1917年夏，孙中山率部分国会议员南下广州，联合滇、桂、粤系军阀发动反对北洋军阀段祺瑞的第一次护法运动。同年年底，他组织陈炯明的援闽粤军与方声涛的征闽靖国军出兵福建，试图在此创建护法根据地，以此抗衡北洋军阀与心怀异志的西南军阀。
护法运动兴起后，福建党人宋渊源、许卓然等纷纷奉孙中山之命组织民军作为内应，一时间，闽南、闽中各地民军纷纷集结于护法旗帜之下。这些民军大致分为三个系统：一是靖国军，由许卓然、张贞统御，受方声涛遥领；二是护法军，受宋渊源节制；三是直接受编于援闽粤军的民军。此外，还有孙中山任命的林祖密所部闽南军，因势单力薄未形成独立系统。三派民军虽以北洋军阀李厚基为共同斗争目标，但受护法阵营内部矛盾（如陈炯明与方声涛的矛盾）影响，再加上民军头目间的个人恩怨，彼此为争权夺利、扩张地盘而同室操戈，火拼不断，上演了一幕幕纷乱的内战闹剧。直至援闽粤军回师广东，靖浙联军最终败亡，福建重新落入李厚基统治，这场内部纷争才告一段落。
1917年秋，福建党人许卓然率先响应西南护法，在泉州、厦门召集同志，聚集于南安凤巢山，打出闽南靖国军旗帜。凤巢山地处南安、同安、安溪三县交界，地势险要偏僻，向为绿林土匪出没之地。军旗一举，四方响应，仅数月队伍便扩充至700余人，泉州黄孙坚、莆田杨持平、南安王振南、同安洪英民、惠安汪春辉等部民军相继率众来投，环凤巢山数十里尽为靖国军势力范围，北军不敢轻易进犯，“革命党人得以募健儿、储军备、筹饷粮、安然无外扰之患”。1918年1月，方声涛的征闽靖国军进抵潮汕，入闽前他与在粤的原福建同盟会员郑祖荫、刘伯瀛、林温如等精心策划，分别派员联络福州秘密机关及各地民军，其工兵第2营营长张贞还化装潜赴闽南凤巢山，将闽南靖国军纳入方声涛的靖国军系统。
1918年1月，陈炯明率部进至潮汕，采纳宋渊源提议，派在永春、德化、南安一带颇具威名的王荣光与粤军营长赵光入闽，“檄调安、南、永、德各地民军头目杨汉烈、林板、陈安邦、陈荣亮、黄秀成、李汉升、王珠笃、陈春光、陈宗仪、吴福等，集合于南安八都山，共商举兵大计”。八都山本是革命党人吴瑞玉的根据地，吴瑞玉在1916年讨袁战斗中殉难，余众归德化苏亿旧部陈宗仪率领。众绿林头目久闻宋渊源、王荣光之名，一致拥戴服从指挥，八都山民军集结后不下千人，打出“援闽粤军第1军”旗号，赵光任司令，王荣光任副司令。此时李厚基正调兵往闽粤边防堵粤军，闽南兵力空虚，赵光等人计划攻取永春、德化以造声势。
尚未行动，适逢李厚基部南路警备队陶质彬营发生兵变，士兵胁迫陶质彬上八都山落草。陶部多为湘籍，原属孙道仁闽军，受北军歧视，故有此举。陶质彬上山后，遇原为知县，因侵吞公款被通缉、落草八都山的湘人朱建泰，两人密谋说服同为湘籍的德化守军朱德才营来降，以壮大实力、夺取兵权。经朱建泰游说，朱德才献城，德化不战而定，随后陶、朱两部南下攻永春。永春守军阎广威曾是赵光部下，陶、朱两部攻城两昼夜未果，赵光修书入城，阎广威同意投诚并约其会商善后，双方休战。
