清代四川前期设有巡抚，乾隆后只设总督、不设巡抚（由总督兼巡抚事）。其他的几个总督都是管辖两到三个省。总督同五六十年代大区书记兼大司令职责。

顺治三年（1646），设四川巡抚，驻成都市；此时不设总督。

顺治十四年（1657），开始设四川总督，总督和巡抚并存。

乾隆十三年（1748）：因大小金川用兵，裁四川巡抚，由四川总督兼管巡抚事，成为定制。

-乾隆二十四年（1759）：巡抚缺正式撤销，此后四川省只有总督、再也没有巡抚。

为什么四川单设总督、不设巡抚
四川军务繁重：邻藏区、周边土司多，需总督统筹军政。

幅员辽阔：当时四川含今重庆及云南贵州湘西部分，恩施大部分，安康部分都是四川管辖，面积过大。
权力集中“避免督兼抚”避免互相推诿，提高效率。

直隶、四川、甘肃（后期）：只设总督，不设巡抚 。其余省份是总督＋巡抚并设（如两江、湖广、两广等） 。