李自成兵败撤离北京时，吴三桂在乱军之中寻回了陈圆圆，此后她的归宿在史料与民间考证中有多个主流说法：
平西王府失宠后出家：陈圆圆随吴三桂辗转征战到云南，初期一度“宠冠后宫”，但随着她年老色衰，加上与吴三桂正妻不和、吴三桂另有新宠，她日渐被冷落，于是辞宫入道，布衣蔬食、礼佛度过余生，最终在昆明的寺院中病逝。
昆明城破后投水自尽：清军攻破昆明、吴三桂政权覆灭时，陈圆圆不愿落入清军手中，在昆明莲花池投水自尽，死后被葬在池旁。
贵州马家寨隐居终老：经清史专家实地考证，陈圆圆在吴三桂起兵反清前，就由部将马宝护送，带着吴三桂的后人秘密隐居在贵州岑巩县的马家寨，在此带发修行、安度晚年，吴氏族人世代守护她的墓地，这个秘密被隐瞒了三百多年，直到近年才被揭开。
