他失去人大代表候选资格，叶帅、王震、谷牧先后作出指示，最终仍未能改变结果
1966年，中央决定组建基建工程兵时，谷牧等负责同志面对的并不是一支普通部队，而是一支要把军事组织、工程施工和国家建设任务合在一起的特殊力量。
它既要服从部队管理，又要承担铁路、矿山、城市建设等工程任务；既讲政治纪律，也要核算成本、完成产值。这样的安排，在国家建设任务繁重的时期有其必要，但矛盾也埋在其中：施工单位看重效率，军队系统强调统一指挥，两套逻辑很难始终保持一致。
1979年，基建工程兵领导机构正式组建，黎原由兰州军区副司令员调任副主任，成为主要负责人之一。此时的基建工程兵，已经分布在全国多个重点工程现场，规模和任务都不容小看。

主任李人林更重视施工经营和物质激励，希望通过经济办法调动干部、技术人员和广大指战员的积极性。黎原则更强调军事化管理与思想政治工作，认为部队不能因为承包、核算和奖金等办法，淡化组织纪律。
两种意见并非简单的个人好恶。基建工程兵本身就处在军队与经济建设的交叉地带，管理方式稍有偏重，便可能影响另一面。李人林担心效率不高，黎原担心部队属性被削弱，分歧由工作方法逐渐牵涉到干部使用和领导权威。
有意思的是，真正使矛盾外显的，并不是某一个工程项目，而是干部问题。黎原对部分干部的提拔和使用有不同看法，曾向谷牧反映意见。事情传开后，他在领导班子中的处境变得微妙，原本的工作分歧也被赋予了更多政治含义。

1981年，十二大代表候选人推选展开。黎原当时是基建工程兵副主任、党委副书记，也是党的十一届中央候补委员，按身份和资历，本来具备较强的代表候选人基础。
偏偏在审查过程中，他过去撰写的一篇文章被重新提起。文章涉及对一位中央领导的评价，有人认为措辞过重，带有吹捧意味，因而怀疑其政治立场和处理问题的分寸。需要说明的是，现有材料对文章原文及争议细节记载并不完整，不能把后来流传的概括当作全部事实。
问题随即从文章本身，扩大到代表资格。基建工程兵党委常委会曾要求黎原主动放弃候选资格。黎原没有接受，认为既然组织上没有作出明确结论，就不能由个人承担“自动退出”的结果。他的态度，使这件事不再只是一次内部说明，而成为一场正式的资格争议。

据相关回忆材料，黎原曾分别向叶剑英、王震、谷牧等领导反映情况。几位领导对文章性质的看法，并不完全严厉，有的认为属于一般性问题，王震也对这位抗战时期的老部下表示了理解。中组部的宋任穷、总政系统的韦国清等，也曾接触或过问此事。
但领导人的个人意见，并不能直接替代组织程序。代表候选人的审查、提名和选举，掌握在具体组织环节之中。即使上级有不同看法，实际执行仍可能受到班子意见、政治风险判断和内部关系的共同影响。
结果是，黎原被排除在有关会议和选举程序之外，十二大代表候选资格最终未能保留。叶剑英、王震、谷牧等人的意见，并没有改变这一结果。这里面既有文章争议，也有人事矛盾，更有当时军队干部审查中对政治表现、组织关系和领导评价的综合考量。

这一事件不能单独理解为个人成败。1980年代初，军队正在调整规模和结构，许多带有特殊历史色彩的单位都面临重新定位。基建工程兵的军民兼备属性，在建设任务紧张时是优势，在军队体制趋向精简、专业化时，却成为难以长期维持的制度成本。
1982年，中央推动军队精简整编，基建工程兵建制被撤销，所属力量分别转入地方建设系统或其他单位，主要领导也有人退休、离休或退居二线。黎原代表资格被否决，发生在撤编前夕；但从整体背景看，它并不是基建工程兵命运变化的唯一原因。
一支特殊兵种的内部争论，一个高级干部的代表资格，最终都被卷入军队改革的大环境之中。黎原未能成为十二大代表，叶帅、王震、谷牧的意见也未能改变结局，而基建工程兵在1982年的撤销，则使这场争议留下了更复杂的历史注脚。