天启四年五月末，左副都御史杨涟以二十四大罪告发并死劾魏忠贤，“不新开太平气象者，请斩臣以谢忠贤”。不少人觉得杨涟这是无事生非，结果逼得魏忠贤绝地反击并导致东林的全面溃败。
首先，“轻浮挑事”一说并不存在。
天启登基之初，魏忠贤在受命收拾司礼监王安时，就给杨涟造了两个谣。一，杨涟盯着“移宫案”不放，逼得李选侍带女儿投井自尽了。二，杨涟勾结王安，欲赶走首辅方从哲以便自己入阁。
杨涟既没法去内廷取证，也不可能让内廷的人来给他作证（会自证勾连内侍的大帽）。百口莫辩的杨涟，被迫于泰昌元年十二月上表请辞，移宫功臣就这么被踢出朝堂。而且魏忠贤不仅不待见杨涟，也是一个喜欢搞事的人。
天启二年正月，魏忠贤又通过侯震旸和陈九畴，弹劾并推倒了和自己不对付的东林大佬、内阁首辅刘一燝。除此之外至杨涟上《劾魏忠贤二十四大罪疏》，已有十来名东林系官员被魏忠贤降职或罢斥。
所以对杨涟以及部分东林官员来说，这次死劾不仅不算“无事生非”，甚至可以说够隐忍了。
其次，杨涟的奏疏虽然言辞激烈，但年轻的皇帝并未当回事。并不是他列出的二十四罪都是夸大其词、信口雌黄，而是从天启的角度去看，很多罪不但没啥问题还有另外的意味。
比如，杨涟所述的不少罪状，核心都是“宦官干政”。虽然明朝祖制严禁宦官参政，但从朱元璋开始，各位皇帝又都心照不宣地把宦官引入政务之中，以便扩展自身行使皇权的能力。
同样在通过魏忠贤、王体乾、李永贞等宦官行使皇权的天启，既不会把这些罪状当回事，也不会在榨干价值前舍弃这些听话的走狗。
注：魏忠贤、王体乾、李永贞内廷三人组的大致分工为，李永贞管钱（内官监太监）、王体乾辅助理政（司礼监太监）、魏忠贤当黑手套（东厂厂督）。
杨涟弹劾魏忠贤的第二大罪，还触了天启的霉头。
天启二年正月，魏忠贤唆人以“结纳王安”为由弹劾刘一燝，而这位首辅的反应极其激烈。他先是连上四疏辩解并请辞，天启下谕拒绝并慰留后，他又连上十二道辞呈，迫使天启准其归乡。
天启这个皇帝非常厌恶遇事撂挑子的臣子，比如下给熊廷弼的绝命诏书里，“乃熊廷弼欺朕即位之初，始则托病卸担”。而刘一燝是天启任命的首位首辅，本是寄予厚望的 …… 所以杨涟弹劾魏构陷前首辅时，天启是觉得魏忠贤问题大，还是东林事多？
最终天启命魏广微“严旨切责”杨涟，但也没其它处罚了。天启的意思很清楚，就此停止，他对这类话题没兴趣。
一些朋友觉得这是因为魏忠贤欺负天启不识字，假读奏疏忽悠过去的。但这解释不了天启后面廷杖工部主事万燝、巡城御史林汝翥和吏科都给事中魏大中（东林干将）。
杨涟死劾魏忠贤后，他们三人也紧跟着上呈各自弹劾魏忠贤的奏章，而且弹劾的罪行和杨涟说的相差无几。杨涟的弹劾魏忠贤不敢给天启看，他们仨的为啥就敢让皇帝看了？
这三人被打的原因很简单，一是天启已经暗示了不要再纠缠此类话题，二是他们三人不仅弹劾魏忠贤，还加大了攻击天启“心头好 – 客氏”的火力。
这场弹劾案后，东林并未失势于皇帝和朝堂。
比如，万燝、林汝翥、魏大中被判廷杖后首辅叶向高均施以援手，但只有魏大中被天启宽宥免刑（万燝被直接打死）。
比如，当年八月孙玮病故后虽然杨涟未获升迁，但都察院左都御史（掌都察院事）这一要职，天启仍授予东林骨干高攀龙。九月朝廷会推山西巡抚，也是东林推荐的谢应祥胜出（阉党推的是郭尚友）……
但到十月份，朝堂局势骤变。天启以会推晋抚一事有问题（没有取消任命）下旨严责吏部尚书赵南星和左都御史高攀龙。此后赵南星和高攀龙辞职、杨涟和左光斗被牵连（撤职削籍）、汪文言再入北镇抚司 …… 东林全面垮台。
为什么一个月不到的时间里变化这么大呢？
天启朝初，借“三案”东林实现了众正盈朝，但也让年轻的天启感受到了危险。无论东林是否有架空他的意图，打破铁板一块的局面可以说是皇帝的本能反应了。因此天启动用了魏忠贤这个“黑手套”任命其为东厂厂督。
不过天启最初，并未想过将东林清除干净。
首先，这对于皇帝而言并没有多大意义。皇帝需要的是分裂的外朝，各派系都需仰仗他的支持（没有派系、全体死忠，对于皇帝而言是最佳但对皇朝不是，所以理性的皇帝得去权衡取舍）。除非结党夺权，皇帝并没有完全清除一个派系的需求。
其次，内阁有叶向高这个“和事佬”。
叶向高虽然在《东林点将录》里和“东林三君子”之一的赵南星同列，但正儿八经的东林并不认为他是同系，最多视为一个可合作的清流（激进的还视他为政敌）。叶向高只是整体偏向东林温和派（如缪昌期、黄尊素），主张沟通、妥协存异而不是对立、斗争。
所以叶向高主持内阁期间，就在四处灭火。比如广宁惨败之初，通知熊廷弼赶快出关，不要扩大问题。熊廷弼和王化贞被逮问后，他要求朝堂静候并尊重三法司会审结果而不是搞论战 ……
天启三年十二月，魏忠贤成为东厂厂督，开始受皇命拔除朝中部分东林。叶向高一边施以援手，一边尽可能消弭他们之间的战火。
比如此期间被整治的东林，大多是申斥、罢职，而不是后面动不动就下狱、流放或处死。赵南星、魏大中、左光斗等大佬的辞呈，也都是叶向高通过票拟好言相劝并代皇帝表达信任，以免斗争升级。除此之外，他还劝导杨涟等不要和魏忠贤激烈对抗 ……
注：叶向高和部分东林对内廷宦官的观点是，皇帝必然会通过宦官干涉外廷事务、也必然会通过宦官与外廷沟通和协作（按明朝的制度和惯例，外廷官员和皇帝沟通也得通过宦官），与其对抗不如合作，只要内廷不刻意为难外廷即可。
有这个和事佬居中维持各派关系，天启自然更没有清洗东林的动力了。但天启五年七月，因压力太大叶向高辞职了。
之前被压制的东林激进派，觉得应当借这个机会掌控内阁，所以他们攻击目标指向了阁臣魏广微，迫使这个中立派倒向了魏忠贤。再加上本就偏向阉党的顾秉谦、朱延禧，剩余的两位东林韩爌、朱国祯就无力对抗了。
很快韩爌和朱国祯就被排挤去职，最终反而是阉党控制了内阁。此时东林大佬们，已无力回天。这次天启从容批准了吏部尚书赵南星、左都御史高攀龙的辞呈，既然平衡困难、不能共存，那就让我的人来铁板一块吧。