不料朱建泰进言陶质彬、朱德才，称阎部投降会增强赵光实力，于我不利，劝其乘机攻城收编部众。1918年5月13日，趁赵光与阎广威谈毕出城，陶、朱两部突袭守军，攻破永春，阎被执。赵光指责陶、朱不讲信用，命其释放阎广威，陶、朱非但不听，反而将阎枪毙，随后以援闽粤军总副司令名义发布公告，与赵光、王荣光分庭抗礼。阎部湘籍士兵及民军陈宗仪、吴福等部纷纷归降陶、朱，其部一时军威大振，实力徒增，在永春、德化一带滥委官吏、派捐筹饷，致民怨沸腾，民众无力负担，纷纷逃往南洋。
见陶、朱心怀叵测、反客为主，王荣光按捺不住，欲起兵讨伐，却被赵光劝阻。赵光认为此时自起内讧，会有碍护法大局，应待粤军入闽后再作计较。此时安溪驻军高义见永春、德化已被攻破，阎广威被杀，自觉兵力单薄难以抗衡，便弃城逃往泉州。赵光、王荣光部随即占领安溪，又向南安发起进攻，直打到清源山麓，泉州以北各县尽为民军所占。
张贞上凤巢山后，辅佐许卓然、杨持平处理军务，靖国军势力日益壮大。5月，靖国军乘虚攻取闽南交通枢纽、商业重镇安海，靖国军借安海物力实力大增。此时靖国军分兵两路，杨持平、许卓然分任第一、二路司令。闽粤战争爆发后，为策应援闽粤军，靖国军以杨持平部攻漳平、许卓然部攻同安。两地作为李厚基的后方基地，防守严密，战况异常激烈。同安之战从8月7日打响，历时一月，于9月6日方才攻克，不料三日后便被北军臧致平部夺回。随后许崇智率粤军赶到，与靖国军合攻同安，却相持月余难有进展。许崇智遂变更战略，改道永春、仙游直取福州，靖国军派杨汉烈团、汪汉国营随行。行至涵江时，遭遇北军王献臣部顽强阻击，许部不敌败退永春，靖国军汪汉国营全军覆没。
1918年8月31日，援闽粤军攻占漳州，闽南局势骤变。陈炯明派赵光在泉州、永春一带广招民军以扩充实力，滥授司令头衔达十余人。地方无赖趁机聚众成军，肆意掳掠勒索、焚屋抢劫，南安、永春、德化等地秩序大乱，百姓不堪其苦纷纷逃离，仅当年逃往南洋的民众就逾十万。政权真空之下，民军蜂拥而起，粤军此次入闽，成为继辛亥革命后福建民军恶性膨胀的又一高潮。各路民军为求自保纷纷依附不同势力，护法阵营内部矛盾与民军冲突相互交织，战乱频发，“护法”早已沦为各方谋取私利的幌子，由此可见，孙中山民主革命所依赖的军阀、民军武装力量的不可靠性。
宋渊源随陈炯明进入漳州后，提出“闽人治闽，军民分治”的主张，倡议组建福建政务处，试图与陈炯明分掌军民两权，为陈所拒绝，愤然离漳。他亲赴安溪、南安、永春游说各路民军，计划统一闽南民军，自成一军。经反复撮合，民军头目勉强参加同安文斗店整编会议，宋渊源宣布奉孙中山之命收编民军，组建护法劲旅，会上推举宋为福建护法军总司令，张贞为参谋长，吴威、王荣光分任第1、2军军长，陶质彬、朱得才分任第1、2独立旅旅长。
会议讨论以王荣光一部为护法军基干，张贞提议由其保定同学林邦燕任该部统领，王荣光认为张贞意在挖墙脚，当场暴跳如雷，双方拔枪相向，虽经宋渊源劝阻，张贞、秦望山仍愤然离会，宋渊源统一民军的计划宣告破产。会后，靖国军依旧独立行事，安、南、永一带民军虽改称护法军，实则财政各自为政，各部自相雄长，掳人勒赎乱象更甚，宋渊源徒有总司令之名，难有实际作为。
