1913年3月20日晚，国民党代理理事长宋教仁在上海沪宁火车站准备北上组阁时突遭枪击，经救治无效于3月22日离世，年仅32岁。案发后，巡捕房迅速查获大量密电函件，确凿证据指向袁世凯亲信、时任内阁总理赵秉钧，其幕后的袁世凯也因此遭到全国各界的强烈声讨。就在刺宋事件发酵的同时，袁世凯正紧锣密鼓与英、德、美、日、俄五国银行团进行善后大借款谈判，并于4月27日正式签订总额2500万英镑的《善后五厘金币借款合同》。拿到帝国主义的资金与政治支持后，袁世凯彻底撕下伪装，决心以武力镇压南方反袁力量，他公开斥责国民党人“破坏民国”，甚至放言孙中山“除捣乱外无本领”，叫嚣若国民党敢另行组织政府，便即刻举兵讨伐。
在袁世凯的授意下，其在四川的亲信胡景伊也紧随步调，于5月10日通电全国，借宋案与大借款引发的舆论争议大做文章，声称李烈钧等国民党籍都督对中央政策的反对是“显分敌我”，强调地方行政必须绝对服从中央，无权对中央施政妄加评议，还指责国会内的国民党议员争执不休，几乎将国家拖入无政府状态，要求各方“以党徇国，不宜以国徇党”，为袁世凯的武力政策造势。
随后，胡景伊又唆使四川都督府参谋长张毅牵头，联合川军周骏、彭光烈、孙兆鸾、刘存厚四位师长及全体川军军官，于5月14日发出寒电，声称宋案的审理权仅在法庭，大借款的相关问题也该由国会与政府依规解决，污蔑上海等地发起的反袁公民大会是“奸徒”蓄意破坏大局、动摇国本，还以全体川军将士的名义发出武力威胁，宣称将以捍卫国家为天职，绝不会坐视所谓“乱徒”扰乱秩序。
胡景伊本就对国民党人心怀强烈敌意，1912年11月，同盟会员、原《蜀报》主笔朱山因撰文抨击时政触怒胡，随即遭到逮捕。胡景伊刻意罗织罪名，诬陷朱山在成都北门武担山拍摄照片，测量都督府所在地皇城的地形，图谋炮轰都督府，随后便将朱山公开斩首于皇城摩诃池畔。1913年7月，胡景伊正式就任四川都督后，更是将国民党人列为主要打击目标，逮捕了参与“迎尹昌衡拒胡”运动的国民党人《四川民报》总编辑谭创之，先后杀害国民党人张捷先、徐回天、李俊侠，还勒令封闭四川国民党党部，对国民党人直接掌控的武装力量——川军第五师以及蜀军两个团，更是处心积虑必欲除之而后快。
1913年6月，袁世凯以“不服从中央”为借口，先后下令罢免国民党籍的江西都督李烈钧、广东都督胡汉民与安徽都督柏文蔚，并出动北洋精锐沿京汉、津浦两路大举南下。面对袁世凯的公然挑衅，国民党被迫应战，此前在“宋案”后就已认清其独裁野心的孙中山、黄兴等人在上海召集会议，号召南方各省国民党力量奋起反袁。
7月12日，李烈钧据江西湖口炮台宣告独立，发布讨袁檄文，正式拉开武装讨袁的序幕；15日，黄兴赶赴南京，将驻宁的革命党掌控部队整编为江苏讨袁军，就任讨袁总司令。随后安徽、广东、福建、湖南四省也在7月内相继宣布独立，表示响应。这场以南方数省为核心的武装反袁斗争，史称“二次革命”，因当年干支为癸丑，也被后世称为“癸丑讨袁之役”，又因战事核心集中在江西、江苏两地，又被称作“赣宁之役”。
8月4日，川军第五师师长熊克武在重庆宣布独立，随即组建四川省讨袁军总司令部，熊被推举为四川讨袁军总司令，杨庶堪任民政厅长，刘植藩任军政厅长兼参谋长，但懋辛任副参谋长并督中路之师。讨袁军仅有川军第五师与蜀军两个团。第五师辖两个步兵旅，步兵第九旅，旅长龙光，旅辖两团，团长为黄金熔、卢师谛；步兵第十旅，旅长孙学渊，旅辖两团，团长为周国琛、邹有章，另有骑、炮、模范、工兵四营，机枪两连。蜀军两团由方化南、范榛分任团长。两部总兵力人枪合计约九千。此外，还有石青阳、卢汉臣、鲁瀛等率领的地方武装配合作战。
