菲利普的病情每况愈下，霍塞克开始对他失去信心。艾丽萨也变得心慌意乱，因此这名优秀的医生让她待在另外一个房间里，以免“她眼睁睁地看着儿子死去”。[96]他赶快给汉密尔顿写了一封信让他从哈特福德赶回来，这样在儿子死之前，他还可以见上一面。这边，菲利普已经不省人事了，没有脉搏，完全昏过去了。霍塞克把他浸在添加了金鸡纳树皮和朗姆酒的热水里，孩子居然奇迹般地苏醒了。医生赶紧给他披上暖和的毛毯子。霍塞克后来描述了汉密尔顿回家时的情景，认为这是他作为医生所见到的最令人感动的时刻之一：那天晚上，汉密尔顿将军回到家中，以为儿子已经不在人世了。但是让他惊喜的是儿子还活着。当他知道了儿子的救治方法之后，他立刻来到我的房间，我当时还正在睡觉呢。

他摇醒我，紧紧握住我的手，热泪盈眶，他说：“亲爱的医生，我若不首先来到你这里向你表达我的感激之情，我无法待在我自己的房间里。你挽救了我的儿子，对我们家有莫大的恩德。” [97]汉密尔顿似乎表现出母性般的关爱，霍塞克称赞他“柔情”和“细腻”。为了照顾儿子，汉密尔顿既当护士又当医生，其间所表现出来的医学知识以及对孩子的柔情蜜意都让医生吃惊不小。[98]霍塞克回忆道：“从那时起，他心无旁骛地照料儿子，又是拿药，又是喂饭。我要补充一句。一旦有家人身染疾病，他总是这样做。”显然，汉密尔顿从未想过抛弃这个家。无论是出于对雷诺兹事件的反省，还是出于一个父亲对孩子的爱，他在后来的岁月里对艾丽萨和孩子们始终真情以待，无微不至。汉密尔顿担心雷诺兹事件的影响的一个原因在于，有迹象表明美利坚合众国很快就会与专横的法国爆发战争了。

如果美法冲突加剧，汉密尔顿有意承担责任，因此不能承受哪怕一点儿丑闻。法国已经针对《杰伊条约》展开了报复，允许法国武装民船扣押携带违禁品驶往英国的美国商船。这完全在许多共和党人的意料之中。当拿破仑称雄于法国军界的时候，汉密尔顿几乎不怀疑拿破仑的部队会将专制主义传遍欧洲。借用“亚美利库斯（Americus）”之名，汉密尔顿在1797年就警告说，法国正“打着开启民智、改革内政的幌子掩盖征服其他民族的勃勃野心”。[1]汉密尔顿预计，法国将成为“一种恐怖力量和众民族的祸水”。[2]就在宣誓就任总统之后不久，约翰·亚当斯获悉，统治法国的五人执政内阁驱逐了新任美国公使查尔斯·平克尼，并发布有关交战国的新命令，打击美国海上商船。到春天的时候，法国已经捕获了300多艘美国船只。

为了提升国内的士气，汉密尔顿向国务卿皮克林建议进行一天全国祈祷，“以强化对抗中的宗教观念”，帮助美国民众“抵制法国侵略者以及他们所宣扬的无神论和无政府主义”。除了将希望寄托在上苍之外，汉密尔顿还提出其他一些更有力的措施，最主要的是组建一支新的海军部队和一支2500人的临时部队。汉密尔顿绝对不是一个好战分子，他希望尽量采取外交手段。他建议小奥利弗·沃科特说：“我的意见是穷尽磋商谈判手段，同时做好最坏的打算。”他还对威廉·劳顿·史密斯说：“自身的坚固可以让一切迎刃而解，而到处炫耀则会让一切成为竹篮打水。”“我的计划永远是既强调力量……又强调适度的。”亚当斯总统决定做两手准备：通过谈判磋商保持美国中立国地位，同时积极扩充军备以防谈判失败。他真诚地希望，能够在亲英的联邦党人和亲法的共和党人之间牵线搭桥。像亚当斯一样，汉密尔顿也希望能通过外交手段保持与法国和平共处的局面，甚至可以按照《杰伊条约》的模式，缔结一份商业性的条约。

他为这个想法感到高兴，他力促一个两党共同设立的三人委员会，并高姿态地提议让老对手麦迪逊担任谈判代表：“麦迪逊先生必须亲自去，其他人没有什么优势。”尽管受到联邦党内部的一些人极力反对，汉密尔顿依旧认为，缺少著名的共和党人的任何代表团，都不会让法国人产生信任。他也渴望唤起共和党人的诚意，并表示出联邦党人为维护和平已经倾尽全力了。然而，汉密尔顿统领的亚当斯总统的三名内阁成员，皮克林、沃科特和麦克亨利，虽然被视为汉密尔顿的傀儡，但此时，他们却坚决反对选择一名共和党人。沃科特的反应尤为激烈，他威胁说，如果亚当斯总统这样做，他将立即辞职。不出汉密尔顿所料，麦迪逊对这次跨洋航行心怀恐惧，他和杰斐逊均拒绝加入访问法国的代表团。自亚当斯政府遭遇首次危机后，汉密尔顿便开始回复来自国务卿、财政部长和国防部长的问题。他们寻求他的指导，并与他共享内阁内部文件。端坐在曼哈顿的律师办公室中，汉密尔顿对费城发生的事情一清二楚。亚当斯对他们之间的联络充耳不闻。

汉密尔顿最初的表现堪称典范，他并没有对亚当斯总统及其内阁说三道四。“我相信，现任行政部门地位稳固，”他告诉鲁弗斯·金说，“如果不是被谗言所累，他也不需要谨慎行事。”[8]相比之下，副总统杰斐逊则已经在筹划一场秘密战争，破坏亚当斯在法国人心中的形象。法国驻费城的领事约瑟夫·莱特贝在1797年春与杰斐逊举行了4次秘密会晤，跟汉密尔顿与英国公使乔治·汉蒙德之间的会晤一样，这些都是非官方的会谈。莱特贝用杰斐逊的话向他在巴黎的上司汇报说：“亚当斯先生无能且多疑、刚愎自用，从不听取他人的意见。”[9]杰斐逊向莱特贝预测，亚当斯只能任职一届，并敦促法国进攻英国。杰斐逊淋漓尽致地展现了自己的不忠，他竟然建议法国以种种方式拒绝美国派往巴黎的使节：“耐心聆听他们的想法，尽可能拖延谈判，在会谈时以谦恭有礼的态度平息他们的抱怨，最后用繁文缛节让他们感到无可奈何。”[10]杰斐逊和其他一些共和党人怂恿法国相信，绝大多数美国人站在他们一边，由此最终导致了法国五人执政内阁对美国新政府的强硬态度。