陶质彬、朱得才等盘踞永春、德化、仙游，除征收普通捐税外，还向殷户摊派特别捐，致民怨沸腾。许崇智部在莆田受挫退回永春，遭陶、朱怠慢，只得转赴永安。此前陶、朱仅派代表参会，虽获旅长头衔却不受宋渊源节制。宋渊源在王荣光怂恿下亲赴永春招编，为筹饷派10万元“爱国捐”，引发陶、朱不满。陈炯明趁机派徐桴、孙祥夫拉拢陶、朱，恰逢永春人林泽谋因阻挠捐税被宋的卫队枪杀，陶质彬怒下逐客令，孙祥夫建议杀宋，陶的谋士朱建泰暗中送盘资2000元护送宋离开。陶、朱投陈后，分别任援闽粤军第3、4混成旅旅长，所部头目皆获团长职。此后他们愈发恣意妄为，调吴福、陈宗仪攻打惠安，部众在涂岭骚扰百姓引发民变，200余人被民众围杀，陈宗仪身亡。陶、朱欲发兵报复，恰逢1918年12月6日陈炯明与李厚基达成和议，只得作罢。
陈炯明收编陶质彬、朱得才后，进一步压迫护法军与靖国军，逼其就范。他先派部将龚振鹏进驻安溪，擒杀投靠护法军的民军头目林万胜，随即突袭驻安溪的靖国军第3旅第5团，靖国军伤亡惨重，第3旅副旅长林敬根战死。拿下安溪后，陈炯明委任邓本殷为泉属绥靖主任、陶质彬为兴永绥靖主任，随后率军从安溪出发，接连攻占南安诗山、码头，对驻洪濑的护法军形成包围态势。
宋渊源、王荣光正陷入困顿，忽接永安许崇智来函，提出愿与二人合作，合击驻守永春的陶、朱部。宋、王受陈炯明压迫已走投无路，虽此计凶险，但唯有破釜沉舟方能求生，当即决定由王荣光率陈亮、王珠笃等部回袭永春。陶、朱自占据永春、德化、仙游三县，又获陈炯明加官进爵，早已目空一切，全然未将护法军放在眼里。此时朱得才率精锐驻守仙游，永春仅留吴福部500余人防守。王荣光部猛攻一昼夜，击毙来援粤军连长一名，最终破城而入。陶质彬亲信朱建泰曾建议闭城固守并向安溪粤军求援，但未被采纳，陶部溃败后，仅陶质彬及亲信戈大斌逃脱，朱建泰与陶、朱眷属随从尽被擒获，时为1919年3月中旬。
许崇智此前与宋渊源有约，已派部将朱震率军进逼德化，意在坐收渔利。及闻陶、朱兵败、永春被占，他立刻致电陈炯明，请其出兵收复永春、德化。粤军兵至，宋渊源、王荣光自料难以匹敌，仓促撤出永春。粤军占据永春后随即尾追，护法军抵挡不住，纷纷溃退。宋、王走投无路，只得放下前嫌，向靖国军求援。
张贞自同安文斗店会议与王荣光闹翻后，返回安海整军，将晋南一带的民军、土匪或收编或剿灭，实现了晋南统一。许卓然见张贞治军有方，主动将闽南靖国军总司令之职让予他，自己专司财政。此时方声涛已率军进至诏安、云霄，闽南靖国军实力渐增，方声涛遂派前敌参谋长林知渊到安海宣布整编：委周朝宗、夏述唐、杨持平、张贞分任第1至第4旅旅长，其中前两旅为随方入闽的滇军，第3、4旅多为民军改编；许卓然任财政处长，秦望山任军需。此时靖国军已占有诏安、云霄、东山、晋江、同安及安溪一部，看似实力雄厚，实则隐患重重：随方入闽的滇军兵力有限，仅夏述唐第9旅及第8旅一部，其余多为收编的民军；方声涛与陈炯明积怨颇深，粤军随时可能发难；更有甚者，方声涛派孙葆榕带一营兵士到仙游收编民军，孙葆榕自大轻敌，反被护法军吴威部击溃缴械，仅以身免，此事极大动摇了军心。
