋经国逐步接管特务大权，叶秀峰遭到边缘化，失去实权，转而经营新闻相关事业。他曾遭遇独子搭乘太平轮遇难、毕生积蓄沉入海底的打击。1990年2月8日，叶秀峰于台北病逝，终年九十岁 。