熊克武在重庆举义讨袁时，在时机上是极其不利的。江苏讨袁军已于7月22日被迫放弃徐州。29日，总司令黄兴离开南京出走。江西战场的湖口也在7月25日宣告失陷，南方讨袁的“赣宁之役”已呈全面溃败之势。四川讨袁军在四川孤军作战，自身兵力单薄，外无支援，四面受敌，失败之局是不可避免的。
熊克武通电讨袁的同一天，四川都督胡景伊便火速颁下《查禁乱党令》，将所有反袁行动悉数扣上违法乱纪的帽子。这份政令明确宣称，近来有不法之徒故意制造混乱，或是公然鼓吹二次革命，或是将相关言论登载报端，或是私自捏造发布号外，或是暗中串联集会煽动，所有这类行为都严重触犯国法；还直接将武装讨袁定性为无端起兵的背叛行径，指责其滋扰地方、残害百姓，是公然与全民为敌，最后放话，若有任何人敢无视法令、参与反袁行动，自己身为都督兼民政长，为保障地方治安，必将从严惩办，绝不姑息。
熊克武声讨袁世凯与胡景伊檄文发出后，袁世凯很快收到胡景伊的告急电文，于8月12日正式下达处置令，痛斥熊克武附和乱党、图谋背叛、扰乱地方秩序，随即褫夺熊克武所有军职，责成胡景伊率所部从严查办，并指令湖北都督黎元洪、陕西都督张凤翙、云南都督蔡锷、贵州都督唐继尧各自抽调精锐，合力进剿四川讨袁军，要求迅速平定战事，绝不让反袁势力蔓延。当时胡景伊麾下掌控着川军第一、二、三、四师及直属模范团，其中第一师师长周骏、第四师师长刘存厚、模范团团长王陵基，在镇压讨袁起义的过程中表现最为卖力，鄂、陕、滇、黔四省也遵照袁世凯的命令，陆续抽调部队入川，从多个方向对四川讨袁军形成合围之势。
四川讨袁军总司令部对此制定了完整的攻防部署，将主力编为四个支队。以第九旅旅长龙光为第一支队司令，率前卫司令吕超经永川、荣昌、隆昌进取泸州；以炮兵团长范榛为第二支队司令，扼守合川，依托险要地形防御北路方向的来犯之敌。以李树勋为第三支队司令、刘植藩为第四支队司令，两部屯驻川南，分兵抵御滇、黔军。同时以余际唐为川江水师司令，率部从江津朱沱出发攻占合江，之后配合第一支队合力拿下泸州；以黄金鳌为川东抚慰使，维护东面水路交通。此外，安排团长卢师谛与张民立所部移防川东的万县、夔府一带，堵截从湖北沿江西上的北洋军；将原学生队改组为炸弹队，以曾宝森、颜德基为队长，部署在重庆近郊作为总预备队，随时待命。
战争之初，讨袁军取得一些胜利。主攻方向的讨袁中路在永川至泸州沿线的立石碣击溃川军第一师张鹏舞旅，进据特林铺、寒坡场；随中路推进的余际唐水师快速突破江津朱沱防线，进至合江王场、白米场、望龙场一带。中路分遣的吕超所率右支队，8月11日至13日在隆昌土地坎与周骏部激战，一度后撤至石燕桥休整；8月14日，周骏部第一团附第二团两个营由营长吴行光、贺重熙（二人皆国民党籍）、梁度率领阵前起义，击毙左纵队支队长、团长吴成礼，公推梁度为司令，加入讨袁中路军。
吴行光率三营西进，接连攻克内江、进逼资州；梁度率两营直扑泸州，周骏派来劝降的营长彭临普也当场倒戈加入讨袁阵营，起义军顺利推进至泸州外围要隘龙透关。与此同时，吕超部也攻克泸州沱江北岸的小市，困守泸州城的周骏见北岸屏障尽失、孤城难守，仓皇率残部逃往纳溪。北线战场，讨袁军在合川大石桥设伏，一举击溃王陵基部精锐部队。