张贞接到宋渊源的求援信后，内心踟蹰，粤军暴虐，残杀靖国军第3旅副旅长林敬根，令他悲愤；但护法军王荣光骄横跋扈，又让他难以容忍。最终他念及唇亡齿寒，亲率一团驰援。经三回合激战，护法、靖国联军大胜粤军，击毙旅长傅安圭，生俘统领朱震，缴获大量战利品。此役中王荣光作战勇猛，居功至伟，护法军及他本人名声大噪，各地民军纷纷来投。宋渊源、王荣光趁机大肆扩编，护法军下辖7个支队及多个独立团、营，编制看似庞大，实则除第2、3支队外，其余部队多未经点验，兵民不分，编制混乱，官兵名册徒具形式，训练更是无从谈起。
民军的特性本就是聚散不定、合分无常，这注定了他们难以成为训练有素的生力军。时人将其称为“乌合之众”，正是因为队伍良莠混杂、人员素质低下，且多有“有奶便是娘”的投机秉性，无论护法军还是靖国军，概莫能外。
护法、靖国联军收复永春、德化后，很快因招编民军、委任官吏等问题摩擦不断，几近火拼。张贞与王荣光旧怨未消，又添新仇，宋渊源虽极力调和，仍难平息矛盾。1919年4月8日，张贞愤然率部返回安海，两支民军短暂的联合就此破裂。
许崇智听闻粤军兵败、将领被俘，认为民军击败粤军是莫大耻辱，正欲起兵报复，恰逢孙中山派徐瑞霖来闽宣慰。徐瑞霖先到永安，传达孙中山制止出兵的意旨，又赴永春晓谕宋渊源，令其与友军和衷共济、勿启干戈，宋渊源唯唯听命。原来，此前宋渊源遭许崇智压迫走投无路，曾致信卸任军政府大元帅在沪的孙中山，孙中山忧心护法阵营内部冲突，遂派徐瑞霖前来调解，一场迫在眉睫的战祸就此消弭，占据永、德的护法军也得以暂喘。
正当护法军忙于收编整饬、安定地方之际，忽传方声涛将亲自率兵前来，宋渊源等人顿感震惊。原来方声涛已率两个团取道长泰、安溪，抵达闽南靖国军根据地安海。张贞、许卓然想借助方声涛的滇军实力与个人威望震慑宋渊源、王荣光，进而吞并护法军、统一永春与德化地区，因此极力怂恿方声涛进军永春。方声涛自护法运动兴起后，谋取福建控制权的野心一直受陈炯明压制，心中不满，但靖国军实力有限，难以与粤军硬抗，正想拉拢民军作为资本，遂采纳张贞建议，电告宋渊源将亲率滇军一团赴永春。宋渊源接电后左右为难，方声涛来意明显，但直接拒绝并非上策，最终决定先迎其入境，再刚柔并施、见机行事，复电称“重兵入境恐致军民误会，若以友军之谊莅临指诲，竭诚欢迎，但请酌带护卫，以诚相见”。方声涛也不愿主动寻衅，遂允诺仅带一排士兵先行探路。
方声涛抵达永春后，受到宋渊源、王荣光的盛情款待，逗留月余却毫无动作。张贞见状，派人密见方声涛，请其调滇军入永春，方声涛犹豫不决。张贞遂策划让滇军一团先从南安转往安溪以迷惑护法军，再乘夜直扑永春，天亮时已兵临城下。宋渊源闻讯急下戒严令，却为时已晚。方声涛恐宋渊源误会，连忙派人解释，宋渊源顺势召回巡防兵，以示无芥蒂，两军自此混驻一地。随后，广州军政府任命的福建军务督办林葆怿从中调解，劝宋渊源与方声涛合作组军，由方任司令、宋任副司令，张贞、王荣光各统一军，方、宋均有意接受，唯独张贞坚决反对。张贞又密商方声涛，以换防为名亲率一团进驻永春，滇军一团退守诗山。张贞入主永春后，先谋得永春卫戍司令一职，又以每月接济护法军3万元军饷为借口，派人把持永、德两县税收机关，还电令许卓然从安海运来大批银圆，军民见之无不震惊。宋渊源对张贞信任有加，不仅将财政权交予他，还交出护法军花名册以示合作诚意，期望张贞能整训三军，却不知张贞自恃有多方支持，早已暗藏吞并护法军的野心。
