自开战到1944年7月，日本船舶的损失达到450万吨，而这期间新造的船舶仅有209万吨，损失是补充的2倍以上。再加上陆海军作战不断征用船舶，使原本紧张的航运更加紧张。原料不足导致军工生产困难，连日军部队现有的飞机与车船都因缺少燃料而陷入困境。
种种严峻的现实与积重难返的问题让日本的军政当局感到十分恐慌，但是他们又不甘心失败。他们决定与美军拼死一搏。
在海战中，日军先后损失了“祥凤”号航空母舰、“赤城”号航空母舰、“加贺”号航空母舰、“苍龙”号航空母舰、“飞龙”号航空母舰、“龙骧”号航空母舰、“大凤”号航空母舰、“翔鹤”号航空母舰和“飞鹰”号航空母舰等。
现在，他们只有“瑞鹤”号航空母舰、“瑞凤”号航空母舰、“千岁”号航空母舰和“千代田”号航空母舰。另外，“云龙”号航空母舰和“天城”号航空母舰于8月份刚刚竣工，但是经过严格训练，有战斗经验的舰载机飞行员基本消耗殆尽，现有的飞行员大多是刚刚补充进来的新飞行员，有的甚至还没有掌握舰载机在作战时的起飞和降落的技术。
无奈之下，日军大本营想到了海军部队的唯一优势，那就是战列舰。日本拥有当时被视为“世界上独一无二”的超级战列舰，即“大和”号超级战列舰和“武藏”号超级战列舰。
二战规模最大的海战
此时，美军已占领了塞班岛、关岛、帕劳群岛，从日本的绝对国防圈上拉开了一道口子，美国陆军航空兵的B29轰炸机开始大规模空袭日本本土。假使美军再西进，还可以切断现在仍在菲律宾——台湾——琉球岛屿屏障线后面继续畅通的日军内海运输线。
石油的缺乏早已成为日本海军的严重问题，因此日本早已不再能够在本国的海面上为其全部舰队补充油料，而被迫只好把其中的一部分舰艇改以新加坡附近的林加岛为基地。
假使菲律宾丧失了，即使联合舰队仍然存在，向南方的航线却还是完全被切断，即使这支舰队能够全部返回日本海面上，却还是会无从获得其燃料的供应。假使再留在南方的水面上，那么兵器和弹药的补充也就会完全没有了。
尽管缺乏燃料，而日本的航空母舰的制空权在菲律宾海战中又已经被击碎，但是日本方面并未完全绝望。他们的敌人是要到距离国内基地在数千英里以外的地方作战，其最近的飞机场也在500英里以外，而他们却早已在占领区建立了几十个飞机场，可以在它们的航程之内作战。
当时，日本大本营对美军下一步的进攻方向判断不清，但肯定美日之间会打一场硬战，因此在7月24日制定了《陆海军今后作战指导大纲》，提出了一个可以随机应变的“捷”号作战的设想。
日军关于“捷”号作战设想的出发点是“无论敌人来自哪个地方，我们均能随时集结陆、海、空军事力量，进行迎击并将其击溃”。根据这一点，日军大本营预想了4个决战方向，并相应制订了4套作战方案。
如此一来，就有了：菲律宾方向的“捷1号作战计划”；台湾岛和琉球群岛方向的“捷2号作战计划”；日本本土(北海道除外)方向的“捷3号作战计划”；库页岛、北海道方向的“捷4号作战计划”。
那些终日紧盯着作战地图的日军参谋们开始认为，有了这套周全的作战计划，就可以保证无论敌人来自哪个方向，均能随时集结陆、海、空军事力量，进行迎击并将其击溃。
太平洋战争形势图
同样，随着战线的继续北进，如何选取一个有效的进攻日本本土的跳板，成为了摆在美军高层当中的老大难问题。麦克阿瑟为代表的陆军认为应当攻占菲律宾，毕竟麦克阿瑟是从菲律宾逃走的，必须一雪耻辱。而尼米兹为代表的海军则认为应攻占台湾等其他小岛屿直逼日本本土。
最终，罗斯福总统倾向于陆军的意见，毕竟只要切断日本本土通过南中国海到达东南亚的这条资源补给线，东南亚的煤炭、石油、橡胶、钢铁等战略物资将无法进入日本本土。
