白彦虎，曾是马化龙的得力助手，现今统领着万余名经验丰富的回民战士。刘锦棠在1872年8月肩负起攻击西宁的重任。西宁地势险峻，防守严密，刘锦棠经过长达三个月的艰难战斗，终于取得了突破。他成功地歼灭了万名回民叛军，可是白彦虎却狡猾地逃脱了。而捍卫新教的西宁“回民绅士领袖”马桂源，在青海撒拉族的领地上被清军追捕归案。

与此同时，左宗棠一直在策划对肃州发起决定性攻击。肃州汇聚了众多东干族首领，他们在新教统领马文禄（原西宁人）的领导下集结。为了增援担任一线进攻的清军徐占彪部队，左宗棠在1872年12月从自己的湘军中调派了3000名士兵。在左宗棠的邀请下，宋庆和张曜两支豫军也奉命前来参战。新任命为乌里雅苏台将军的金顺也加入了战斗行列。同时左宗棠也忙于筹备财政和给养，包括在兰州建立一座小型兵工厂，并命令具有军械知识的广东陆军军官赖长开始为德国攻城炮制造炮弹。

虽然左宗棠忙于平定回乱，但他的良心仍然关注着“回民良民”的生活。他努力消除种族冲突的根源，为回民提供安置措施。当时，只有两万名陕回难民留在甘肃。由于他们在陕西不受欢迎，左宗棠保证将平凉及其南方两个城市附近的农村地区土地拨给他们，并使他们与汉人社会隔离。同时，那些需要从某些城市迁出的甘肃回民，则被安置在兰州附近指定的地区。

1873年年中，宋庆率领的3000步兵和500马兵抵达，完成了对肃州的合围。在六位统领的指挥下，清军总数迅速攀升至1.5万人。9月中旬，左宗棠亲临前线，并随行带来了兵工厂经理同时也是大炮的专家。克虏伯大炮开始猛烈轰击坚固的城墙，同时辅以埋在城墙下引爆的地雷。10月24日，清军顺利攻入城内，马文禄选择投降。左宗棠上奏朝廷，报告了5400名土著回民和1573名从外地到肃州来的回民于11月12日被处决的情况。他向西安总部的军需部门提出了他的计划：肃州的回民，包括老人、青年和妇女，将与甘肃走廊其他两个主要城市幸存下来的回民一起，在甘肃南部得到妥善安置。左宗棠写道：“自此，甘凉肃三郡将再无回民遗留，关内外可免除勾结之患。