1683年，大清帝国福建水师提督施琅（原为郑成功的部将，后归降清朝）率领一支由25000名水兵以及200余艘战舰组成的庞大舰队，渡过台湾海峡，在澎湖列岛一战全歼郑克爽（郑成功的孙子）麾下第一悍将刘国轩所部水师。消息传到台湾，郑克爽知大势已去，遂举台湾全岛归降清廷，施琅奉诏登陆台湾，安抚百姓，善待郑氏家族，台湾至此纳入大清帝国控制，距离清军入关已经过去了整整39年。

而后，康熙皇帝采取施琅的建议在台湾设置行政机构（台湾府下辖三县，即一府三县），在台湾本岛驻军5000绿营兵，澎湖驻1000水师。同时，康熙下诏废除了此前为收复台湾而颁布的禁海令，允许并鼓励闽、粤、浙沿海的民众迁移台湾，开发台湾。

光阴似箭日月如梭。时间一晃就到了乾隆时代，在政策鼓励下，大量沿海贫困失地的民众大量迁移台湾，他们带去了先进的生产技术和劳动力，促进了台湾的发展。经过近百年得发展 ，台湾也出现了严重的土地兼并情况，大量失地农民生活困苦，再加上吏治腐败，贪官污吏横行，造成了尖锐的社会矛盾，反清情绪高涨。乾隆五十一年（1786年）十二月初八，台湾天地会首领林爽文颁布檄文，正式反清。

“今据台湾皆贪官污吏，扰害生灵，本帅不忍不诛，以救吾民，特兴义兵，当天盟誓。”

彼时，驻防台湾的清军已经百年未有战事，文恬武嬉，军备废驰，林爽文得以迅速率部攻取彰化、淡水、诸罗等地，声势大振。其后，闽浙江总督常青以福建水师提督黄仕简率3000绿营兵，从厦门出发渡船至鹿耳口；以闽安协副将徐鼎士率1000绿营兵，从闽安口出发，到鹿耳口与黄仕简汇合；以清军将领任承恩率兵由蚶江渡海至鹿港。常青计划三路清军齐力共进，合围台湾。

常青本以为林爽文所部只不过是群乌合之众，只要他的正规军一登陆，台湾也就拿下了。不成想，清军登陆后却遭到了林爽文军的顽强抵抗，三路清军无法按照预定计划会师，被牵制分割在三个孤立战场，陷入了孤军奋战的不利局面。战斗由此陷入了漫长的拉锯战、消耗战。

为早日解决台湾战事，乾隆五十二年（1787年），乾隆以自己的心腹爱将福康安代替常青指挥平叛战事，福康安统帅湖广、四川、广西、贵州等省份的满汉兵丁4万余人大举征台。福康安入台后，采取剿抚并用的策略，一方面猛烈打击林爽文军的中坚骨干力量，一方面拉拢结交台湾的士绅阶层。在福康安软硬兼施得两手打击下，台湾各地的叛乱相继被平定，林爽文率领残部逃入山区继续负隅顽抗。最终，被清军搜捕活捉，福康安将其解送北京凌迟处死，台湾重归太平。

福康安还在台湾进行了大刀阔斧的改革，恢复生产、减免税赋、裁汰庸官，台湾的气象为之一新，此后百余年，台湾一片祥和安宁。