讨袁义旗传开后，四川各地民军纷纷响应起事。8月中旬，张伯祥、张品山、张曲东从广汉举兵，顺利占领绵阳，张伯祥就任当地讨袁军总司令；9月中旬，尹昌衡旧部、护卫团团长张煦在打箭炉宣布独立，加入反袁阵营；9月15日，革命党人王天杰率领两千余地方民军，在荣县与自流井之间发动起义；同月，龚焕然、母剑魂等革命党人率部袭占阆中县城，成立北伐军司令部，公推母剑魂为司令、龚焕然为副司令。除此之外，酉阳的邹杰、开江的颜德基、中江的谢伯城等各地革命党人也先后举起义旗，各自拉起武装为讨袁大局声援，形成了全川呼应的反袁态势。
就在熊克武部讨袁军西抵资州、北达顺庆，泸州城指日可下之际，战局骤然急转直下。奉袁世凯命令入川的陕军张钫部于9月17日进抵夔府，进趋万县，下川东防线告警；滇军叶荃部开赴宜宾，讨袁军南线侧翼直接暴露在威胁之下；最致命的变故来自东线，黔军黄毓成第一混成旅突袭攻占綦江，一路推进到距离重庆仅数十里、地势极为险要的三百梯，直逼重庆核心门户。此时重庆城内守备兵力极为单薄，熊克武急调吕超率所部回援，但远水难救近火，根本来不及赶回布防。9月11日至12日，熊克武与杨庶堪被迫撤离重庆，顺江东下出川。黔军黄毓成旅、川军王陵基部先后进入重庆，熊克武部讨袁军群龙无首，迅速土崩瓦解，此前各地响应起义的民军也接连遭到镇压，四川境内的“二次革命”讨袁战事最终宣告失败。
9月12日，黔军黄毓成旅进驻重庆。15日，黄毓成致电黎元洪，报告入渝情形，电文中特意提及“听闻胡景伊都督已派重兵向重庆开进，声称要将黔军驱逐出境”，双方矛盾已然公开化。16日，王陵基率川军部队赶到重庆。17日，袁世凯任命黄毓成为重庆镇守使，试图以官方名义划定黔军对重庆的控制权。但仅三天后，川军周骏、刘存厚两师的先头部队就推进到重庆近郊的浮图关。川黔两军为争夺重庆的实际控制权剑拔弩张，黄毓成随即宣布全城戒严，当夜两军便爆发大规模火并，冲突中多处民房被焚毁，无辜居民死伤三四百人，双方均有大量人员伤亡，最终王陵基部被逐出重庆，移驻江北一带。事后川黔两军纷纷致电袁世凯，相互攻讦指责对方挑起事端，袁世凯最初声称要派大员入川彻查处置，最终却只能以向黄毓成汇去20万元军费、3万元犒赏银的方式息事宁人，黄毓成也在10月5日率部撤回贵州。这场川黔争夺重庆的内讧与袁世凯的处置结果，清晰暴露出此时的北洋中央政权，对入川的地方派系军队已经几乎失去了实际控制能力。
袁世凯、胡景伊镇压讨袁军后，随即在全川掀起针对国民党革命势力的血腥清算浪潮，宋戮、王天杰等40余名革命党人惨遭杀害，大量被捕人员被处以高额罚款，最高罚金达3万元。
刘存厚部进驻重庆后，对讨袁军家属大肆查抄，没收家财，株连亲属。据《巴县志》记载，刘存厚入城后擅作威福，抄没党人财产数十家，株连范围之广堪比明代的“瓜蔓抄”，是民国初年极为罕见的酷烈暴行。刘存厚通过军事劫掠、抄家等手段，所获不下100余万元，却仅向胡景伊的四川都督府呈报26万余元，其余巨额赃款全部中饱私囊。
胡景伊麾下支队长方彬率部进驻自流井后，刻意宣称大批盐商与“乱党”往来密切，扬言要从严查办，并逮捕数名盐商以示其威。盐商们为求自保，只能以“陪打麻将”的名义向方彬输金行贿，每局都要让方彬满载重金而归，方彬靠这种软硬兼施的手段，共计捞取70万元。参与镇压讨袁军的川军将官几乎人人腰缠万贯。1914年1月23日，袁世凯应胡景伊、四川民政长陈廷杰的联名请求，下令通缉108名四川讨袁起义骨干。这场“癸丑讨袁”的失败，让国民党在四川的实力遭到毁灭性重创。