1944年10月6日，哈尔西率领第38特混舰队离开乌利西海军基地，于10月10日早晨到达冲绳东南120海里处。而在10月9日，日军侦察机就发现了美军舰队行踪，日军大本营据此判断：美国人可能要攻打台湾岛。日本联合舰队发出“基地航空部队捷2号作战预令”，命令基地航空部队“迅速查清敌情并捕捉、歼灭之”。
从10日清晨开始，哈尔西先后派出1193架次的舰载机对冲绳本岛、奄美大岛、宫古岛等西南诸岛的日军航空设施和舰船进行了猛烈空袭，击毁日军飞机93架，击沉日军舰船87艘，美方仅损失飞机21架。
11日，第38特混舰队南下吕宋岛。12日，第38特混舰队北上并出动飞机1378架次空袭台湾岛各地，严重破坏了日军在台湾岛地区的航空兵力和地面设施，美方损失飞机48架。
这一天，日本联合舰队司令丰田副武下令“基地航空部队实施捷2号作战计划”，动用了从九州到菲律宾的所有基地航空部队对美国特混舰队展开攻击，并把正在濑户内海重建的航空母舰舰载机部队加强给基地航空部队的第2航空舰队。
因为，在9月中旬美国特混舰队袭击小笠原群岛、硫黄岛、雅浦岛、帛琉(帕劳)岛以及菲律宾中南部的日军航空基地时，丰田副武想保存实力，未予以有力还击，结果吃了大亏，这一次他不想重蹈覆辙，所以决定予以还击。
美独立级航母编队
日本第一天反击取得了很好的战绩，这让丰田副武高兴得合不拢嘴。当天，台湾岛东方海面刮起台风。到傍晚，待命中的T攻击部队的79架飞机才由九州南部的鹿屋基地分两批出击，第一批56架，第二批23架。陆军重轰炸机、海军舰载攻击机计约50架，也自冲绳基地起飞出击。日军对美军的特混舰队进行了轮番攻击。T攻击部队报告夜袭成果中提到：击沉类似敌军航空母舰4艘。
13日，第38特混舰队出动500架次飞机继续对台湾岛实施空袭。日本海军出动T攻击部队的45架飞机，造成“富兰克林”号航空母舰轻微损伤，“堪培拉”号重巡洋舰被命中一枚鱼雷，由于船舱进水，很快就不能航行了。
可是，T攻击部队报告战果时却说：“击沉敌军航空母舰两艘，烧毁一艘。”这令丰田副武感到十分得意，他认为加上前一天的攻击成果，已经使敌军机动部队伤筋动骨了。
14日晨，美军继续空袭台湾岛，至上午9点30分停止攻击，舰队向东南方向撤退。这使丰田副武更加相信自己的判断：敌人已经被打垮了，他们想要逃跑。如此一来，丰田副武决定要借此机会痛打美军，对美国舰队实施更大规模的攻击。
这天，日军飞机从南九州基地出发，以冲绳为中继基地，对美国特混舰队先后进行了3次共450架次的攻击。在日军的此次攻击中，只有美国“休斯敦”号轻巡洋舰右舷中部被日本飞机命中一枚鱼雷，被“波士顿”号重巡洋舰拖拽着脱离战场。
10月15日，美军第38特混舰队第4大队出动战斗机、轰炸机80架南下空袭吕宋岛的马尼拉市。日军负责菲律宾航空作战的陆军第4航空军和海军第1航空舰队倾巢出动，迎战来袭的美军飞机。这次，日军报告称：击毁敌航空母舰一艘，使两艘航空母舰起火。
日本联合舰队司令丰田副武来不及核实，令手下人综合几天以来的“赫赫战果”上报日军大本营海军部。日军大本营接到报告后也欣喜若狂，处在风雨飘摇之中的日本太需要振奋人心的好消息了，要尽快让对军队作战怨气十足的国民们知道日本还有救。
于是，大本营也未加核实，便匆忙公布了“赫赫战果”。于是，就产生了所谓的“第二个珍珠港胜利”，而日军并不知道事情的真相。
海空大战
实际上，自10月10日起，哈尔西的舰队连续6天对大东岛、冲绳岛、吕宋岛、台湾岛进行大规模空袭，迫使日军仓促启动捷2号作战计划，让日本联合舰队过早地投入了原计划在菲律宾作战时才正式使用的基地航空部队。
