南京明代京城城墙原有城门十三座，历经清、民国和中华人民共和国三个时期的陆续增设，曾经有过和至今依然在的城门共计有32座之多（尚有一些供行人通过的小门未完全统计在内）。
它们大致可以分为下列三类：
A. 解放前（包括明、清和民国）建且得以保留，加上后来得以复建的城门（即如今尚在）计有，武定、雨花、中华东、中华、中华西、汉西、清凉、挹江、仪凤、新民、神策、玄武、后湖小、解放、太平和中山等十六座城门（图中黄色标记）；
B. 解放后新建城门，包括长干、集庆、华严岗、标营、蓝旗街和光华东等六座城门（红色标记）；
C. 至今已不存的城门，包括光华、通济、三山、汉中、草场、定淮、钟阜、金川、小北和中央等十座城门（绿色标记）。
也就是说，在这32座城门中，至今尚存的城门包括A、B两类，共22座，而已经不存的共有十座（上面的C类）。
对于消失的城门，或者还可以用一句话概括：城门的消失伴随着的是它们周边的城墙的消失。
不过，这句话反过来不成立，即，消失的城墙段中所含的城门不一定也消失，因为有两座城门属于例外，一是位于南京城西明代所开辟十三座之一的汉西门（原石城门），另一座是位于城北民国时期开辟的新民门。
位于汉中门南侧孤零零的汉西门
嵌在居民楼之间的新民门
上面两幅图展示的正是孤零零的汉西门和嵌在居民楼之间的新民门。
如今，南京明城墙虽然经过部分的整修和复建，但依然不完整。对于已经消失的城墙段，上面第一幅图中采用了虚线表示，可以看出，用绿色字体标记的已消失城门均与虚线相伴。稍有例外的是小北门，城墙虽是实线标记，但这一段城墙基本只剩下土堆（夯土墙），已经不存在完整形态的城墙。
小北门附近城墙遗迹的登城口
如遗址处所立标牌所介绍的那样，1957年拆城取砖，只遗留下内部的夯土墙，随后在夯土墙上种植雪松以改善环境。进入本世纪后的2011年，有关部门对该段遗址及周边环境进行了整治，部分路段用旧城砖铺设路面和砌成矮墙，辟为开放式公园。
位于城北的城墙遗址公园
所以，南京明代京城城墙如今只剩下“四长一短”共五段比较完整的城墙，从北按顺时针方向依次为：自和平门（神策门）经玄武门、解放门到太平门西、九华山东侧山脚止；自太平门东面的龙脖子经中山门、标营门到光华东门附近；自通济门南侧的东水关经雨花门、中华门、长干门、集庆门到水西门（三山门）南侧；自清凉门到草场门南侧的鬼脸城（一短）；自定淮门经挹江门、仪凤门到狮子山东侧山脚。
南京明城墙及其城门遭致破坏以至部分消失，主要发生在民国之后。
首先，在民国包括日本侵华战争时期南京明城墙遭到了一定的毁坏。
1927年国民政府定都南京时，竟有人提出 “以新都建设需费，将标卖南京全城城垣城基” 的建议，中央陆军军官学校筹建时，擅自拆毁了神策门至太平门段几处城墙，中华门西、水西门、清凉门等段的城墙也出现不同规模的盗拆。次年，国民政府下达了停止拆城取砖的命令。同时，战争也让南京城墙遭到破坏，1937 年末，侵华日军攻入南京城时中华门、光华门和太平门等处都曾遭到猛烈的炮火攻击，对南京城墙的破坏程度远超自明代以来历次战火所造成的损毁。汪伪时期和国民政府 “还都” 以后，并未对城墙做大的修缮，相反，市民盗掘城砖营利、军队拆城取砖的事屡禁不止。
但是，大规模的拆城运动则发生在新中国成立后的五、六十年代，甚至还延续到七十年代。
