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北医三院梁晓龙团队NBT：工程菌持续输送NO重塑肿瘤微环境，克服免疫治疗耐药

Nature Biotechnology——[41.7]

① 背景与设计：针对免疫抑制性微环境限制免疫检查点阻断疗效的困境，通过重塑精氨酸合成通路构建可持续原位释放一氧化氮（NO）的工程化大肠杆菌Nissle 1917（ECN-NO）。② 核心发现与意义：ECN-NO通过持久的NO释放诱导肿瘤血管正常化并重塑免疫微环境，与抗PD-L1疗法协同，在多种实体瘤模型中驱动了完全、持久的肿瘤消退并建立免疫记忆，为克服免疫治疗耐药提供了微生物代谢干预新范式。③ 工程菌功能与定植：通过删除argR并表达反馈抑制不敏感的argAfbr、精氨酸再生酶及BsNOS，ECN-NO实现了持续NO生成，并特异性定植于多种小鼠肿瘤组织。④ 驱动血管正常化：ECN-NO治疗显著增强了血管周细胞覆盖，减少了血管渗漏，并改善了肿瘤灌注和缺氧，其诱导的血管正常化窗口期持久。⑤ 重编程免疫微环境：ECN-NO上调血管内皮粘附分子，促进树突状细胞和CD8+ T细胞浸润，同时降低T细胞耗竭标志物表达并增加记忆T细胞比例。⑥ 协同疗效与免疫记忆：在MC38、CT26等多个肿瘤模型中，ECN-NO与αPD-L1联合治疗诱导了CD8+ T细胞依赖性的肿瘤消退，并使治愈小鼠能够抵抗高剂量肿瘤细胞的再挑战。

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Sustained nitric oxide production by engineered E. coli remodels the tumor microenvironment and potentiates immunotherapy

2026-03-18 , doi: 10.1038/s41587-026-03054-y

Nature子刊：断奶期菌群如何为肠道干细胞刻录终身"免疫记忆"？

Nature Microbiology——[19.4]

① 背景与设计：针对断奶期肠道菌群塑造终身粘膜免疫的机制，结合无菌小鼠模型、全基因组DNA甲基化测序与类器官培养，系统解析了肠道干细胞的表观遗传重编程。② 核心发现与意义：断奶期菌群驱动的IFNγ信号通过STAT3-TET3轴介导肠道干细胞MHC-II基因增强子低甲基化，建立持久表观遗传记忆，决定了终身粘膜免疫稳态。③ 表观遗传特征：正常小鼠结肠干细胞中约半数的差异甲基化区域位于增强子，且伴随Cd74等MHC-II基因显著低甲基化及表达上调。④ 关键时间窗口：断奶后是菌群诱导重编程的关键期，该阶段短暂产生的IFNγ驱动了增强子去甲基化，阻断该信号则消除此表观遗传记忆。⑤ 菌群与疾病易感性：早期低剂量青霉素干预选择性清除革兰氏阳性菌，导致CD4+ T细胞IFNγ产生显著减少，破坏表观遗传调控并显著加剧结肠炎及肿瘤发生。⑥ 转录记忆机制：IFNγ通过招募STAT3和TET3至Cd74增强子驱动快速去甲基化，预处理的类器官在再次受激时表现出更强且更快的转录反应。

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Weaning drives microbiome-mediated epigenetic regulation to shape immune memory in mice

2026-03-19 , doi: 10.1038/s41564-026-02295-6

复旦中山医院周俭团队：肠-肺轴新疗法，益生菌外膜囊泡远程改善急性肺损伤

Journal of Nanobiotechnology——[12.6]

