1872年，在清军大营中，杜文秀因鸩毒发作而离世，役年49岁。杨玉科当场取下他的首级，并连同印信衣冠呈送给岑毓英。历史中常有暴风骤雨，但最终都会迎来晴朗的天空。云南各族人民的18年反击暴乱终于有了结果。尽管杨荣、蔡廷栋等人选择投降，但他们仍心存顾虑，担心自己曾经犯下的恶行会导致清算。因此，他们坚持要求杨玉科实现他们的要求，包括结拜兄弟和封总兵等。杨玉科只得将这些情况上报给当时的云南提督马如龙，马如龙早对杨荣之流恨之入骨，希望能将他们活捉并送到京城斩而示众。马如龙下令杨玉科不得诏安大理滇回，并要求他尽快进城，不留活口。杨玉科只好亲自前往下关拜见岑毓英，岑毓英也认为杨荣等人野心勃勃，不可信任，务必尽快除掉。于是，杨玉科奉命返回大理执行这一命令。

蒋宗汉先让三千彝兵进城，占据四个角落的战略高地。紧接着，他下令收缴滇回军的武器。随后，他带着数十个身穿顶戴花翎和大补袍褂的官员，宣布在五里桥设宴，对杨荣等35名高级投诚将领进行论功行赏。然而，杨荣等人刚进入营门，就被蒋宗汉等人逮捕。杨荣惊愕地大喊：“你个莽夫小儿岂能出尔反尔！”杨玉科冷静地反问：“就算杀尽城中回众，其死亡之数较丙辰年之汉民又如何？出尔反尔？你不配说这话？”随后，杨荣等人被推出斩首。

第二天黎明，杨玉科站在杜文秀的大帅府城的高处督战。当五里桥的号炮一响，战斗正式开始。杨玉科坚定地看着前方，他知道这场战斗不仅是为了维护国家的统一和稳定，更是为了那些无辜死去的汉民讨回公道。他的目光中充满了决心和坚定，他要让这场战斗成为历史的一部分，让后人铭记这段悲壮的历史。

清军以约5万人的兵力，分为百余个营寨，开进大理城。他们使用威力巨大的开花大炮，猛烈轰击滇回的堡垒据点。清军密集的枪弹如同暴雨般倾泻，导致滇回军大量伤亡。清军士兵们奋勇杀敌，与叛军展开激烈的巷战，将那些顽强抵抗的敌人几乎全部歼灭。对于从缺口逃出的叛军，清军也预先安排了马步队伍进行拦截和追杀，直至叛军全军覆没。

在战斗结束后，清军将士怀着深仇大恨开始清理城中的残余教徒。他们一旦发现戴白帽或蒙面的人，便蜂拥而上，三五成群地展开杀戮。有的清军骑兵挥刀斩断滇回叛军的首级，有的则用长矛或枪支刺入他们的身体。在哀声惨嚎中，滇回叛军被戮杀殆尽。剩余的数万滇回教徒则跪在地上乞求投降，没有人敢再抵抗。

据史稿记载，和耀曾将滇回教徒全部赶到洱海边，先将青壮男子进行斩戮。这些男子被依次处决，死状寂静无声，血水沿着河谷流淌，染红了整个洱海。剩余的妇女和儿童则被清军驱入军中瓜分。这场胜利仪式过后，当时整个洱海畔没有一丝生命的气息，只有血水在河谷中流淌，宣告着这场漫长战争的惨烈和终结。