1919年10月，张贞见吞并护法军的时机成熟，遂设计克扣护法军饷粮，欲激其暴动，以便名正言顺地以武力镇压。此时方声涛受邀赴粤，总指挥职权由参谋长林知渊代行，林知渊与张贞沆瀣一气，共谋瓦解护法军。张贞故意给护法军苏宗敬部供给大批弹药粮饷，引得其他部队眼红不满，最终酿成冲突。张贞趁机下令部队冲进护法军司令部，两天后又直捣王荣光的老巢石鼓，企图擒拿宋渊源、王荣光，不料二人已转移至德化，仅留王锡山营留守，稍作抵抗后便后撤。靖国军汤铭盘部随即涌入寨子，烧杀抢掠，还焚毁了王荣光、王珠笃的宅第。
王荣光在德化听闻永春变乱、张贞攻寨焚屋，暴跳如雷，不顾宋渊源劝阻，亲率王锡山、黄其澜等部反攻永春，却被早已枕戈待旦的靖国军击败。此时护法军内部已分裂，德化林青龙公然倒戈，苏万邦暗中依附张贞，永春李汉升、陈春光及仙游吴威等部则持观望态度。张贞击退王荣光后，将俘获的王荣光亲侄王英枪决，王荣光得知后捶胸顿足，与张贞结下不共戴天之仇。张贞占领永春后，连发数封快邮代电大肆攻讦宋、王二人，又利用护法军此前军纪不佳招致海内外不满的舆论，发布长达两千余言的《告海外侨胞书》，猛烈抨击宋、王，该书在南洋侨胞中反响良好，张贞颇为自得，随即乘胜进攻德化。宋渊源、王荣光已先行撤离，张贞不战而克德化，又引兵攻打护法军战略要冲赤水。护法军劲旅王锡山部背水一战，在狮头山顽强抵御靖国军的连番冲击，不料王锡山头部中弹，军心动摇。张贞派西医郑秧如携亲笔信前往赤水探望王锡山，趁机进行拉拢，王锡山答应退兵，放弃赤水要地，护法军残部退至德化、大田交界处的仙蜂格。
张贞击败护法军，占据永春与德化后，靖国军势力一时达到顶峰，整个泉永地区基本为其掌控，护法军溃散，林青龙、陈荣亮、刘汉臣、吴威等纷纷受编易帜。在粤的方声涛闻讯大喜，电令林知渊在永春悬挂“福建军务会办公署”招牌。但好景不长，靖国军因防线过长、收编部队过多，财政不堪重负，再加上面对李厚基北军与陈炯明粤军的双重压迫，军事调度难以为继，实则外强中干。
1920年春、夏，国内局势动荡。被桂系排挤的孙中山下令陈炯明与李厚基议和，约定粤军回粤讨桂，以福建地盘换取李厚基的饷弹支援。方声涛依附桂系，受邀入粤后与陆荣廷商议夹击粤军。张贞却主张“粤桂交斗，我军宜沉着观变，若炯明战胜，我按兵不动；如若战败，便可出兵掩击其后，汀漳各属垂手可得。”此前被张贞击败的宋渊源、王荣光见粤桂交恶，认为有机可乘，派林怀瑜到大田与粤军商议合击靖国军。许崇智虽记恨旅长傅安圭为护法军所杀，但为顾全大局，同意派兵助战。林怀瑜又赴福州游说李厚基，李厚基担忧方声涛图闽，为防后患，答应供应护法军50万发子弹。护法军残部械弹充足，在粤军配合下直扑永春、德化，张贞自知不敌，一路退回安海。许崇智与护法军合力围攻安海，张贞大败，率残部退往同安文斗店、九溪，与莲花山叶定国部会合。方声涛带入福建的杨子明、周干丞两团也被粤军击溃，靖国军经此重创一蹶不振。