① 背景与设计：为探索肠-肺轴靶向治疗急性肺损伤（ALI）的新策略，本研究提取了益生菌戈氏副拟杆菌来源的外膜囊泡（Pg-OMVs），并在博来霉素诱导的ALI小鼠模型中评估其疗效与机制。② 核心发现与意义：Pg-OMVs通过重塑肠道菌群、提升胆酸（CA）水平并抑制肺巨噬细胞焦亡来缓解ALI，为基于微生物囊泡的急性呼吸窘迫综合征治疗提供了新思路。③ 体内保护效应：口服Pg-OMVs显著减轻了小鼠肺组织损伤、炎症细胞浸润及促炎因子IL-6和IL-1β水平，将小鼠7天生存率从50%提升至100%。④ 抑制焦亡通路：Pg-OMVs处理抑制了肺组织NF-κB-NLRP3炎症小体通路的激活，并显著降低了肺巨噬细胞中GSDMD介导的焦亡。⑤ 菌群依赖机制：Pg-OMVs改变了肠道菌群，增加了嗜黏蛋白阿克曼氏菌丰度并降低了Clostridia_bacterium丰度；粪菌移植实验证实其保护作用依赖于肠道菌群。⑥ CA的关键作用：Pg-OMVs提升了系统CA水平；使用胆汁酸转运蛋白ASBT的抑制剂A4250阻断CA回吸收逆转了其保护作用；体外实验证实CA直接抑制了巨噬细胞焦亡。

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Parabacteroides goldsteinii-derived outer membrane vesicles alleviate acute lung injury via modulation of bile acid metabolism

2026-03-18 , doi: 10.1186/s12951-026-04288-3

山东大学姜天宇团队：工程菌化身"肿瘤药厂"，原位产药精准杀癌

PLoS Biology——[7.2]

① 背景与设计：为改善细菌癌症疗法，本研究工程化肿瘤靶向益生菌大肠杆菌Nissle 1917（EcN），以异源合成抗癌药物罗米地辛（FK228），并在4T1荷瘤小鼠模型中评估其疗效。② 核心发现与意义：工程化EcN可实现肿瘤内FK228的原位生产与递送，在保证疗效的同时显著降低系统毒性，拓展了细菌靶向给药平台。③ 通路构建与优化：通过重构FK228生物合成基因簇、优化启动子及敲除depK与araC等基因，获得多个高产菌株，最高产量达1.5 mg/L，且FK228可被动扩散释放。④ 体内疗效验证：在荷瘤小鼠中，工程菌株能定植肿瘤并原位产生FK228，其抑制肿瘤生长效果与直接注射FK228相当，但心脏毒性和死亡率显著降低。⑤ 潜在机制：蛋白质组学分析提示，工程菌的治疗同时激发了EcN相关的炎症/免疫反应与FK228影响的翻译后修饰通路，可能协同增强抗肿瘤效果。

【原文信息】

Engineered romidepsin biosynthetic pathways in Escherichia coli Nissle 1917 improve the efficacy of bacteria-mediated cancer therapy

2026-03-17 , doi: 10.1371/journal.pbio.3003657

浙大袁长征/陈辉等：坚持MIND饮食十余年，大脑衰老延缓1~2.5岁

Journal of Neurology, Neurosurgery and Psychiatry——[7.5]

① 背景与设计：针对MIND饮食与长期脑结构变化关联不明的问题，基于弗雷明汉心脏研究后代队列1647名中老年人的前瞻性数据，利用线性混合模型评估了长期饮食依从性与纵向脑磁共振成像指标的关联。② 核心发现与意义：高MIND饮食依从性显著伴随更慢的脑结构萎缩进程，提示该饮食模式具有延缓年龄相关脑衰老的长期神经保护潜力。③ 灰质体积关联：纵向影像学分析显示，MIND饮食评分每增加3分与总灰质体积年下降速度显著减缓相关，相当于抵消了20.1%的年龄相关变化或延缓2.5年脑衰老。④ 脑室体积关联：更高的饮食评分显著伴随侧脑室特别是左侧侧脑室体积扩大的减缓，分别抵消了8.0%和8.8%的年龄相关扩张，相当于延缓约1.0年的脑衰老。⑤ 组分与亚组特征：饮食组分分析提示浆果和禽肉摄入与有利的脑结构变化显著相关，且上述脑保护关联在年长者、体力活动活跃及体重指数正常的个体中更为显著。