据记载，1954 年 7 月 28 日傍晚，中华门外西干长巷 30 多米的城墙倒塌，造成重大人员伤亡事故。为此，南京市市政建设委员会和工务局组织专人对南京城墙进行调查，形成《南京城墙保存原则》，随后拟定《南京市拆除城墙计划草案》。1955 年 1 月起，首先拆除了中华门的东西两门，以及西门到发生倒塌事故地段共 40 米。
此后，拆城工作全面展开，机关、部队、学校纷纷申请需求城砖和条石，各级行政机构还鼓励群众互助拆城墙盖建房舍，建筑队也把条石打成碎石、把城砖敲碎成三合土作为建筑材料营利，拆城运动扩大化。
拆城现场的历史照片
不过，在轰轰烈烈的拆城运动中也出现了不同的声音，尤其是堪称南京文物古迹的“保护神”、时任江苏省文化局副局长的朱偰先生冒着极大的风险，大力呼吁政府对拆城加以制止，坚决主张保存中华门城堡，又四处奔走，在新华日报上发表文章，对主持拆毁明城墙的有关部门提出批评，还电告国家文化部，请求制止南京的拆城风潮。
拆城运动在1959年得到暂时的遏止，1959 年 5 月，时任南京市委书记的彭冲下达了 “拆城工作立即停止” 的指示，但直到1962 年拆城施工组织才被全部撤销。据当时的统计，从 1955 年 1 月到 1962 年 6 月，南京明城墙计有 11699 米被全部拆除，7698 米被部分拆除。但是这股余波又延续到文革时期，比如，仪凤门幸存于五十年代的拆城运动，但却未能躲过文革，于1971年被拆除。
拆城现场的历史照片
除了被拆城墙之外，明代建造的十三座京城城门有光华（正阳）、通济、水西（三山）、定淮、仪凤、钟阜、金川和太平等九座城门被拆除，仅中华（聚宝）、汉西（石城）、清凉、神策（和平）和中山（朝阳）等五座城门因各种原因得以幸存（其实也只是部分保存，除神策门外，另几座城门只剩门洞，门楼均不存）。
今天我们之所以还能有幸领略中华门瓮城的雄伟壮观，可以说是朱偰先生用生命换来。因为此后于1957年他就因此而被划定为右派，到了文革时期，朱偰先生屡被抄家，遭受“家具抢光，瓷器砸光，存书烧光”的“三光”之灾，而且惨遭毒打更是家常便饭，最后只能以死抗争和明志。1968年的一天，朱偰惨死于南京图书馆门前，又被草草火化。原江苏作协主席艾煊曾在《帽子和城墙》一文中说：
“朱偰的那一顶难受的紧箍帽子，为南京人换回了一座中华门。因此有人建议，南京人是否可用社会集资，在中华门城堡上为朱偰立一塑像。”
不过，这一建议并没有成为现实。
朱偰先生为南京的文物古迹的保护做出了巨大的贡献
进入二十一世纪后，人们对历史遗迹的保护意识日益提高，幸存的城门得到妥善的保护和修缮，被拆毁的城门中仪凤和太平两座城门也先后得以斥资复建。但是，如果今后不再复建其它城门，明代十三座城门中的光华、通济、水西、定淮、钟阜和金川等六座城门将永久消失在我们的视野里（参阅拙文：表说文化：一表理清南京明京城城门的设置及其变迁）。
总体来看，南京明城墙及其城门的消失，原因有二：一是冷兵器时代结束，古代建筑已无法承受猛烈炮火的攻击；二是对历史遗迹保护意识的极其淡漠，甚至还持有破除封建的荒诞想法。其中，前者是被动的次要因素，后者才是更主要的主动性因素，而且是在以城市建设和交通需求为理由的有意识、有组织的大规模毁坏。二十一世纪城市快速扩张和交通高度发达之后南京明城墙反而得到了更妥善的保护，这一事实充分说明，现代城市的发展与文物古迹的保护之间并不对立，完全可以协同一致并行发展。
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