美军的舰载机击毁、击落日军基地航空部队飞机约500架，使日军部署在菲律宾地区的精锐航空力量毁伤过半，彻底打破了日军在中国台湾岛、菲律宾地区进行航空决战的企图，而美军仅损失79架飞机和2艘巡洋舰。
不久，日本广播电台“东京玫瑰”宣布了日军“胜利”的消息。当哈尔西听到“东京玫瑰”的广播后，便发电报给远在珍珠港的尼米兹，在电报中，哈尔西幽默地说：“我抢救了刚刚被东京广播电台‘击沉’的美军第3舰队之后，正在冲着敌人‘撤退’。”
然后，哈尔西为了让日军将领们相信美国舰队已遭受重创，诱使其出动舰队，以便聚而歼之，故意让救援舰只慢吞吞地拖着那两艘受伤的战舰驶向乌利西海军基地。
其实，丰田副武司令在16日就知道他上报的“赫赫战果”水分太大了。日本的侦察机在菲律宾东方海域发现了13艘美国航空母舰，继而又于17日在台湾岛东北方向及菲律宾东方海域，发现有4个美国航空母舰群在活动。
日军联合舰队和大本营海军部立即组织人员对台湾岛海域航空作战的战果进行联合调查，而且把上报战果最多的T攻击部队的参谋田中叫到司令部仔细询问，调查的结果是：无论怎么乐观估计，最多是击伤敌4艘航空母舰，不用说击沉敌航空母舰，就是普通舰艇也没有击沉一艘。
这个结论让丰田副武傻眼了，海军不但要自己吞下这颗苦涩的果子，而且要绝对保密，特别是不能让陆军知道。所以，对这一重大事件的调查只有草草收场，但是海军开始偷偷地修订了海军系统的作战方案。
10月17日，日本大本营得到报告说美军正在莱特湾外扫雷，日军这才搞清楚美国人要在菲律宾而不是在中国台湾岛大开杀戒，于是在18日深夜他们匆匆下达了“捷1号作战计划”命令。这一切使日军处于十分被动的境地。
海空大战
美军在10月19日正式发动了菲律宾的登陆战役，进攻方向既不是日军早先判断的吕宋岛，也不是后来判断的台湾岛，而是莱特岛。
海军编造的“弥天大谎”虽然让日本人高兴了几天，却也一步步地将日本拖向失败的无底深渊。由于日本海军对陆军隐瞒了台湾岛海域航空作战的真相，至莱特湾作战正式打响之时，日本陆军方面，从上到下被蒙在鼓里。陆军不仅为海军的“赫赫战果”激动不已，而且错误地估计了敌我双方的实力，主动改变了原来的作战计划。
10月19日，日本大本营陆军部对形势的判断如下：
1.我军在台湾岛海域航空作战中，击溃了美国舰队的主力。满身疮痍的美军又在莱特岛开始新的作战，这是一个很严重的错误。现在我军应集中陆、海、空兵力，歼灭敌军。
2.丧失了航空母舰主力之敌，在莱特岛的航空作战中，势必重视运用基地航空兵力量。但帛琉（帕劳）群岛、莫罗泰岛距离稍远，航空战对敌不利。
3.再看我方航空兵力，因为我方海军航空兵在台湾岛海域航空战中损失了主力，所以在莱特岛作战中，必须由陆军航空兵充当主角。
从这种观点出发，研究了陆军航空兵完成决战的能力，结果认为，虽然理由不是很充分，但是在质量上足以摧毁敌军的登陆企图。
因此，大本营陆军部认为：当发动“捷1号作战计划”时，必须改变原来的作战计划，对美军进攻莱特岛之战不仅海、空军，连地面部队也要进行决战。
海军方面，按照捷1号作战方案，小泽治三郎的机动部队将美国第3舰队引走。美国登陆力量在丧失其空中掩护后，受到从西方开入的3支日本舰队的打击，分别是驻扎在文莱的栗田健男率领第二舰队进入莱特湾消灭盟军登陆力量，西村祥治和志摩清英的舰队组成第5舰队作为运动攻击力量。这3支舰队没有航空母舰和潜艇，完全由水面舰只组成。
显然这个计划的结果是这3支舰队中至少一支要被美军消灭。战后丰田副武对美国调查者是这样解释的：“假如我们丧失菲律宾，而舰队幸存下来，那么我们南北之间的海道就被割断了。假如舰队待在日本领海的话，那么它得不到燃料补给。假如它待在南海的话，那么它就得不到武器弹药的补给。因此假如我们失去菲律宾的话，那么保存这支舰队也没有意义了。”