【原文信息】

Adherence to the MIND diet and longitudinal brain structural changes over a decade: evidence from the Framingham heart study offspring cohort

2026-03-17 , doi: 10.1136/jnnp-2025-336957

Nature子刊：告别回忆偏差，AI与多组学重塑饮食评估（综述）

Nature Metabolism——[20.8]

① 核心观点与领域演进：饮食摄入精准测量正经历从传统主观报告向人工智能、可穿戴设备及多组学技术融合的范式转变，旨在实现分子级别的客观量化。② 传统评估方法局限：食物频率问卷和24小时回顾法受制于回忆偏倚及混合膳食复杂性，常导致宏量营养素的系统性低估。③ AI与传感技术干预：结合计算机视觉、多模态大语言模型及可穿戴传感器的辅助工具可实现进食事件被动捕捉，但跨文化泛化性仍具挑战。④ 组学分子指纹追踪：非靶向代谢组学与粪便宏基因组学提供了饮食暴露的客观分子证据，但受限于代谢物半衰期短及宿主代谢异质性。⑤ 宏蛋白质组学突破：基于宏基因组信息的宏蛋白质组学平台能够高精度解析粪便中的食物源性蛋白，为无创监测营养素摄入提供高分辨率手段。⑥ 微生物组代谢重塑：肠道微生物组通过发酵生成短链脂肪酸及竞争性代谢，深刻重塑营养物质的生物利用度与宿主能量获取效率。⑦ 领域挑战与未来展望：未来需将主观报告的纵向优势、AI传感的实时性与多组学的分子确证相整合，以推动个体化精准营养干预。

【原文信息】

Advances and opportunities in measuring dietary intake: from omics to AI

2026-03-18 , doi: 10.1038/s42255-026-01494-z

军科院杨瑞馥/常宇骁等：从菌株到分子，一种细菌酶借力表观遗传促肠癌

Journal of Advanced Research——[13]

① 背景与设计：微小微单胞菌（P. micra）促结直肠癌（CRC）的菌株特异性及毒力机制尚不明确，基于培养组学分离的99株临床菌株及APCMin/+小鼠模型构成了探究其致病机制的核心研究体系。② 核心发现与意义：P. micra来源的ADP核糖基转移酶SirTM通过催化宿主组蛋白H2B的表观遗传修饰，激活CEBPβ/SAA1/IL-17C信号轴驱动CRC进展，为阻断肠道菌群介导的肿瘤发生提供了新靶点。③ 菌株特异性表型：体外细胞及小鼠模型实验证实，基于促炎能力筛选出的高炎性菌株较普通菌株具备显著更强的促CRC细胞增殖与肿瘤生长能力。④ 关键毒力因子：比较基因组学与基因敲除实验锁定核心毒力基因SirTM，该基因编码的SirTM蛋白仅具ADP核糖基转移酶活性而无脱乙酰酶活性。⑤ 表观遗传机制：质谱及CUT&Tag测序证实，进入CRC细胞的P. micra释放SirTM并特异性催化组蛋白H2B发生ADP核糖基化，导致染色质结构松散并显著上调CEBPβ转录。⑥ 下游通路激活：表达升高的CEBPβ直接促进SAA1表达，进而以自分泌形式驱动肿瘤细胞分泌IL-17C，最终导致CRC恶化。⑦ 临床转化潜能：CRC患者粪便中SirTM转录水平显著升高且诊断AUC达96.9%，同时敲低SAA1可显著抑制SirTM介导的细胞增殖，提示二者为潜在的诊疗靶点。

【原文信息】

Parvimonas micra-derived SirTM: An ADP-ribosyltransferase as a novel driver in colorectal cancer progression

2026-03-16 , doi: 10.1016/j.jare.2026.03.035

南开王硕团队：肠癌复发新线索，微生物+代谢物预测风险并揭示"内鬼"

Microbiome——[12.7]

