自然条件受限制。苏北地区河道水网密集，属黄河泛滥冲积平原，地下多为淤泥质土、流沙层，承载力差。规划建设苏北高铁都是需要跨江与省会和苏南城市连接，而过江通道技术难度高，投资数额大也是制约苏北高铁建设的因素。新长铁路从建设到运营，再到局部停运就是因为没有过江通道。 经济发展基础差。苏北地区一直以来经济发展相对苏南来说要滞后很多，活力不足，人口外流严重，外来人口少，不能形成双向人员流动，客源得不到保证。 区域位置很尴尬。江苏全省靠近大海，高铁建设到沿海地区就成了断头路。再加上苏北城市的区域位置比较尴尬，连接一线城市的国家高铁干线并不会经过这里。京沪铁路和京沪高铁没有经过苏北城市也说明了这一点。 地方财政压力大。苏北城市的地方财政收入水平比较低，而高铁是投资巨大的项目，而苏北城市之间只能是修建江苏省内城市之间的城际铁路，这些投资除了省里承担一部分，其他的都需要地方城市配套，这对于苏北城市压力是非常大的。连镇高铁之所以以250公里的时速的标准来建设，减少投资资金是主要原因。 规划思路有偏差。江苏在全省高铁规划方面这是重苏南轻苏北，在全国高铁建设黄金期并没有重视苏北城市的高铁规划，导致有200万人口的沭阳高铁规划迟迟不能落地。反观沪宁之间已经建设了5条高铁，而南京到苏北城市至今还缺少宁盐、宁宿高铁，并且至今没有任何规划，全省11个县级不通高铁的城市基本都在苏北。 跨省协调有难度。合新高铁江苏段因与安徽分歧，‌晚开工4年‌；京沪二通道宿迁–淮安段因与山东标准不一，‌工期也拖延了3年。宁淮城际因要经过安徽天长，在线路走向、出资比例等方面都需要与安徽协调，开工时间比计划日期也晚了3年。