登陆莱特岛
大致上，日本海军在这次作战期间上演了悲壮的三部曲。首先，在10月12日至16日的台湾岛海域上空的空战中，日军倾巢出动了海军的精锐航空部队，其中包括陆基飞机和舰载机部队，企图重创乃至消灭哈尔西的第3舰队，结果却令其精锐部队几乎消耗殆尽，只给哈尔西的特混舰队造成轻微损失。
其次，在10月25日的总攻中，日军倾巢出动了海军的水面舰只部队。让栗田健男的战列舰部队担任主攻，让西村祥治和志摩清英舰队担任助攻，让没有舰载机的小泽治三郎航空母舰部队充当诱饵，企图一举歼灭哈尔西的第3舰队和麦克阿瑟的登陆支援部队。结果，日军一个个受损严重，水面作战部队几乎全军覆没，没有了像样的海上作战力量。
最后，日军利用残存航空兵力组成一个又一个特攻队，以“肉弹攻击”的形式，频繁地分散出击，企图给美国舰队制造最大的麻烦，增加美军的损失。结果在近两个月的战斗中，他们根本没能阻止美国海上和陆上的强大攻势。
其间，日军陆军系统的航空部队也参加了特攻行动。在组建特攻队上，日本陆军的做法和海军相比，呈现出明显的不同。
海军由现地航空部队编成特攻队，而陆军原则上先在日本内地或在朝鲜等地编成特攻队，然后再将其配属给第一线的航空军。但陆军的特攻机五花八门，并没有海军“神风”特攻队的那些苛刻的规定和措施，所以其特攻行动的战斗力也大打折扣。
可以说，日本陆海军航空部队组织的特攻队，给美国海军舰队造成了很大的威胁和损失。据有关资料统计，日本在菲律宾诸岛的作战中，共出动特攻机796架，其中陆军338架，海军458架。但由于各种原因返航271架，未返航525架，被击毁击落251架。全部特攻机的有效攻击率为 14.6%，他们击沉美军各种舰船 19艘，击伤舰船53艘。
但是，从作战全局的角度看，日军的这一做法的实际效果和影响力还是非常有限的。这些处于初创阶段的特攻行动不仅规模小，而且缺乏统一的组织与协调，更没有作战上的连续性，对于强大的美国太平洋舰队而言，始终没超出“小打小闹”的范畴。因此，这并不能改变日军被动挨打、节节败退的局面，更没有阻止美军前进的步伐。
日本神风队员
其中，在1944年10月23日至10月26日之间发生的美日莱特湾大海战，其实是在菲律宾莱特湾周围海域所发生的4场相对独立而又相互关联的海、空战，以及其他几次零星海空战的总称。
在这一战中，美军参战兵力多达16艘航空母舰，18艘护航航空母舰，12艘战列舰，11艘重巡洋舰，15艘轻巡洋舰，144艘驱逐舰，25艘护卫舰，592艘运输舰后勤辅助舰，近2000架飞机。
美军在战斗中被击沉1艘航空母舰，2艘护航航空母舰，2艘驱逐舰，1艘护卫舰；被击伤4艘护航航空母舰，2艘驱逐舰，3艘护卫舰，1艘潜艇；损失162架飞机，约3000人伤亡。
而日军参战的兵力可以说是倾其所有了。日军共有4艘航空母舰，2艘战列舰，14艘重巡洋舰，7艘轻巡洋舰，32艘驱逐舰，约600架飞机。
日军在战斗中被击沉4艘航空母舰，2艘战列舰，6艘重巡洋舰，4艘轻巡洋舰，10艘驱逐舰；被击伤1艘航空战列舰，4艘战列舰，3艘重巡洋舰，2艘轻巡洋舰，3艘驱逐舰；损失288架飞机，超过1万人伤亡。
在莱特湾大海战中，日军失败的原因除了战略上整个局势极为不利，战术上兵力处于绝对劣势外，具体原因有很多。日军航空兵力薄弱，在飞机性能、数量及飞行员的训练水平、战术素养上，都与美军差得太远。在失去制空权的情况下，要想顺利实施“捷1号作战计划”，几乎不可能。
