1799年秋季到来之前，汉密尔顿和亚当斯刻意避开对方以免相互摊牌。但他们两人在那年秋天不可避免地交织在一起。海军部长本杰明·斯托德特（Benjamin Stoddert）恳求亚当斯结束自我流放回到首都来，因为首都有一些“狡猾的阴谋家”正在试图推翻他提出的与法国的和平动议。亚当斯最终在10月启程返回费城。在回来的路上，他在纽约市逗留数日，与儿子查尔斯在纽约市的会面，令他痛心疾首，查尔斯酗酒成性，已倾家荡产。亚当斯曾经斥责他的儿子为“一个吃喝嫖赌样样俱全的花花公子”。[28]他甚至还在查尔斯面前发誓说再也不想看到他了。

在亚当斯和汉密尔顿会面之前，这场不愉快的父子相见令总统的心情更加郁闷。费城再次爆发了黄热病，政府不得不临时迁往特伦顿，一时间，这个小城挤满了政府雇员和军人。由于重感冒，亚当斯总统下榻在一个家庭旅馆里，凑合着使用一间小卧室和会客厅。亚当斯来到特伦顿是希望打破与法国和平谈判的僵局。有迹象表明，当年夏天，法国五人执政内阁正在酝酿新的阴谋。亚当斯总统为此深感烦恼，他告诉皮克林，“法国内阁的政变，各种社团和秘密组织的复兴……突然打消了我们的热情，我们不必匆忙派遣特使了”。[30]然而，10月15日，亚当斯突然召集内阁成员，讨论并批准成立和平委员会。会议一直持续到半夜。第二天一早，他就命令3位特使在11月初启航。汉密尔顿决定押注最后的努力，以求改变总统的想法。

一场令人永远无法释怀的冲突在所难免。提及这场激烈争执的根源，亚当斯宣称，汉密尔顿得知内阁的决定时，正在纽华克训练他的部队。他说汉密尔顿未经召唤，在两天内骑马赶到特伦顿市，根本就没顾及到礼仪。汉密尔顿的出现“是始料未及的，不请自来的，并且是不受欢迎的。这是他一贯鲁莽无礼的一个典型事例”。[31]然而，汉密尔顿的回忆则截然不同。他说，受战争部召见后，他在10月8日就抵达特伦顿，与威金森将军进行了会谈，主要涉及加强西部防御的问题，后来就一直住在市内。亚当斯暗指他前往特伦顿，是为了“一个秘不告人的阴谋”。汉密尔顿否定了亚当斯的说法。[32]在特伦顿期间，他听说了内阁向法国派遣和谈特使的决定。作为为抵御法国入侵之目的而组建的军队的最高指挥官，他自然希望能够向总统建言。但作为总统本身所属党派的实际领袖，以及一个相当自负的人，他觉得有权让总统倾听自己的意见。

亚当斯则认为汉密尔顿好出风头，而且非常傲慢专横。他把汉密尔顿的举动看成是对总统特权的践踏，是危险的军人干政行为。他还担心汉密尔顿想用他的新部队对付他南方的对手。阿比盖尔·亚当斯甚至担心汉密尔顿可能对她丈夫的政权发动政变。亚当斯和汉密尔顿之间的交锋可能发生在总统住所的会客厅，这场会谈持续了数小时，按照亚当斯的描述，“这个小个子男人”口若悬河，“情绪激动……像一座不断喷出灼热岩浆的火山”。[33]亚当斯可能并未夸大其词：在这段时间，汉密尔顿经常陷入激动或沮丧的情愫，无法自拔。亚当斯回忆说，他冷静地对待汉密尔顿，好像是在纵容一个疯子：“我权当对方在开玩笑，尽管我一生中从未像当时那样听一个人像疯子一样说话。”[34]汉密尔顿试图让亚当斯相信，法国五人执政内阁的变化预示着路易十八有可能在圣诞节前复辟重登法国王位。亚当斯针锋相对地回答说：“与其相信这种事情，倒不如相信太阳、月亮和星星会从天际坠落了。”

亚当斯说对了：在未来15年之内，路易十八都不会登上王位。但另一方面，他错误地认为欧洲会在冬季保持和平。“我自始至终都对他彬彬有礼，”亚当斯最后说，“但在他离开以后，想到他对欧洲，对法国、英国和其他地区的无知，我有些忍俊不禁。”[36]亚当斯对法国的立场发生如此转变，让汉密尔顿感到吃惊。仅仅过了一个月，总统对大革命后的法国政府从密切关注变成漫不经心，甚至漠不关心，汉密尔顿告诉乔治·华盛顿：“总统决定派特使前往法国，无视那里的变化。

我对此举感到遗憾。”当汉密尔顿指出亚当斯并没有征求他的国防部长和财政部长的意见时，华盛顿也表现出批评的态度。“我对此做法感到不解，他以这种方式还做了多少这样的事情呢？”他告诉汉密尔顿，“整件事发生于一个不幸的时刻，伴有不祥的征兆。”[38]在特伦顿会面之后，汉密尔顿回到了纽约，中途还去新泽西州的斯科奇平原视察了在冬季营区的部队。在特使启程前往法国时，汉密尔顿一定对他那尚未成气候的部队将会持续多长时间而感到疑惑。他责怪亚当斯的外交政策，因为这威胁到了他的部队，但实际上，这个组建新军的计划也缺乏民众的广泛支持。

选举人不想缴纳新的税收，也不想举债维持一支花费不菲的部队，还担心汉密尔顿可能会把军队用在别的什么用途上。汉密尔顿最忠实的支持者察觉到民众对新军队的热情正在减退。西奥多·塞奇威克担心，“遍布南方的部队是非常不受人欢迎的，而且越来越不受欢迎。”财政部长沃科特告诉费舍尔·埃姆斯说，可以非常肯定的是，“军队普遍遭到嫌弃已经成了不争的事实，即使在加强防御的南方各州也是如此……北方各州的民众要么不担心法军入侵，要么认为这么一丁点人马在入侵者面前是无济于事的”。当汉密尔顿还在为其部队描绘美好蓝图的时候，美国民众的备战兴致却突然冷却。亚当斯12月初在国会上发表讲话，根本没有呼吁征召步兵或海兵。