① 背景与设计：针对结直肠癌术后复发预测难题，对120例患者肿瘤黏膜进行16S rRNA测序与代谢组学分析，并结合机器学习与体内外模型展开验证。② 核心发现与意义：鉴定出由5种菌属与5种代谢物构成的复发预测特征，并揭示了精氨酸代谢物驱动致病菌协同定植的微生态互作机制。③ 多组学预测模型：机器学习模型整合消化链球菌属等5个菌属及腐胺等5个代谢物，显著区分复发状态（AUC=0.89），其衍生风险评分是无复发生存期的独立预测因子（HR=1.59）。④ 致病菌协同互作：复发患者黏膜中显著富集的具核梭杆菌与厌氧消化链球菌呈正相关，两者通过RadD黏附素介导发生共聚集并形成双菌生物膜。⑤ 黏附与定植增强：细胞及小鼠模型证实，厌氧消化链球菌显著增强了具核梭杆菌对结直肠癌细胞的黏附能力及其在肠道黏膜中的定植。⑥ 代谢物调控网络：肿瘤微环境中耗竭的精氨酸可破坏双菌共聚集，而富集的精氨酸代谢产物腐胺则呈浓度依赖性地促进双菌生物膜的形成。

【原文信息】

The interplay between Peptostreptococcus and Fusobacterium as novel signatures in colorectal cancer recurrence

2026-03-18 , doi: 10.1186/s40168-026-02378-w

吉大一院吕国悦团队GUT：肝癌预后新视角，AI揭示肿瘤间质比倒U型风险曲线

Gut——[25.8]

① 背景与设计：针对肝细胞癌中肿瘤-间质比（TSR）量化困难及预后意义矛盾的问题，整合回顾性队列与癌症基因组图谱（TCGA）数据集，开发了基于人工智能的多模态预后框架。② 核心发现与意义：揭示了TSR与预后的倒U型非线性关联，并通过将TSR编码为高维语义标记，实现了超越传统量化方法的精准风险分层。③ 非线性风险模式：限制性立方样条分析显示，TSR与死亡率呈显著非线性相关，确定风险起始阈值为0.188，风险峰值为0.268。④ 生物学表征：转录组学与免疫组化分析提示，高风险TSR表型伴随肿瘤增殖、间质活化及肿瘤微环境串扰相关通路的显著富集。⑤ 自动化量化：基于病理学基础模型的分析流程实现了无标注的自动化TSR预测，其预测值与病理专家评估高度相关（R2 > 0.9）。⑥ 多模态预后模型：标记引导的多模态融合架构将全切片图像（WSI）特征、TSR及临床变量整合为高维标记，显著提升了预后准确性（AUC > 0.80）。

【原文信息】

Token-guided multimodal prognosis in hepatocellular carcinoma: a framework steered by tumour-stroma ratio

2026-03-18 , doi: 10.1136/gutjnl-2025-337945

改善肠炎9菌株配方脱颖而出，重塑次级胆汁酸抗炎抗纤维化

Gut Microbes——[11]

① 背景与设计：针对克罗恩病肠道纤维化疗法不足的临床问题，以获批的8株益生菌配方为对照，在DSS小鼠急/慢性结肠炎模型中，评估了富含鼠李糖乳酪杆菌与副干酪乳酪杆菌的9株配方功效，并利用多组学及Gpbar1⁻/⁻小鼠探究机制。② 总体概述：9株益生菌通过重塑菌群并促进产生GPBAR1激动型次级胆汁酸，在慢性结肠炎中发挥优于8株配方的抗炎和抗纤维化作用，阐明了微生物代谢物-宿主受体轴的关键机制。③ 益生菌功效差异：在慢性DSS结肠炎中，9株配方在减轻疾病活动、结肠纤维化及调节IL-6+巨噬细胞等方面显著优于8株配方。④ 微生物代谢重塑：9株益生菌富集了粪便中的次级胆汁酸，特别是GPBAR1激动剂3-oxo-DCA；其菌株表达BSH和HSDH，可在体外代谢生成此类胆汁酸。⑤ 胆汁酸直接作用：3-oxo-DCA在体外共培养中直接抑制LPS/TNF-α诱导的巨噬细胞炎症与成纤维细胞纤维化标志物表达。⑥ GPBAR1必要性：在Gpbar1⁻/⁻小鼠中，9株益生菌的抗炎与抗纤维化益处完全消失，证实该受体是介导其保护作用的关键通路。