而且，日军的协同也很差，栗田健男、小泽治三郎、西村祥治、志摩清英及岸基航空兵这五支参战部队几乎没有密切有效地协同。甚至西村祥治和志摩清英两支舰队，在同一时间、同一地区执行同一任务也没有统一指挥和相互联系。
尽管日军的通信能力要组织这样复杂的大规模作战是勉为其难，但从西村祥治和志摩清英的事例中就可以看出日本海军也缺乏协同配合的精神。
另外，日军的侦察无论在对敌军部署的了解，还是对敌军意图的判断，或是对战果的评估，都十分糟糕。他们就如同“盲人摸象”一般在战斗，能否顺利取胜可想而知。
虽然日军的“捷1号作战计划”在美军大兵压境的形势下，算是个果断大胆的计划，但是，在1944年10月的日本其实已经无力支持这样的行动了。
莱特湾海战
另一方面，美军在此战中也存在着诸多缺点。而指挥不统一则成了其主要问题。战场上的两支舰队分别归麦克阿瑟和尼米兹指挥，一个在菲律宾，一个在珍珠港，而能统一指挥两人的参谋长联席会议又远在万里之遥的华盛顿。这就发生了哈尔西全军离开莱特湾而金凯德对此却毫不知情的情况。
至于双方的将领，在日军方面，丰田副武被哈尔西的佯攻所欺骗，将宝贵的航空兵力浪费在台湾岛空战中，严重影响了日军“捷1号作战计划”的实施，这的确可以算是丰田副武的一个极大失误。
而栗田健男的表现则是比较有争议，在军事上，他在离胜利仅一步之遥时却失之交臂，在指挥上有多处错误。但他还算得上是比较理智的，栗田健男没有日本“武士道”的那种狂热，如果他杀入莱特湾，固然可以给美军造成惨重损失，但他也会被赶来的哈尔西所消灭。
日军小泽治三郎的表现虽然受到了日军多方好评，他成功地完成了诱敌任务。但他的电报没有顺利发出是一件比较讽刺的事情，这也可以算得上是对日本军国主义分子过分猖狂的一种报应了。
然后，当小泽治三郎发现美军杜博斯舰队在后追赶时，还是果断地组织了反击。如果美军没有及时撤退，小泽治三郎很可能遭到更大的损失，他最后把这支准备牺牲的舰队中大部分军舰带回了日本。而西村祥治则过于蛮勇，虽有必死之心，却似乎没有使自己的牺牲更有价值。
美军方面，哈尔西险些铸成大错。当1945年1月，他当面向金汇报时，第一句话就是：“我在那次战斗中犯了错。”而金拉住他的手说：“不要再说了，你的事情已经过去了。”
很久以后，哈尔西也曾伤感地说：“如果菲律宾海战是他指挥，莱特湾海战是斯普鲁恩斯指挥，那情况可能会好些。”后来的一些历史学家客观认为，哈尔西对加快战争进展做了贡献，战术上的小失误比起战略上的远见卓识要显得轻微许多。
另外，金凯德处置得当，保全了登陆滩头。奥登多夫巧妙地利用地形，尽可能发挥自己的长处，以极小的代价取得了巨大胜利。斯普拉格可称得上是这次海战中的英雄，他冷静沉着的指挥，打退了栗田健男的进攻，保全了自己和登陆滩头，在海战史上写下了精彩辉煌的一页。
海上编队
最后可以看到，即使日军“捷1号作战计划”取得了胜利，也无法挽回战争的失败。美军可以凭借巨大的工业迅速补充在战争中的损失。面对美国在人力和物力上的巨大优势，日本取胜的时机就是在美国的战争机器还未全面开动时就将其击败，而这一时机在中途岛海战时就已经失去了。
莱特湾大海战令日本的最后失败不可避免地来了，正如日本海军军令部部长永野修身在得知战果后所说的话：“这就是终结。”日军在菜特湾的失利，使美军掌握了菲律宾地区的制空权和制海权，日本陆上的第14方面军陷入孤立无援的困境。美军于1945年1月占领了莱特岛，2月占领马尼拉。
日本海军的基本力量在此次战役中蒙受了巨大损失，日本舰队自此战役以后就一蹶不振了。他们在以后的战争中再也无力发动大规模远洋作战了。莱特湾海战作为历史上规模最大的一场海战，摧毁了日本的海军实力，而它也成为了结束太平洋战争的序幕。