1920年夏，陈炯明移师回粤，援闽浙军陈肇英一团不愿随行，许崇智将安海地盘移交陈肇英。陈肇英势单力薄，遂与张贞合组靖浙联军，以维持泉南局势、抗衡北军。但泉南连年战乱，地贫民乏，无力供应联军粮饷，陈肇英、张贞仍以苛捐杂税盘剥民众，浙兵更是四处骚扰，终致民变。浙军遭晋南乡团和北军赖忠部夹击，被击毙七八百人，实力大损，只得向张贞靠拢，局促于水头、官桥一带相依为命。同年10月，靖浙联军认为“固守一隅并非上策”，决定放弃闽南，移师广东，计划先取潮汕为基地再图发展。部队取道龙岩西进，虽攻克大埔、潮州，但长途跋涉导致粮弹匮乏，士气低落，进攻汕头受挫后退回潮州。11月中旬，联军被粤军洪兆麟部包围缴械，陈肇英、张贞等人经潮州商会和天主教神父斡旋，被送出境。
在靖浙联军瓦解前后，福建靖国军残部也相继覆灭。方声涛带入福建的滇军，除已被粤军击溃的周干臣、杨子明两团外，还有驻东山的夏述唐第9旅（实际仅一团多人）、驻诏安的第39团1营及军务帮办卫队营（桂系部队）。粤军回粤途中，在诏安四都夹击靖国军，使其惨败，方声涛率余部逃往南安投奔陈国辉。陈国辉收留方声涛，方为表感激将卫队营交予他，随后前往香港。方声涛逃走后，李厚基假意任命夏述唐为“福建第3混成旅”旅长，将其诓至福州害死，所部尽被北军吞并。靖国军第3旅杨持平不知护法军已依附李厚基，粤军开拔后前往南安石砻劝说王荣光，提议趁汀漳龙空虚尾击粤军。王荣光认为此举既得罪李厚基，又违背孙中山的计划，遂将杨持平捆送泉州李厚基部唐国谟旅，数月后杨持平被害，余部由杨汉烈统领。
1920年夏、秋，护法军在粤军配合下击溃靖国军，一度收复永春、德化地盘。宋渊源、王荣光重新整编各支队，还在永春兴办学校、开辟街道、修筑道路，推进多项公益事业。粤军出闽后，李厚基对民军又打又拉，企图彻底平定各股势力。此时孙中山为反击桂系陆荣廷，与李厚基订立和约，护法军也接到驻粤代表来电，指示与李厚基建立联系。李厚基派督署参议孟宪浩（宋渊源故交、王荣光在北洋武备学堂时的教官）出面联络宋、王，商议收编事宜。宋渊源保持缄默以观察众人态度，王荣光的亲信多主张接受收编，遂决议派参谋王珠笃赴省接洽，并由永春美教会致函省美教会协助。最终李厚基委任王荣光为福建陆军暂编第一师师长，同时函聘宋渊源为督署高等顾问，宋渊源婉言谢绝。
1920年底，李厚基派马步云、杜起云等部前往闽西、闽南收复“失地”，剿办“积悍匪”，与各路民军爆发激烈冲突。王荣光、杨汉烈、吴威、陈国辉等部相继溃败，永春、德化被北军重新攻占。但北军虽能轻易击败民军，却难以将其彻底肃清。大批民军化整为零，遁入深山重操绿林旧业，伺机再起。如陈国辉，先是逃匿山中，埋藏武器、解散部队后逃往鼓浪屿，又因外国工部局搜捕甚急，被迫重回八都山，与十几人继续过着打家劫舍的绿林生活。
福建民军响应孙中山“护法”号召，组建护法、靖国两军，接受广州军政府直接或间接领导，开展反对北洋军阀的斗争。这一行为虽有一定进步性，但并不显著，更多是作为广州军政府与李厚基政权争夺福建控制权的借助力量。民军的聚散整合缺乏明确政治目标，无论是投身革命还是同室操戈，本质上都是各山头为谋取一己私利。受广州军政府内部派系斗争以及民军头目个人恩怨的影响，第一次护法运动中的福建民军长期深陷内讧，甚至与援闽粤军兵戎相见。“护法”对他们而言，不过是谋取私利的招牌，护法军司令王荣光最终接受李厚基政权收编，便是极具说服力的明证。