【原文信息】

A bile acid-GPBAR1 network supports anti-inflammatory and anti-fibrotic benefits of probiotics in colitis

2026-03-18 , doi: 10.1080/19490976.2026.2645125

Nature Reviews：从工具升级为平台，AI重塑炎症性肠病诊疗全景（观点）

Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology——[51]

① 核心观点：人工智能正从专科辅助工具演变为支持IBD数据驱动精准医学的基础平台，其应用贯穿诊断、监测、预测与个性化治疗。② 应用范畴与现状：已获验证的应用集中于内镜、数字病理及横断面影像，旨在减少观察者间差异、标准化评分并检测人眼不可见特征，以评估黏膜、组织学及透壁愈合。③ 诊断与疾病活动评估：AI辅助的胶囊内镜可大幅缩短阅片时间，基于影像组学的模型能提升克罗恩病诊断准确性；深度学习模型对内镜及组织学缓解的评估准确率超过90%。④ 预后预测与肿瘤监测：AI能整合内镜、组织学、实验室、影像、组学及患者报告结局等多模态数据，对疾病复发、住院、手术风险及治疗反应进行分层预测；计算机辅助检测与诊断系统正被应用于IBD相关肿瘤的监测。⑤ 新兴前沿应用：“内镜-组织学-组学”多模态融合、基于探头式共聚焦激光显微内镜或内镜细胞术的肠屏障AI评估、可穿戴设备远程监测及大语言模型的临床决策支持与患者教育，是下一代AI的探索方向。⑥ 实施的核心挑战：临床落地面临数据异质性、算法偏见、工作流整合困难、模型“黑箱”、监管路径不明、隐私安全、公平性及技术开发的环境可持续性等多重障碍。⑦ 未来方向与路线图：实现潜力需高质量多样化数据、严格外部验证、前瞻性临床试验、明确的伦理与监管框架、跨学科协作以及对模型可解释性、公平性及临床效用性的持续关注。

【原文信息】

Artificial intelligence in inflammatory bowel disease: bridging innovation, implementation and impact

2026-03-19 , doi: 10.1038/s41575-026-01190-z

无创超声，预判儿童急性重度结肠炎治疗成败

Gastroenterology——[25.1]

① 背景与设计：为探寻儿童急性重度溃疡性结肠炎早期治疗结局的客观预测指标，在一项纳入60名生物制剂初治患者的前瞻性多中心研究中，系统评估了两次肠道超声扫描的预测价值。② 核心发现与意义：系列肠道超声参数可作为早期、非侵入性工具，有效预测儿童急性重度结肠炎对一、二线药物的治疗反应及手术风险，为临床精准决策提供了客观影像学依据。③ 预测一线治疗失败：对静脉注射皮质类固醇无应答的患者，首次IUS时左下腹和左上腹的CWT及MUS显著更高；左下腹CWT >5 mm与MUS >7.8是预测IVCS失败的可靠截断值。④ 预测二线治疗失败：第二次IUS时左下腹CWT >4.8 mm与MUS >8.7与药物治疗（包括英夫利西单抗）失败并在8周内需行结肠切除术显著相关。⑤ 关联长期结局：第二次IUS时左下腹CWT和MUS较低的患者，在第8周达到无类固醇临床缓解的可能性更高。

【原文信息】

Intestinal Ultrasound Scan in Acute Severe Ulcerative Colitis in children: a multicenter prospective study on behalf of the Porto IBD Working Group of ESPGHAN

2026-03-16 , doi: 10.1053/j.gastro.2026.02.034