在隋文帝的晚期，他开始疑神疑鬼，惩罚严厉，以至于有些不能分辨对错。在皇宫的宫殿中，已经成为了他用刑的库房，有不少官员都是被冤死的。严酷的法制，也使得普通民众“触网”成了常态。独孤伽罗死后，隋文帝对自己的妃嫔们进行了一次又一次的放纵，最终导致了后来的“仁寿宫变”。隋文帝是个多疑的人，到了老年，他一直害怕被大臣欺骗，所以在朝廷里安插了不少奸细，只要被发现有问题，就会受到严厉的惩罚。不仅如此，他还多次使用“钓鱼执法”之术，让人买通官员，将上当之人斩杀！
一次，一个名叫李君才的大臣，向他告状，控告他对皇帝的惩罚太重，隋文帝一怒之下，要将李君才打死。但他却在宫殿里没能找到一根棍子，然后顺手抄起鞭子将李君才活活打死在了宫殿里！议事厅变成了宰杀文武百官的地方，就算是心狠手辣的秦二世，也不会如此做。后来，隋文帝嫌用马鞭抽人不够，就下令，从今天开始，皇宫里必须有棍子！所以，从那以后，朝堂上天天都能听到文武百官的哀嚎。有的时候，刽子手会因为怜悯而对他手下留情，隋文帝一怒之下，直接将刽子手处死！在高颎和刘彧的强烈抗议下，隋文帝终于偃旗息鼓，但很快就变得咄咄逼人起来。
有一次，军中尚书冯基向隋文帝进谏，惹恼了他，被他一棍子打死了。事后，隋文帝有些懊悔，埋怨朝堂上的人没有给他一个忠告，于是，他将怒火发泄到了那些瑟瑟发抖的官员身上。冯基算是比较走运的，因为隋文帝事后对其家族进行了赔偿，而另外一个宰相史万岁就比较不幸了。
开帝十九年，突厥入侵，史万岁率领大军，与之激战，深入荒漠百余里，杀敌上千，凯旋而归。谁知，杨素对史万岁百般刁难，在隋文帝面前，他颠倒黑白：突厥人只是来放牧喂牲畜，何来侵略之说？皇帝陛下，他这是在挑衅突厥人！事后，隋文帝询问杨素，史万岁回来之后干了什么，杨素于是立马陷害他，说他回来后先去找了杨勇，此时，杨勇已经被罢免太子职位，隋文帝得知史万岁居然会去找杨勇，当即勃然大怒，命他前来迎接自己。
此时的史万岁并不知道，他已经被人污蔑，说自己勾结了被废的太子，一上来就和隋文帝争论。隋文帝暴跳如雷，下令将史万岁处死！可惜，这位老将连身上外出征战的灰尘都没来得及清洗，就死了。后来隋文帝很是懊悔，但碍于颜面，还是下了一道圣旨，让史万岁继续犯下其他的罪孽。而与他同为大将的虞庆，也是如此，他在平定南疆之乱后，被人诬陷，最终死于隋文帝之手。
开皇末年，天下大乱，隋文帝意气用事，颁布了一条诏书：凡是举报山贼的，一律奖励其所有财产。于是，不少人开始学习“钓鱼术”，他们会将自己的东西丢在地上，然后等着有人去拿，然后再去抓，然后嫁祸给对方。如此一来，社会秩序非但没有改善，反而更加混乱了。隋文帝却是锲而不舍，甚至还下了一道命令：从现在开始，谁敢偷一个铜板，一律“弃市”！这个禁令一下达，街上就再也没有一个路人，所有人都生怕自己被冤枉，只有在晚上无人的情况下才会出门，而不是白天。在隋文帝的晚年，他尊奉佛教，信仰神灵，甚至还颁布了一条法令：任何损坏或玷污了神灵的人，都会被视为“恶逆”而诛杀！
陈国覆灭后，陈宣帝之女宣华夫人被囚禁在皇宫中，也是“仁寿宫变”的罪魁祸首。《隋书》中有一段历史，当时杨广在病榻上与宣华发生了暧昧关系，隋文帝一怒之下，欲将杨广革除，取而代之的是用废太子杨勇继位。但是杨广并没有让他得逞，而是直接挑起了内乱，杀了自己的父亲，夺取了皇权，彻底终结了隋文帝的晚年！
