寻淮洲主要与红七军团政委乐少华和中央代表曾洪易存在矛盾。这种矛盾主要体现在以下几个方面：

与乐少华的矛盾：乐少华作为政委，握有“最终决定权”，但他并不通军事，却经常干预军事指挥，实行“左倾”那一套，对寻淮洲和粟裕等从基层成长起来的有实战经验的干部采取排斥和不信任态度。这导致寻淮洲在军事指挥上受到诸多限制，两人关系紧张。在“三反”运动中，乐少华被查出用公款为军工局处以上领导干部每人买一块手表、派人到农村收购粮食、将从日本人遗弃炮弹中取出的黄色炸药卖给天津商人等问题，被认为有贪污、剥削农民、收受贿赂之嫌。

乐少华被东北局定性为畏罪自杀并开除党籍。

与曾洪易的矛盾：曾洪易是中央代表，与乐少华一同组成三人领导核心。他对寻淮洲同样持有“左倾”错误观点，不信任其军事能力，导致寻淮洲虽为军团长却无法有效行使指挥权。这种不信任和错误的领导方式，使得寻淮洲的军事才能难以发挥，最终在北上抗日先遣队的行动中，因战略分歧和指挥不当，导致部队损失惨重，寻淮洲也被降职。

曾洪易的下场是病死狱中。在第五次反“围剿”节节失利时，曾洪易对革命悲观失望，散布消极论调，后被停职 。

1935年5月左右，他在叛徒王立生劝说和陪同下到南京，住进留俄同学招待所并办理自首手续，1936年重新加入国民党 。

1949年12月，曾洪易被中共吉安地委诱捕，1951年，他以叛党投敌、积极从事反革命活动等罪名被判处死刑，在行刑批复下达之前，因患严重肺结核病死狱中，时年47岁。

曾洪易与乐少华积极配合，导致红七军团陷入困境，主要是因为他们坚定执行王明“左”倾教条主义，积极抢权而不懂军事，看不起本土成长起来的军事干部。

曾洪易和乐少华都是博古在莫斯科中山大学的校友，得益于博古的提携，是“左”倾方针的支持者。中革军委还赋予他们极高的话语权，规定一旦部队与上级失联，由曾洪易、寻淮洲、乐少华组成的三人军政委员会决断一切政治和军事问题。例如在是否攻打福州的决策上，寻淮洲和粟裕认为不该打，但曾洪易附和乐少华，导致红七军团失掉主动脱离险境的机会，在福州战役中遭受重大损失。